«Земли не было видно под трупами. Всюду слышались крики и стенания почтенных матрон и дев, посвятивших себя Богу. Кто опишет крик и плач детей, оскорбление святынь и прочие ужасы? Здесь представлялась взорам Божественная Кровь Спасителя, разлитая по полу, и Тело Его, разбросанное по углам. Переломанные священные сосуды валялись повсюду. Священные ризы, вытканные золотом и шелком, служили попонами лошадей или клались под ноги, как ковры. Многое и другое совершилось в этот день, что возмутило бы душу каждого и исторгло слезу…
В храме Премудрости Божией бражничали турки и предавались неистовым страстям, окруженные женщинами, девами и юношами. Кто не оплакивал тебя, о священный храм! Везде плач и страдания, в домах — слезы, в храмах — стоны мужей, рыдания женщин, грабежи, плен, оскорбления… Господи, Христе, Царь! Спаси от такого бедствия всякую страну и всякий город, населенный христианами…»
В пятницу, на третий день после завоевания Константинополя, обычная в тот день мусульманская молитва происходила уже в Святой Софии, наскоро обращенной в мечеть. Султан взошел на минбар (кафедра для проповедей) с саблей в руке и прочел котбу. В некоторых хрониках сказано, что в этот день один греческий священник вышел из подвала церкви, где он прятался три дня, принял веру победителей и указал султану место, где были спрятаны церковные сокровища.
Впоследствии султан Мехмед II прибавил к Святой Софии два минарета и два контрфорса с юго-восточной стороны. При султане Баязиде II был построен еще минарет (у дворцовых ворот). В 1569 г. султан Селим II возвел еще два минарета и несколько подпорных стен, а султан Мурад III поставил внутри храма мраморные трибуны и две большие алебастровые урны, взятые из Пергама и предназначавшиеся для омовения мусульман. Наверху собора, благодаря усилиям великого визиря Мехмет-паши, появился алем — бронзовый вызолоченный полумесяц.
Переделывая собор в мечеть, турки уничтожили многие мозаики и фрески со святыми образами, часть их покрыли надписями или затянули толстым закрашенным холстом, так как ислам запрещает иметь в мечетях изображения. Некоторые мозаики были разобраны и проданы иностранцам. И только четыре шестикрылых серафима, украшавшие паруса куполов, видны еще и теперь, но на их лицах нарисованы большие звезды.
Алтарь храма был заменен михрабом; около него вместо императорского места были устроены максура (заповедное место для султана), место для муфтия и беседка для придворных. Трибуна султана, поддерживаемая колоннами и окруженная золотой решеткой, была построена Ахмедом III, а до того времени максура была приделана к стене.
Ковры, покрывшие плиты пола, располагались так, чтобы лица верующих были обращены к Каабе. Минбар мечети состоял из кафедры под остроконечным навесом. На нее всходили по очень крутой лестнице с великолепными перилами.
Старинные серебряные люстры-канделябры храма Святой Софии были заменены железными. Тысячи лампад помещаются на этих обручевидных люстрах, украшенных страусиными яйцами, цветами и букетами золотых листьев. По восточному преданию, лампады олицетворяют небесные звезды, которые освещают окружающие их страусиные яйца — символ их спутников, а пучки золотых листьев изображают кометы. Люстра, спускающаяся с центра купола, была повешена при султане Ахмеде III; к ней привешен большой золотой шар. Место, занимаемое этой люстрой, считалось святым, так как здесь можно было встретить Хадира — очень почитаемого мусульманского святого, который иногда приходит, чтобы помочь людям. В куполе, на месте прежнего изображения Предвечного Бога, написаны стихи из Корана.
При входе около дверей, предназначавшихся для султанов, проделано так называемое «Холодное окно», из которого всегда дует ледяной ветер. На верхней галерее с южной стороны устроены две двери с изваяниями: одна называется «Воротамирая», другая — «Воротами ада». В западной стороне верхнего этажа, около окна, верующие видят «Светящийся камень» — мраморную плиту, привезенную из Ирана. Она имеет свойство поглощать солнечные лучи днем и светиться ночью.