Вместе с тем, следует учитывать, что НКВД и НКГБ все равно продолжал курировать Берия: он оставался наркомом внутренних дел, а наркомом госбезопасности был его ближайший помощник Меркулов. Сталин после войны перестал исполнять роль наркома обороны и ему не было никакого смысла сохранять СМЕРШ и Абакумова в НКО, в то же время он хотел использовать Абакумова для контроля за Берия. 29 декабря 1945 года Л.П. Берия был освобожден от должности главы НКВД, к тому времени он уже возглавлял Оперативное бюро СНК. Вскоре он стал заместителем председателя СНК и членом Политбюро.
Судоплатов рассказывал, что в Кремле на совещании по реорганизации НКГБ «произошла интересная сцена. Сталин спросил, почему начальник военной контрразведки не может быть одновременно заместителем министра госбезопасности. Меркулов туг же с ним согласился, чтобы Абакумов был назначен первым заместителем министра. При этом Сталин саркастически заметил, что Меркулов ведет себя на Политбюро, как двурушник и целесообразно заменить его на посту министра госбезопасности. Похоже, Меркулов совершил ошибку, так легко согласившись с предложением Сталина, но на самом деле, Сталин просто искал подходящий предлог, чтобы его убрать». 5 мая 1946 г. ГУКР СМЕРШ был включен в состав МГБ и преобразован в 3-е Главное управление, а 7 мая Меркулов лишился своего поста. Берия, видимо, знал планы Хозяина и решил выслужиться: на упомянутом выше совещании в Кремле он первый начал критиковать Меркулова: «за неспособность определить направления в работе контрразведки в послевоенное время». И только потом к критике «присоединился и Сталин, обвинив Меркулова в полной некомпетентности». Впрочем, возможно, что Берия атаковал первый по прямому указанию Сталина. Судоплатов считает, что вождь планировал заменить Меркулова на Сергея Ивановича Огольцова. «Честный человек, но провинциал, никогда не работавший в Центре», — идеальная фигура для сталинских планов. Огольцов в период «Большой Чистки» был начальником 27 Крымского погранотряда, затем 4 Архангельского погранотряда. С приходом в НКВД Огольцов стал начальником УНКВД Ленинграда, затем заместителем начальника УНКГБ-УНКВД Ленинградской обл. Его непосредственным начальником был С.А. Гоглидзе. Затем он руководил УНКВД (затем УНКГБ) Куйбышевской области (напомним, что во время войны правительство находилось в Куйбышеве). В конце 1945 Огольцов стал 1-м заместителем Меркулова. Сталин доверял Огольцову — именно ему будет потом поручено убийство Михоэлса. Вероятно, эта фигура устраивала и Берия, но «Огольцов умолял Сталина не назначать его на эту должность. «Как честный коммунист, заявил он на Политбюро, я совершенно не подхожу для такого высокого поста, поскольку у меня недостает для столь ответственной работы необходимых знаний и опыта.» Тогда Сталин тут же предложил назначить министром Абакумова. Берия и Молотов промолчали, зато член Политбюро Жданов горячо поддержал эту идею». Огольцов стал заместителем Абакумова.
23 августа 1946 года постановлением ЦК ВКП(б) Меркулов был понижен в номенклатурном статусе — стал только кандидатом в члены ЦК (был членом ЦК) «Из акта приема и сдачи дел Министерства госбезопасности устанавливается, что чекистская работа в Министерстве велась неудовлетворительно, что бывший министр Госбезопасности т. Меркулов В. Н. скрывал от ЦК факты о крупнейших недочетах в работе Министерства и о том, что в ряде иностранных государств работа Министерства оказалась проваленной».
В целом антибериевский подтекст реорганизации был понятен: все знали о конфликтных отношениях между Берия и Абакумовым. Сам Берия потом писал Маленкову: «почти одновременно освободили тебя из ЦК, а меня из МВД и стали работать в Совнаркоме… Своей работой, своей преданностью своему ЦК и своему Правительству мы убедили товарища Сталина, что он был не прав в отношении нас
(выделено мной. —В. Н.)». Иными словами, несмотря на то, что Берия, одновременно с уходом из НКВД, стал членом Политбюро, он не воспринимал это как повышение, а видел скорее недоверие со стороны «ЦК и Правительства».Однако, на этом планы сталинской реорганизации не закончились. Положение, в котором оказались многие бериевцы с приходом Абакумова, лучше всего иллюстрируется биографиями Серебрянского, Эйтингтона и Судоплатова. Яков Серебрянский был руководителем группы НКВД, которая проводила спецоперации за рубежом при Ежове. Он был арестован в 1938, но затем Берия его освободил. «В 1946 году министром госбезопасности был назначен Абакумов, и Серебрянскому пришлось выйти в отставку, так как в 1938 году именно Абакумов вел его дело и, применяя зверские пытки, выбил ложные показания, — вспоминал Судоплатов. — Естественно, Серебрянский не мог оставаться на работе с приходом нового министра. Он вышел в отставку в звании полковника и получал пенсию».