Ряд коммерческих структур, ставших впоследствии крупными, смогли в разы увеличить свой капитал за короткое время лишь по причине оказания им государственной помощи, заключавшейся в предоставлении различного рода льгот, налоговых преференций. Отдельные из них, получая огромные доходы, ухитрялись уклоняться от уплаты налогов. Применяли мошеннические схемы, заимствованные за рубежом, составляли фиктивные документы об использовании рабочих с ограниченными физическими возможностями. Нефтяные компании продавали углеводородное сырье через фирмы-однодневки, зарегистрированные в регионах с льготным налогообложением.
Коммерческая структура ЮКОС зачастую прибегала к задействованию подобных методов для достижения своих противозаконных замыслов. Руководство компании организовало присвоение акций дочерних структур «Восточной нефтяной компании» на сумму более трех миллиардов рублей. За пять лет они совершили хищения нефти, принадлежащей трем коммерческим предприятиям, путем мошеннических действий на 890 миллиардов рублей. Налоговые правонарушения были связаны со сделками по продаже нефти и нефтепродуктов между компанией ЮКОС и 21 организацией, зарегистрированных в регионах, предоставлявших налоговые преференции. Предприятия пользовались ими, но при этом полностью или частично не уплачивали ряд налогов. Данные структуры создавались исключительно с целью недобросовестного использования налоговых льгот, и вся экономическая выгода от совершаемых ими сделок принадлежала акционерному обществу ЮКОС. Полученная прибыль была несопоставима с суммой инвестиций, вложенной ими в соответствующих регионах.
Федеральная налоговая служба в результате проведенной проверки работы коммерческой структуры ЮКОС за четыре года вскрыла целый букет нарушений. На нее наложили крупнейшие в российской истории штрафы и пени. Кроме экономических преступлений, были выявлены и общеуголовные. Сотрудники службы безопасности принимали участие в убийстве московского чиновника. Бывший ее руководитель после возбуждения уголовного дела скрылся в Израиле. По указанию руководства компании новый шеф безопасности организовал убийство главы города Нефтеюганска. Накануне мэр публично предупредил акционеров ЮКОС, что, если от них не поступят налоги в местный бюджет, он добьется отмены выделенного им льготного кредита. За это и поплатился жизнью.
Характерными чертами организованной преступности являются ее мобильность и приспособляемость к процессам, происходящим в государстве, что приводит к изменению структур связей криминальной направленности, способов совершаемых преступлений. Воспользовавшись распадом Советского Союза, через коммерческие структуры стал осуществляться незаконный вывоз за границу цветных и редкоземельных металлов, энергоресурсов, другого дефицитного сырья, оружия, военного снаряжения и иных изделий, пользующихся повышенным спросом на внешнем рынке.
В 1992 году в сфере экономики было зарегистрировано более 13,5 тысячи преступлений, совершенных группами, в том числе имеющими признаки организованности. У преступников правоохранительные органы изъяли денег и ценностей на сумму 759,3 миллиона рублей и около 112 миллионов долларов. Предотвращен незаконный вывоз 900 тысяч тонн нефтепродуктов, более 17 тысяч тонн цветных металлов, 54 тысяч кубометров лесоматериалов и другой продукции на общую сумму 37 миллиардов рублей. Более чем в 1,5 раза увеличилось по сравнению с 1991 годом количество выявленных организованных формирований, совершающих преступления в сфере экономики.
В этот период времени в различных секторах экономики появились этнические группировки. Армянская контролировала добычу драгоценных металлов и камней, азербайджанская — нефтедобычу, чеченская специализировалась на кредитно-финансовом направлении, грузинская — на угоне автотранспорта.
В Москве на Новом Арбате ранним утром был убит губернатор Магаданской области. Киллер застрелил его из пистолета с глушителем. Покушение организовала одна из этнических группировок. Мотивом убийства стало перераспределение квот на вылов рыбы. Также глава области активно пытался навести порядок в золотодобывающей промышленности области, самой крупной на территории России. Принимал меры по выяснению судьбы «золотого кредита», выделенного из федерального бюджета на поддержку золотодобытчиков, который так и не был погашен. Он хотел узнать, куда девались деньги, и вернуть их государству.
В ходе расследования «громкого дела» установили лиц, причастных к убийству, и непосредственных исполнителей, после чего подозреваемые пустились в бега. Их объявили во всероссийский и международный розыск. Менее чем через год правоохранительные органы задержали первого подозреваемого в организации убийства, затем второго. Спустя три года та же участь постигла третьего соучастника преступления. Его взяли в Испании, где он жил по поддельным документам, и экстрадировали в Россию. Четвертого участника этнической группировки доставили в Москву из Мадрида. Двоих соисполнителей преступления позже нашли убитыми. Киллер до сих пор находится в розыске.