Машины модификации М, выпускавшиеся с октября 1942 по февраль 1943 года, незначительно отличались от Ausf.L. Так, на бортах башни смонтировали по три мортирки для запуска дымовых гранат калибра 90 мм. Эвакуационные люки в бортах корпуса ликвидировали, что позволило увеличить боекомплект пушки с 84 до 98 выстрелов. Выхлопное оборудование было приспособлено для преодоления без подготовки бродов глубиной до 1,3 м (предыдущие версии «тройки» могли преодолевать брод глубиной до 0,8 м). Фары перенесли с лобового листа корпуса на крылья. Танки Ausf.M получили кронштейны для крепления противокумулятивных экранов, установку зенитного пулемёта на командирской башенке и некоторые другие мелкие усовершенствования.
Последняя модификация Pz.III в качестве линейного танка. При изготовлении боевых машин этой версии использовались корпуса и башни танков модификаций L и М. Производство началось в июне 1942-го и завершилось в августе 1943 года выпуском 663 танков. Ещё 37 машин были переделаны в Ausf.N в ходе ремонта боевых машин других модификаций.
Наиболее важным изменением стала установка 75-мм пушки KwK 37 с длиной ствола 24 калибра, аналогичной применявшейся на танках Pz.IV Ausf.А — F1. От танков Pz.IV поздних модификаций позаимствовали и командирскую башенку с одностворчатым люком и толщиной брони 100 мм. В остальном Ausf.N были подобны машинам двух предшествующих модификаций. Боевая масса танка достигла 23 т.
20 октября 1943 года Гитлеру продемонстрировали танк Ausf.N, приспособленный для езды по рельсам, — своего рода бронедрезину. Машину разработала венская фирма Saurer. Движение по рельсам осуществлялось с помощью четырёх железнодорожных скатов небольшого диаметра. Ходовая часть танка была несколько переделана, чтобы скаты могли убираться при переходе на гусеничный ход. Крутящий момент отбирался от двигателя танка. Всё штатное вооружение сохранялось без изменений. Скорость при движении по рельсам достигала 100 км/ч. Железнодорожный танк — Schienen-Ketten Fahrzeug SK1 — предполагалось использовать для охраны железных дорог, а также ввести в штат бронепоездов.
В конце 1942 — начале 1943 года изготовили два или три прототипа. Однако, несмотря на довольно успешные испытания, дальнейшее производство этих машин развёрнуто не было.
В течение 1938–1943 годов значительную часть танков модификаций D, Е, Н, J и М выпустили в командирском варианте — Panzerbefehlswagen.
Первой машиной этого типа стал танк Pz.Bf.Wg.III Ausf.D1. Внешне он был почти неотличим от линейного танка Ausf.D, но его башня приваривалась к корпусу, а пушка представляла собой макет из дерева и металла. Кроме того, отсутствовал курсовой пулемёт. По бортам корпуса были прорезаны дополнительные смотровые щели и бойницы для стрельбы из личного оружия. По периметру крыши моторного отделения устанавливалась рамочная антенна, а на правом борту корпуса — штыревая, длиной 1,4 или 2 м. Вооружение состояло лишь из одного пулемёта MG 34, установленного в башне. Внутри машины были оборудованы рабочие места для командира, офицера связи и двух радистов (помимо них в экипаж, разумеется, входил и механик-водитель). Здесь же имелся складной столик для работы с картами. Наблюдение велось через пять смотровых щелей и стереотрубу, устанавливаемую в командирской башенке. Танки оснащались (в различных комбинациях) радиостанциями FuG 6, FuG 7, FuG 8 и FuG 13. В зависимости от этого можно выделить три варианта машин: Sd.Kfz.266, Sd.Kfz.267 и Sd.Kfz.268. С июня 1938 по март 1939 года цеха фирмы Daimler-Benz покинули 30 танков этого типа.
Следующая серия командирских машин из 45 единиц изготавливалась на базе танка Pz.III Ausf.E с июля 1939 по февраль 1940 года и по конструкции ничем, кроме ходовой части, не отличалась от машин предыдущей версии.
Производство таких танков продолжалось вплоть до января 1942 года с использованием шасси Pz.III Ausf.H и Ausf.J. Было выпущено 145 и 30 единиц соответственно.