Ведущая роль в борьбе с дезертирством отводилась заградительным мероприятиям, т. е. задержанию и тщательной проверке всех военнослужащих, появлявшихся в полосе фронта вне состава своих подразделений, следовавших в тыл, а также бойцов и командиров, в одиночку или группами передвигавшихся по тыловым дорогам фронта. Несли заградительную службу комендантские команды, войска НКВД, взводы и роты охраны «СМЕРШ». Для прочесывания лесов, задержания дезертиров на дорогах и железнодорожных станциях создавались подвижные заградотряды, куда были включены оперативные работники контрразведки. Они имели право задержания и предварительного расследования с дальнейшей передачей задержанных «по подсудности». Заградотряды Северо-Западного фронта выполняли большой объем работы. Только с мая по июль 1943 года они задержали 5815 подозрительных лиц, из которых 5333 человека были направлены в воинские части, 194 арестованы, а остальные переданы прокуратуре, органам НКВД или препровождены на сборно-пересыльные пункты для проверки. Однако анализ задержаний позволил контрразведчикам сделать в июне того же года вывод о том, что существовавшая на Северо-Западном фронте система заградительной службы была недостаточно эффективной.
В апреле — июне из состава фронта были выведены и переброшены на другие участки 11,27, 53 и 68-я армии. Интенсивное передвижение большой массы войск и техники осложняло работу заградительной службы и увеличило число каналов проникновения дезертиров в тыл. Так, в результате опроса задержанных дезертиров из числа среднего командного состава было установлено, что проезд от линии фронта в тыл практически свободен, так как из-за огромного потока транспорта на контрольно-пропускных пунктах документы тщательно не проверялись. Как правило, их спрашивали только у водителей, а тех, кто находился в кузове, «проверяли» лишь вопросами: «У всех имеются документы?» или «Это ваши люди?» и т. п… Получив утвердительный ответ, контролеры отправляли машины дальше.
Эффективность заградительных мер существенно снижалась из-за того, что занимавшиеся проверкой военнослужащие часто не знали правил заполнения документов и порядка передвижения командированных, не проявляли должной требовательности. По оценке «СМЕРШа», отсутствовал контроль за пассажирами поездов, курсировавших по железнодорожным магистралям Северо-Западного фронта, вследствие чего «проезд военнослужащих в поездах без билетов и предварительной проверки документов… создает дезертирам и проходимцам условия для быстрого и беспрепятственного продвижения».
Отмечали контрразведчики и характерные особенности действий различных групп дезертиров. Так, рядовые солдаты, дезертировавшие без документов, пробирались в тыл глухими проселочными дорогами, обходя посты заградотрядов. Лица же начальствующего состава, дезертировавшие из частей, обычно пытались открыто пользоваться транспортом, изображая командированных по спецзаданиям. У этого вида дезертиров, как правило, были поддельные командировочные предписания, продовольственные аттестаты и чистые бланки с печатями. Например, у задержанного старшего техника-лейтенанта Каратаева при обыске было обнаружено 15 командировочных предписаний с подчищенными датами и несколько чистых бланков.
Обозначившиеся каналы проникновения в тыл могли быть использованы не только дезертирами, но и агентурой немецкой разведки. Поэтому органы «СМЕРШ» стремились сделать все возможное, чтобы перекрыть эти каналы. Оперативные группы фронтовой контрразведки постоянно работали в прифронтовых городах: Демянске, Валдае, Осташкове, Крестцах. Наряду со своей основной задачей — задержанием агентуры противника они проводили мероприятия по задержанию пытавшихся укрыться в тылу дезертиров. Было сформировано еще 5 оперативно-розыскных групп, которые курсировали по железным и грунтовым дорогам фронта и с 1 мая по 20 июня 1943 года в ходе проверки документов у военнослужащих задержали в общей сложности 1915 человек, в том числе 134 дезертира, а в июне — июле было задержано 800 лиц, из которых 58 тоже оказались дезертирами.