Именно в это время он набрасывает план своего проекта «Четырех Германий». Затем до начала 1496 г. он оставался в Гейдельберге как прямой преемник своего учителя Агриколы — не столько при университете, сколько при дворе, и как советник и как учитель детей пфальцграфа Филиппа. Здесь вокруг Цельтиса создается первое гуманистическое «Рейнское литературное содружество». Рейхлин, Вимпфелинг, Тритемий, Вигилий, Йодок Галлий и ряд других имен с самого начала фигурируют здесь среди членов. Этому сообществу суждено было стать прообразом для аналогичных в других городах Германии. Оно возникло не при университете, не при дворе, но под покровительством могущественного Иоганна Дальберга, имевшего возможность отпустить средства на содержание своей Академии.
Тем временем официальное приглашение Максимилиана заставило Цельтиса покинуть приветливый Гейдельберг и направиться в Вену. 7 марта 1497 г. Цельтис получил назначение профессором красноречия и поэтического искусства в Венский университет. Диплом был подписан самим императором Максимилианом I — это было нарушением автономии университета, но это было шагом к превращению Венского университета в передовой центр культуры и образования в Европе.
В Вене Цельтису пришлось начать с создания такого же внеуниверситетского сообщества, как и в Гейдельберге. Следует обратить внимание, что в противоположность устоявшимся представлениям о том, что распространение гуманизма в Германии связано было с университетами, в действительности на каждом шагу, в том числе и тогда, когда при Цельтисе гуманизм одержал в основном победу над схоластикой, гуманистическое движение развивалось вопреки университетам, а не в университетах.
Созданное в 1497 г. «Дунайское литературное содружество» было подобием Рейнского общества, основанного в Гейдельберге. В это же время возникали уже аналогичные «содружества» в Нюрнберге («Норическое»), в Аугсбурге («Августинское»), в Оломоуце («Маркоманское») и др. «Дунайское содружество», по мысли Цельтиса, объединяло гуманистов не только Вены, но и всей Австрии и Венгрии, где еще сохранялся круг гуманистов, некогда сосредоточившихся при дворе Матьяша Корвина.
В 1499 г. Цельтис делает попытку превратить артистический факультет Венского университета в полноправное, стоящее наравне с богословским и юридическим факультетом, ученое заведение с правом присуждения высших ученых степеней. Это вызвало сопротивление корпуса докторов, а внутри артистического факультета по-прежнему сохранялась открытая оппозиция цельтисовским требованиям углубленного изучения филологии и древней философии. Борьба приобрела характер столкновения между поклонниками Аристотеля и Платона. Отказавшись от своего права совершить сразу переворот в структуре университета, Цельтис прибег к обходному пути: зимний семестр 1499—1500 гг. открывается параллельно с артистическим факультетом в самостоятельной «Коллегии поэтов и математиков». Здесь в обучении были объединены заимствованные из итальянских университетов (прежде всего из Феррары) принципы филологического образования на основе изучения трех древних языков, философии Платона, классической литературы, теории поэзии, латинского красноречия, драматического искусства, — с этой целью устраиваются школярские спектакли на сцене. Следуя традиции парижского номинализма, отражение которой Цельтис мог видеть и в самой Вене, среди последователей Пейербаха, в новом преподавании самостоятельное место заняла натурфилософия, и подлинный Аристотель изучался в сочетании с Птолемеем и Плинием Старшим.
В 1501 г. в Линце ученики «Коллегии» впервые разыграли перед императором — или, точнее, при императоре, поскольку он и сам был участником этого красочного представления, — «Игрище Дианы», текст и сценарий которого были написаны самим Цельтисом. Результатом этого было торжественное утверждение «Коллегии» императорским эдиктом, даровавшим ей также право присуждать поэтические лавры. В последующие годы, наряду с написанными самим Цельтисом, но не дошедшими до нас текстами сценических игрищ, создаются совместные произведения его учеников, выполненные под его руководством, — «Рапсодия» (1505), «Мелопеи» Петра Тритония (1507) и др. Это последние годы жизни Цельтиса, окруженного учениками, среди которых выделялся, сделавшийся ректором в 1502 г. и осуществивший постепенно превращение «Коллегии» в полноправную часть университета, Иоганн Куспиниан (Шписгеймер).