В конце июня на Мальте причалила галера с 1000 солдат и 24 добровольцами-рыцарями из Сицилии. Небольшой отряд пробился ночью через боевые порядки турок и явился к де ла Валетту в Борго. Прибывшие сообщили магистру, что папа Пий IV уже выделил деньги на операцию по деблокаде Мальты, что испанцы обещали прислать флот, а в Мессине собрались добровольцы. Но вице-король Испании в Сицилии боится выходить в море без сопровождения военной эскадры, более мощной, чем турецкая. Вице-король обещал отправиться к Мальте «в один из июльских дней».
Семьдесят три дня крепость де ла Валетта выдерживала артиллерийскую бомбардировку. С высот позади города орудия стреляли прямой наводкой по улицам. Строители прокладывали пути подхода к стенам крепости. На острове, целиком состоявшем из известняка, подкопы были невозможны. Оставалось только пытаться разрушить стены крепости, а потом пускать солдат по открытой местности на штурм проломов, не считаясь с огромными потерями. Ведь невозможно было даже вырыть окопы, подходящие к стенам крепости. Как писал Ноллес, «бомбардировки производились с четырнадцати позиций. По городу били семьдесят больших орудий, включая три особенно мощных василиска. Турки окружили город линиями бастионов, фашин и искусственно возведенных возвышенностей, с которых день и ночь беспрерывно обстреливали городские кварталы и замки Сент-Мишель и Сант-Анджело. Они разрушили стены города и другие фортификационные сооружения, а жилые дома довели до такого ужасного состояния, что внутри них вряд ли осталась хоть одна живая душа».
Военные строители Мустафы-паши провели дорогу к одному из оставшихся фортов. Хасан, сын Барбароссы, унаследовавший от отца титул бейлербея Алжира, предложил перетащить галеры по суше в бухту позади фортов и атаковать их с моря. Однако эта операция привела к полной потере экипажей галер. Суда были потоплены или оставлены дрейфовать, а их команды были перебиты огнем из фортов и цитадели.
Салих Раис, сын капитана, помогавшего в свое время Барбароссе, ночью совершил внезапный налет с небольшим отрядом на один из бастионов. Но пять его защитников успели проснуться и отбить атаку до подхода подкрепления.
Турецкие боевые пловцы, прихватив с собой острые топоры из дамасской стали, попытались подобраться к цепи, перекрывавшей вход во внутреннюю бухту, и перерубить ее. Однако их встретили мальтийские пловцы с ножами в зубах и всех перебили.
Поскольку рыть подкопы не было возможности, Мустафа-паша приказал у стены одного из бастионов выдолбить шахту для закладки пороха. Но взрыв лишь слегка повредил стену. Немедленная атака турок на этом участке была сорвана защитниками бастиона, устроившими засаду. Бурение шурфов производило много шума, и их нельзя было сделать незаметно.
7 августа состоялся генеральный штурм, который длился девять часов, но тем не менее был отбит. И все же Мустафа-паша, не считаясь с потерями, предпринимал штурмы один за одним, зная, что каждый бой понемногу изматывает рыцарей и наносит им потери, которые невозможно восполнить.
В конце августа в турецком лагере распространилась дизентерия. Тогда же была произведена серия взрывов, повредивших стены крепости, и сераскер в золоченых доспехах сам возглавил штурмующие колонны. Однако атакующие не смогли пробиться через проломы. Мустафа-паша с янычарами был отброшен в воронку от взорванного боезаряда. Там им пришлось до наступления темноты отбивать вылазки рыцарей. Только ночью остатки атакующих отползли к своим позициям.
Поскольку у рыцарей не было сил, чтобы держать оборону по всему периметру крепости, некоторые из них предлагали сосредоточить священные реликвии, личные ценности рыцарей и остатки запасов продовольствия в замке Сант-Анджело, чтобы в случае необходимости можно было все это оттуда эвакуировать.
Великий магистр это предложение отверг, сказав, что понимает мотивы, но не может с ним согласиться. Рыцари, мальтийцы и немецкие и испанские наемники сражались самоотверженно, но если станет известно, что вожди обороны готовятся к эвакуации из крепости, то это деморализует защитников. Солдаты не будут сражаться, узнав, что командиры собираются бежать с поля боя. Поэтому Жан Паризо де ла Валетт приказал, чтобы на защиту проломов были брошены все силы, кроме артиллеристов, ведущих огонь из пушек.
К концу августа турки усилили атаки на проломы. Потеряв половину своих людей убитыми, ранеными или больными, Мустафа-паша тем не менее понимал, что нельзя ослаблять натиск и что отпущенное ему время истекает. Как писал Ричард Ноллес, «Мустафа-паша верил, что нет человека, столь сильного и выносливого, которого нельзя было бы сломать, и решил не давать осажденным передышки. Он приказал своим солдатам вновь атаковать проломы форта Сент-Михаэль».
В эти несколько последних дней штурма фанатичная ярость атакующих не смогла сломить фанатизм защитников.