В послевоенный период перед органами МГБ СССР стояли сложные задачи. Для их решения требовалось поднять качество оперативной работы. Специальная комиссия, созданная в мае 1946 г. по поручению Политбюро ЦК ВКП(б), констатировала наличие в ведомстве ряда серьезных недостатков. Одним из них была слабая подготовка кадров, что являлось прямым следствием ускоренного обучения и ввода в строй оперативного состава в годы Великой Отечественной войны. В постановлении предписывалось: «…пересмотреть систему переподготовки кадров в целях повышения квалификации работников, установить твердые сроки обучения в ныне существующих школах, которые давали бы возможность готовить квалифицированные чекистские кадры. Организовать общеобразовательную подготовку сотрудников органов МГБ без отрыва их от работы». В целях стимулирования изучения иностранных языков сотрудниками МГБ СССР устанавливалась надбавка к зарплате в размере от 5 до 20 % за знание одного и более иностранных языков [3. С. 154]. По решению ЦК ВКП (б)была организована сеть курсов для подготовки руководящего и оперативного состава органов государственной безопасности как в составе Высшей школы МГБ СССР, так и в учебных заведениях на периферии.
Достаточно большая часть военных контрразведчиков после войны готовилась в Новосибирске в школе контрразведки «СМЕРШ» и Межкраевой школе МГБ СССР. В рамках совершенствования системы ведомственных учебных заведений 31 марта 1948 г. закончила свою работу Новосибирская школа контрразведки «СМЕРШ». Все имущество, учебные пособия и прочее было передано Новосибирской школе МГБ СССР. Туда же переводилась часть командно-преподавательского состава. История этого учебного заведения отражает особенности подготовки военных контрразведчиков в СССР в указанный период. В 1949 г. начинался новый этап в его развитии.
Обстановка предъявляла серьезные требования к первичной подготовке сотрудников органов госбезопасности, принимаемых на службу. С целью удовлетворения потребностей в подготовленных кадрах контрразведчиков для Вооруженных Сил, которые обострились после прекращения деятельности школы «СМЕРШ», по указанию МГБ СССР параллельно с переподготовкой сотрудников территориальных органов госбезопасности в Новосибирскую школу был произведен набор курса подготовки оперативного состава для органов военной контрразведки с годичным сроком обучения. В школу зачислялись лица, демобилизовавшиеся из Советской Армии, в основном со средним образованием. В числе курсантов были сержанты, старшины и младшие офицеры.
В 1949 г. на преподавательскую работу в школу были приняты опытные сотрудники военной контрразведки С.А. Демочкин, Д.В. Денисов, А.И. Корчагин, которые проработали в школе более двадцати лет.
Существовавший в школе учебный распорядок был достаточно напряженным. На лекции и семинары отводилось по восемь часов в день, четыре часа — на самостоятельную подготовку. Программа подготовки включала изучение основополагающих общегосударственных и ведомственных нормативных документов, а также материалов о разведывательно-диверсионных формированиях иностранных спецслужб, формах и методах их шпионской и другой подрывной деятельности против Вооруженных Сил СССР. Рассматривались комплексные меры по эффективному противодействию их враждебным устремлениям. Изучался опыт контрразведывательной защиты и ограждения войск в период Великой Отечественной войны.
Вместе с учебой курсанты хоть и редко, но отдыхали. Вот выписка из плана празднования Международного дня 8 марта в 1949 г.: «Доклад. Объявление приказа начальника школы. Концерт. Праздничный ужин. Буфет. Танцы. Начало вечера в 22 часа, окончание в 2 часа ночи» [4. Л. 33]. Вспоминая годы учебы в школе, выпускник лета 1950 г. Ю.С. Умнов писал: «В школе поддерживались образцовый порядок и дисциплина. Каждый день проводились вечерняя поверка и прогулка по Красному проспекту, в баню ходили только строем» [5]. Выпускники тех лет не только становились контрразведчиками в стенах школы, но и находили в Новосибирске свое семейное счастье. Вот что вспоминал выпускник 1950 г. Ю.А. Николаев: «К зданию школы, расположенному на Красном проспекте, пристало название “Дом женихов”, так как большинство обучающихся были холостяками. После окончания школы многие выпускники обзаводились семьями и сотнями увозили молодых сибирячек с собой» [6. С. 34].
В 1951 г. на должность начальника учебного отдела прибыл бывший начальник отделения отдела контрразведки МГБ Ленинградского округа, Герой Советского Союза подполковник Василий Григорьевич Миловатский.