Единственный реальный конфликт со Сталиным, который сильно напугал Хрущева, произошел в 1946 году. Сельское хозяйство Украины было разрушено войной, а 1946 год был засушливым, и урожай собрали очень маленький. Хрущев считал, что республика не сможет выполнить план поставок сельскохозяйственной продукции: «исходили главным образом не из того, что будет выращено, а из того, сколько можно получить в принципе, выколотить у народа в закрома государства. И вот началось это выколачивание. Я видел, что год грозит катастрофой». Бэтой ситуации он попытался уменьшить план хлебозаготовок для республики и потребовать дополнительное количество карточек, чтобы прокормить население (напомним, что в 1946 году была еще карточная система). Руководство республики направило записку в Москву с описанием ситуации. «Сталин прислал мне грубейшую, оскорбительную телеграмму, где говорилось, что
Самостоятельность Хрущева на пленуме только усугубила разногласия с вождем: «Сталин был страшно недоволен… После пленума Сталин поднял вопрос о том, что надо оказать помощь Украине. Сказал, и смотрит на меня, ждет моей реакции. Я промолчал, и он продолжил: «Надо подкрепить Хрущева, помочь ему. Украина разорена, а республика огромная и имеет большое значение для страны». Я про себя прикидывал: «Куда он клонит?». «Я считаю, что надо послать туда, в помощь Хрущеву, Кагановича. Как вы на это смотрите?» — спросил он, обращаясь ко мне. Отвечаю: «Каганович был секретарем ЦК КП(б)У, знает Украину. Конечно, Украина — это такая страна, что там хватит дела не только для двух, а и на десяток людей».
Для того, чтобы правильно понять ситуацию 1946–1947 гг., надо понимать ее исторический контекст. Хрущев вспоминает, что «получал письма от председателей колхозов просто душераздирающие. Запали мне в память, например, строчки такого письма: «Вот, товарищ Хрущев, выполнили мы свой план хлебозаготовок полностью, сдали все, и у нас теперь ничего не осталось. Мы уверены, что держава и партия нас не забудут, что они придут к нам на помощь». Автор письма, следовательно, считал, что от меня зависит судьба крестьян. Ведь я был тогда председателем Совета народных комиссаров Украины и первым секретарем ЦК КП(6)У, и он полагал, что раз я возглавляю украинскую державу, то не забуду и крестьян. Я-то знал, что он обманывается. Ведь я не мог ничего сделать, при всем своем желании».
Сталин же, по воспоминаниям Хрущева, прямо заявил ему в Москве: ««Мягкотелость! Вас обманывают, нарочно докладывают о таком, чтобы разжалобить и заставить израсходовать резервы». Может быть, к Сталину поступали какие-то другие сведения, которым он тогда больше доверял? Не знаю». Сталин считал, что Хрущев поддался местному украинскому влиянию, и он чуть ли не стал националистом, не заслуживающим доверия: «к моим сообщениям Сталин стал относиться с заметной осторожностью».