Размышляя перед началом Второй мировой войны и в последующие месяцы и годы над причинами, приведшими к охлаждению ее отношений с Гитлером, Винифред выделяла прежде всего три обстоятельства: раздражение фюрера из-за ее стремления устроить неформальную встречу с английским послом Невиллом Хендерсоном во время фестиваля 1939 года, бегство Фриделинды, которое ей не удалось предотвратить, и ее постоянное заступничество за евреев. После того как на проведенной под руководством Райнхарда Гейдриха в январе 1942 года так называемой Ванзейской конференции (она проходила на берегу берлинского озера Ванзее) была поставлена задача уничтожения еврейства на всех подчиненных рейху территориях, поток обращений к Винифред, которой и прежде приходилось ходатайствовать за преследуемых, невероятно увеличился: зная близкие отношения руководительницы фестивалей с фюрером, ее знакомые, знакомые знакомых и даже вовсе незнакомые люди писали ей и искали возможности встретиться лично, чтобы просить заступиться за подвергавшихся преследованиям родственников и знакомых. В своем меморандуме, представленном после войны комиссии по денацификации, она сообщила, что в то время ее почта на семьдесят пять процентов состояла из прошений, и не было случая, чтобы она не рассмотрела какое-то из них: «Я не могла обращаться напрямую к Гитлеру, поскольку знала, что такие письма не попадают к нему в руки и таким образом не могут достичь цели». В тех случаях, когда просили за евреев, речь шла, по ее словам, в чистом виде о выживании. Ей, например, не составило труда в 1939 году, когда выезд евреев из страны был уже сопряжен с огромными трудностями, добиться разрешения на переселение в Швейцарию для тестя Томаса Манна, старого вагнерианца Альфреда Прингсхайма и его супруги; потом в Цюрихе о них заботился Франц Вильгельм Байдлер. Разоблачая перед общественностью местных антисемитов, которых в Швейцарии к тому времени развелось несметное количество, Байдлер писал в еженедельнике
Во время этого процесса были приведены и другие случаи заступничества Винифред за преследуемых. Бывший дирижер из Дармштадта Пауль Оттенгеймер был арестован гестапо, ему как еврею грозила отправка в один из лагерей смерти. К руководительнице фестивалей обратилась за помощью его дочь, полуеврейка Зузи Оттенгеймер. Доподлинно неизвестно, какие аргументы удалось найти в пользу его освобождения, но, по словам спасенного, «…в любом случае это величайшее чудо, когда в кои-то веки за человека заступаются, как это было со мной». Однако вскоре его снова задержали, чтобы отправить в Терезиенштадт. На сей раз Зузи проехала 200 километров на велосипеде, чтобы снова броситься в ноги Винифред, и та опять сделала все возможное для спасения ее отца. Тем не менее Оттенгеймер оказался в этом городе-гетто, откуда узников чаще всего отправляли в находившиеся в Польше лагеря смерти. Однако он выжил и после войны вышел на свободу. Благодаря заступничеству Винифред удалось выжить в Вене венгерской пианистке Алисе Риппер – за нее Винифред просила тамошнего гауляйтера Бальдура фон Шираха. По мнению Верены, даже после того, как ее мать уже не имела возможности общаться напрямую с Гитлером, ей удавалось спасать людей благодаря тому, что чиновники знали о ее близких отношениях с фюрером и предпочитали ей не перечить.