Во время войны были сфабрикованы новые типы «врагов» или подозреваемых — пропавшие без вести, вышедшие из окружения и плена, жившие на оккупированных территориях, лица, которые имели родственников на этих территориях. В связи с освобождением последних у режима появились новые «заботы». Недавно стала известна директива военного совета Южного фронта от 11 октября 1943 г. Она требовала проверить все новое пополнение, «изъять из дивизий всех политически сомнительных людей», направить их в спенлагерь НКВД. Остальных — в свои части или в штрафные батальоны.
Очевидно, есть основания говорить о том, что «старые враги народа», например, лишенцы, то есть лишенные до 1936 г. избирательных прав, отошли на второй план, им разрешили отдавать свои жизни за Родину беспрепятственно. Среди новых подозреваемых в армии особое место в 1944–1945 гг. заняли так называемые «западники». Как показывают авторы воспоминаний, в частности, Григоренко, Хрущев, предметом особого внимания СМЕРШа стали призванные в армию жители Бессарабии, западных областей Украины, Прибалтики. Во время войны изменился «состав политических преступлений». 5—10 лет заключения можно было получить за признание тех или иных на самом деле превосходных свойств оружия противника, использование для курения немецких листовок, за соответствующую реакцию солдата в окопе на письмо сестры о голодной и холодной жизни в деревне.
Одной из самых крупных репрессий, совершенных в военные годы, была массовая депортация народов. Сама по себе депортация не была для режима чем-то новым. Насильственные переселения больших масс населения начались еще на рубеже 20—30-х гг. в связи с раскулачиванием. Выселение казаков в некоторых районах Северного Кавказа было осуществлено еще раньше. Речь шла, однако, о решении классовых, но не национальных проблем (мнимых или действительных). Выселялась наиболее зажиточная часть населения, в большинстве своем это были русские, украинцы. Переселение целых народов также началось еще до войны. Первыми объектами такой национальной политики стала двухсоттысячная (по другим данным — 180 тыс.) корейская община, которая проживала на Дальнем Востоке. Осенью 1937 г. она была насильственно перевезена в Среднюю Азию и Казахстан. Поводом послужило обвинение в шпионаже в пользу Японии. Эта версия абсурдна. Корея была ее колонией, корейцы видели в японцах своих поработителей. Переселенным корейцам не разрешали служить в армии, даже в годы Отечественной войны. Они были лишены права передвижения. Почти одновременно с ними были высланы в Среднюю Азию курды из Закавказья. После воссоединения с СССР Западной Белоруссии, Западной Украины, Бессарабии такую судьбу разделили сотни тысяч поляков, евреев, украинцев, белорусов, молдаван. Они были переселены в Поволжье, Сибирь, на север Коми АССР, Казахстан. После воссоединения прибалтийских республик несколько десятков тысяч латышей, литовцев, эстонцев было репрессировано и также выслано в восточные районы страны. Накануне войны с Финляндией были высланы несколько тысяч лиц финской национальности.
С началом Отечественной войны пошла новая волна переселений. На сей раз целым народам было объявлено о «коллективном наказании». В Указе Президиума Верховного Совета СССР от 28 августа 1941 г. о ликвидации АССР немцев Поволжья говорилось: «По достоверным данным, полученным военными властями, среди немецкого населения, проживающего в районах Поволжья, имеются тысячи и десятки тысяч диверсантов и шпионов, которые по сигналу, данному из Германии, должны произвести взрывы в районах, заселенных немцами Поволжья». 1,5 млн. немцев, проживающих в республике и других регионах СССР, были депортированы в Киргизию, Казахстан, Сибирь. По некоторым данным, половина их погибла. Известно, что немецкие меньшинства во многих странах Европы были использованы фашистами в их завоевательных походах. Аналогичные планы их разведка имела и в СССР. Однако здесь расчеты в целом подорвались. В СССР сторонников фашизма среди немцев было не больше, чем среди русских или украинцев. Официальное утверждение было ложным. Подавляющее большинство немцев Поволжья вполне лояльно относилось к СССР и было готово защищать его от агрессора. Отождествление немцев и фашистов было ошибочным теоретически, вредным политически. Варварский призыв «Убей немца!» и повальная депортация немцев были явлениями одного порядка.