Заключенный вскоре мир продолжался недолго. Воспользовавшись тем, что Тамерлан воевал с Белой Ордой в северной части Нижней Сырдарьи, Юсуф Суфи вторгся в Трансоксиану и разорил окрестности Самарканда. Пора была кончать с этим опасным соседом, который, как только тимуридская армия уходила воевать в дальние края, начинал угрожать столице. В 1379 г. спровоцированный Юсуфом Тамерлан подошел к воротам Ургенча и вызвал его на поединок. «Он надел легкий панцирь, опоясался саблей, надел на руку щит и, сев на коня с царским убором на голове, поскакал к городу. Поручив себя Аллаху, он в одиночестве приблизился к краю рва и вызвал Юсуфа померяться с ним силой. Но Юсуф, предпочитая жизнь чести, не дал никакого ответа» («Зафар-наме»). Осада Ургенча продолжалась три месяца. Юсуф, видя, что кольцо сжимается все сильнее, умер от отчаяния. Наконец город был взят приступом, за которым последовала обычная резня (1379).
Присоединение Хорезма завершило формирование Трансоксианского государства.
Походы Тамерлана в Моголистан и Уйгурию
Едва утвердившись на троне Трансоксианы, Тамерлан пошел войной на старое Восточно-Чагатайское ханство (районы Или и Юлдуса).
В этой стране незадолго до того произошел переворот. Мы уже видели, какое главенствующее положение там занял монгольский род Дуглат, который стал почти полным хозяином Кашгарии с центром в Аксу, а также располагавший значительными владениями в собственно чагатидских землях на Или, где находилась резиденция ханов. Это по инициативе дуглатского эмира Буладжи, или Пуладжи, после нескольких лет анархии, в 1347 г., на илийский трон был возведен хан-Чагатаид Туглук-Тимур. После смерти Буладжи, наступившей в царствование Туглук-Тимура (1347–1363), должность улус-бека, примерно соответствующая франкскому майордому, была отдана его младшему сыну Худайдаду. Брат Буладжи, эмир Камар ад-Дин, мечтавший сам получить ее, безуспешно жаловался хану Туглук-Тимуру. Он взял реванш после смерти Туглук-Тимура, убив сына этого правителя Ильяс-Ходжу, вернувшегося из Трансоксианы, изгнанный оттуда победами Тамерлана (ок. 1365–1366). Камар ад-Дин тогда сверг Чагатаидскую династию, объявил ханом себя и стал царствовать в Моголистане, то есть в районе Таласа, Иссык-Куля, Или, Юлдуса и Манаса, а также, очевидно, над большей частью Алтишара, или Кашгарии, примерно с 1366 по 1392 г. Младший брат Ильяс-ходжи, Хизр-Ходжа, спасся от расправы, устроенной Камар ад-Дином, благодаря помощи Худайдида, который помог ему бежать из Кашгара в Памирские горы, где молодой человек спрятался, ожидая лучших времен.
Именно против Камар ад-Дина Тамерлан предпринял серию походов, гораздо менее известных в истории, чем его походы на Персию, Дели или Анкару, но, возможно, более примечательных, ибо совершались они в более сложные по природным условиям страны, против неуловимого противника. Впрочем, это были превентивные удары, не имевшие иной цели, кроме как окончательно обезопасить Трансоксиану от периодически случавшихся набегов кочевников. В направлении Алматы, к северу от Иссык-Куля, был направлен на разведку отряд по командованием военачальников Тамерлана; он вернулся, заключив мир или перемирие с врагом, которое было дезавуировано Тамерланом. Тот, выступив из района Ташкента, двинулся от Сайрама (из местности к северу от этого города) к месту, которое «Тарих-и Рашиди» называет Танки и в котором некоторые ученые видят Янги, то есть Талас, нынешний Аулие-Ата, обратил кочевников в бегство и захватил много добычи.
В 1375 г. состоялся третий поход Тамерлана. Выступив из Сайрама, он пересек район Таласа и Токмака до истоков Чу. Камар ад-Дин, следуя обычной тактике кочевников, отступал вплоть до города, называвшегося согласно «Зафар-наме» Киркехи-Гуриан или Арчал-Атар, в котором некоторые исследователи предлагают видеть Отар, расположенный на северо-западе от Кастека в бассейне Верхней Или, на северных склонах Улутау. Так это или нет, видимо, этот город действительно следует искать в горах к северо-западу от Иссык-Куля. Джахангир, старший сын завоевателя, застал там врасплох неприятеля, который рассеялся, убегая в направлении Или. Тамерлан опустошил этот район Или (Ап-Или), составлявший сердце прежнего Восточного Чагатая, потом, вероятно, перешел в долину Верхнего Нарина, где «Зафар-наме» показывает нам его воюющим в долинах рек Арпа и Язи, на северо-западе Кашгара. Он взял в плен дочь Камар ад-Дина, принцессу Дильшад Агу, которая пополнила его гарем. Затем, через Узкенд и Ходжент в Фергане, он вернулся в Самарканд.