Победа Кирилла в Эфесе (431) не только избавила православное богословие от «несторианского» искушения. Ее важность состоит не только в утверждении исторической истины единства Христова, но и в провозглашении творческой богословской концепции: в человечестве Христа был «принят» Словом весь человек, без изъятий; и отсюда — идея «обожения» всех, спасенных во Христе. Именно эту мысль стремился сохранить Эфесский собор, возводя наименование Матери Иисуса «Богородицей» на степень догмата: Мария не могла быть Матерью только «плоти» Христовой, потому что плоть эта не имела самостоятельного бытия, но была воистину «плотью Божией». В этой плоти (kata sarka) Сын Божий страдал, умер и воскрес; именно в этой плоти искупленное человечество призывается вступить в общение с Духом Святым. В строго антиохийском контексте идея обожения и «причастия» человека Богу невозможна.
Кириллу, однако, не хватало терминов, которые могли бы отвести от него подозрение в аполлинаризме и сделать его учение приемлемым для всей Церкви. Его горячий ум не стремился к той трезвой ясности, с которой великие каппадокийцы пятьдесят лет назад вывели арианский спор из бесплодных словопрений и сформулировали Никейскую веру в терминах, приемлемых для большинства восточного епископата. Верный богословской системе Афанасия (аполлинарианские формулы, которые он употреблял, в то время приписывались Афанасию), Кирилл не мог и не хотел применять к христологии каппадокийские определения терминов fusij, ousia и upostasij. Этот шаг был совершен на Соборе в Халкидоне, величайшая заслуга которого заключается в том, что там учение Кирилла было сформулировано на языке, богословски точном и доступном для антиохийских богословов.
Такое достижение необходимо вытекало из самих обстоятельств эфесских споров и полемического характера решений Эфесского собора, который просто утвердил Кириллово православие, не решая реальных проблем, поставленных антиохийской христологией. В письме к Кириллу Несторий отказывается признать, что Слово, ставшее Богом, могло родиться от Девы и умереть на кресте. Однако он согласен, что Христос — тварный человек — родился и пострадал во плоти. Несторианство по существу двойственно, ибо всегда различает между Словом и Христом. По терминологии Нестория получается, что все, что мы можем сказать о Слове — безразлично, воплощенном или нет — относится к самой Божественной природе. Такие выражения, как «Слово умерло на кресте» или «было рождено от Марии» не подходят к природе Божества, неизменной даже после Воплощения. «По соприкосновению с храмом, в котором Она обитала» (th tou naou sunafeia) Божественная природа Слова сама стала подлежащей тлению.
Очевидно, что только четкое различение Слова, как субъекта Воплощения, и Божества, как бесстрастной и неизменяемой природы, общей для всей Троицы, может помочь выразить, если не объяснить, тайну искупления. Но ни св. Кирилл, ни Несторий этого различия не замечали. Принятие его собором в Халкидоне поставило множество новых проблем, которые позже пытались решить византийские богословы; но в середине пятого столетия казалось, что халкидонской формулой Церковь окончательно нашла единственно возможный и православный путь к выражению сущности Воплощения.
На Востоке, находившемся под впечатлением победы Кирилла над Несторием, ересь Евтихия привлекла внимание к опасностям торжествующего александрианизма. Была отмечена, недостаточность богословского словаря Кирилла для преодоления этих опасностей.
Деяния Константинопольского Собора 448 года под председательством епископа Флавиана, где был осужден Евтихий, показывают, что как для судей, так и для обвиняемого Кирилл остается единственным критерием православия. Сперва Евтихий не был склонен принимать формулу единства, которую принял Кирилл в 433 году для достижения мира с восточными (совершенное человечество и совершенное Божество Христа и «единство двух природ»), но потом согласился и с этим. Однако он отказывался исповедать две природы «после соединения», другими словами, вечность и нераздельность двух природ во Христе. Это учение епископы, принимавшие участие в Соборе, не без оснований считали кирилловским по содержанию, хотя сам Кирилл никогда формально его не высказывал.
Осуждение Евтихия казалось многим отказом от кирилловского богословия. Диоскор Александрийский при поддержке императора добился смещения Флавиана, реабилитации Евтихия и осуждения упорных защитников «двух природ после соединения», а именно Феодорита Киррского и Ивы Эдесского, изначально скомпрометированных прежней дружбой с Несторием. Таковы были решения «Разбойничьего Собора» в Эфесе, проведенного под руководством племянника Кирилла, унаследовавшего его александрийскую кафедру; все это делалось во имя Кириллова богословия. Только смерть императора Феодосия II смогла изменить ситуацию к лучшему.