Обычно Центральная Якутия относится к подзонам северной и средней тайги.
Южная граница северной тайги идет от низовьев р. Мархи к устьевой части р. Линди (левый приток Лены). Здёсь господствуют лиственничные леса с напочвенным покровом из багульника, голубики, брусники, зеленых мхов. Широко распространен ерник, встречаются кустарниковые формы ив и таежные травы. Если севернее, на карбонатных отложениях Средней Сибири, к лиственнице примешивается ель, то в северной тайге Центрально-Якутской низменности она распространена очень мало. Очевидно, это связано с холодными и водоупорными глинистыми почвами низменности, на которых ель селиться избегает.
Здесь господствуют лесные мерзлотно-деструктивные почвы со среднесуглинистым составом, мелкобугристым (20–30 см) микрорельефом и линзочками почвенного льда. На склонах долин встречаются супесчаные лесные неоподзоленные почвы, не имеющие бугристого микрорельефа. Лиственничный лес на таких почвах гуще, деревья выше (Зольников, 1957). В западинах террас, как и на аллювиальных междуречьях, встречаются кустарниково-моховые болота с торфянисто-болотными почвами.
В древних долинах приленской части и между озерными западинами к лиственнице примешивается сосна, которая не заходит севернее 66° с. ш. Для таких участков характерны лесные неоподзоленные легкосуглинисто-супесчаные почвы. На торфянисто-болотных почвах и сапропелях вокруг озер распространена кустарниковомоховая (ернико-ивовые кусты) и травянисто-болотная (осоково-пушицевая) растительность с редко стоящими угнетенными лиственницами. На песчаных буграх при-долинной части р. Линди растет кедровый стланик. В долинах Лены, Линди, Тюнга встречаются участки осоковб-вейниковых и осоково-разнотравных лугов. Часть лугов закустарена. В малых долинах густота кустов увеличивается.
Остальная часть Центральной Якутии относится к подзоне средней тайги. Бассейн Вилюя и приустьевую часть Алдана занимает северная полоса среднетаежных сухих лиственничных лесов с участием березовых и сосновых. Они занимают междуречья и террасы, на весьма специфических дерново-лесных почвах с вкрапленниками солончаковой растительности. Нигде в мире нет подобного сочетания среднетаежных лесов с лесостепными участками на дерново-лесных палевых и нейтральных почвах. Для таких почв характерны нейтральная реакция, повышенная гумусность верхних горизонтов (3–5 %), неглубокое залегание карбонатов, высокое содержание кальция и магния, невыдержанность аллювиальных и элювиальных горизонтов и буровато-серый цвет (Зольников, 1954). Кислых подзолистых почв, обычных для среднетаежной подзоны, в Центрально-Якутской низменности почти не встречается. Зато среди тайги нередко распространены луговые черноземы, в той или иной степени засоленные, солончаки, солоди под лугами и лесные солоди. Такой комплекс почв не выходит за пределы Центральной Якутии.
Несомненно, самой типичной для нижневилюйского бассейна является брусничная светлая лиственничная тайга (парковые леса). Высокие стволы даурской лиственницы (19–22 м в 150 —200-летнем возрасте) с хорошо развитой кроной далеко отстоят один от другого. Лиственничный подрост негустой. Производительность этих лесов в отношении деловой древесины низкая. Палевая дерново-лесная почва покрыта слоем медленно разлагающегося лиственничного опада и ковром брусники. Кроме брусники распространены травы, в том числе луговостепные: типчак якутский, майник двулистный, овсяница якутская
Проходимость таких лесов отличная, только изредка попадаются ветровалы, сильные ветры — явления здесь редкое.
С увлажнением почвы резко снижается количество цветковых трав, совсем пропадают луговостепные виды. Палевые дерново-лесные разной степени осолоделые почвы покрыты мхами. Из трав господствуют грушанка, линнея, седмичник. Появляются багульник и голубичник.
На пологих склонах северной экспозиции, в западинах террас и других сырых местах развиты торфянистоглеевые почвы, с багульниковой лиственничной тайгой, примесью сосны, ольховыми и можжевеловыми кустами и ерником. Сплошной покров зеленых мхов вытесняет травы и бруснику. Эти участки сырой лиственничной тайги по площади сильно уступают первому типу.
Песчаные повышения, бровки террас и склоны южной экспозиции заняты толокнянковыми и лишайниками (ягельниковыми) сосновыми борами. Однако в результате многочисленных пожаров лишайниковые леса встречаются очень редко и только в северо-восточной части подзоны.