Организация обороны Царицына, совместно с пришлым К.Е. Ворошиловым и местным С.К. Мининым — первый немаловажный этап участия Сталина в гражданской войне. Участия не только и не столько под аккомпанемент орудийных выстрелов и ружейных залпов, сколько ожесточенных схваток со своими коллегами. Борьба с ними шла с переменным успехом, но в целом окончилась за явным преимуществом Сталина. При этом он первоначально, не имевший специальных воинских полномочий, весьма дерзко домогался их, мотивируя интересами дела.
19 июля его поползновения увенчались успехом: созданием Военного совета Северо-Кавказского военного округа во главе со Сталиным. На этом назначении, возможно, настоял Ленин, которому Сталин перед этим телеграфировал о результатах своей поездки по Царицынскому фронту. И тут же, буквально следом, доложил по прямому проводу об отправке в Москву, с 12 по 16 июля, пяти эшелонов с продовольствием.
В августе 1918 года на Царицынском фронте создалось очень тяжелое положение, однако Сталину и Ворошилову удалось организовать отпор Донскому воинству Краснова посредством введения осадного положения и мобилизации всех средств, вплоть до рытья окопов буржуазными «элементами».
А осенью конфликт Троцкого со Сталиным принял характер открытого противостояния. 11 сентября РВСР был образован Южный фронт, командующим которого с большими полномочиями был назначен бывший царский генерал П.П. Сытин.
12 сентября Сталин выезжает в Москву проведать выздоравливавшего Ленина и доложить о ситуации под Царицыным. Помимо сообщения о положении на фронте Сталин, естественно, доказывает Ленину и Свердлову неправоту Троцкого, всецело опиравшегося на военных специалистов.
17 сентября он назначается председателем вновь образованного Военно-революционного совета Южного фронта, с недостаточно очерченным кругом полномочий. Сытин же был наделен в оперативных делах полной самостоятельностью, правом постановки стратегических задач и, в связи с этим, выбора местонахождения штаба.
Намерение Сытина и РВСР дислоцировать штаб фронта в Козлове, вблизи Тамбова и на значительном удалении от Царицына вызвало негодование Сталина, Минина и, особенно, Ворошилова. Чьи интересы, ввиду назначения помощником нового командующего фронтом, оказались ущемленными прямо.
Троица настаивает на оставлении штаба в Царицыне. На фронте фактически сложилось двоевластие. Сытин не был допущен к исполнению директив главкома и РВСР. Проигнорированными оказались распоряжения «главного командования» выехать Сталину (22 сентября покинувшему Москву) в Козлов для совместной работы с командующим фронтом. Свежеиспеченный реввоенсовет заявил, что признает только коллегиальное решение всех оперативных вопросов управления фронтом.
29 сентября Сытин и Мехоношин К.А. (представитель Военной инспекции РВСР) приехали в Царицын из городка Балашов — штаба 9-й армии красных. Они тщетно попытались договориться на встрече с царицынцами о дальнейших конструктивных действиях. Но
Сталин, сначала отменивший приказы Сытина, затем и вовсе отстранил его от командования.
Вернувшись в Балашов, Мехоношин сообщил результаты поездки в Москву и Тамбов — Троцкому. Конфликт все разгорался. Троцкий немедленно толкает осторожничавшего Мехоношина на безрассудные действия: «… войти в РВС Южного фронта и обеспечить единство командования». Одновременно надменно приказывая Сталину обеспечить невмешательство «комиссаров в оперативные дела, штаб поместив в Козлове». А также грозя за неисполнение «в течение 24 часов этого предписания» самыми суровыми мерами.
Сталин, в свою очередь, совместно с Ворошиловым апеллируют к еще не оправившемуся от ранения Ленину. 3 октября они посылают телеграмму с требованием обсудить в ЦК вопрос о действиях Троцкого, угрожающих развалить Южный фронт. В ответ Троцкий 4 октября телеграфирует Ленину: категорически настаиваю на отзыве Сталина, Ворошилов способен командовать лишь полком. У нас полное превосходство сил, но в верхах полная анархия. Я могу покончить с этим в 24 часа, если буду иметь твердую и ясную поддержку.
Ленин оказался в весьма щекотливом положении, однако принял соломоново решение, то есть постарался никого не обидеть. Он отправляет Свердлова для организации встречи между оппонентами. Но желание вождя примирить противоборствующие стороны не осуществилось, главным образом, по причине непомерной заносчивости Троцкого.
6 октября Сталин вновь выезжает в Москву и постановлением Совнаркома назначается членом РВС Республики, вероятно, для успокоения его самолюбия.
11 октября он возвращается из Москвы в Царицын, дабы сдать дела вновь организованному РВС Южного фронта. При этом Сталин, вкупе с Ворошиловым и Мининым, преодолев неприязнь, попытался примириться с Троцким. Однако ничего не вышло, о чем было сообщено во ВЦИК и ЦК партии: «Разговор с Троцким был очень краток, намеренно оскорбителен, по логическому содержанию — непонятен. Разговор был оборван Троцким…».