Сказав это, белоризец скрылся, а юноша, придя в чувство после видения, со слезами раскаяния устремился в церковь к цельбоносным мощам преподобного Евфимия, у которых и получил исцеление. А потом принес домой благословленный квас, и больной брат его сразу же приложился к сосуду, призвав на помощь преподобного Евфимия. И тотчас представилось ему, что находится он в Спасо-Евфимиевом монастыре рядом с ракой преподобного, и некий благообразный старец положил ему на голову руку и сказал: "Не скорби, потрудился ты в немощи, но отныне буди здрав по вере твоей". Очнулся больной и, почувствовав себя совершенно здоровым, в неизреченной радости стал повсюду рассказывать о своем чудесном исцелении.
Развернувшаяся на рубеже XV–XVI веков борьба стяжателей и иосифлян не обошла стороной и эту обитель. Стяжательство вызывало большое озлобление крестьян, которые при всем своем благочестивом уважении к монастырям, постоянно спорили и судились с ними. Нередко крестьяне поджигали принадлежавшие им угодья, даже прогоняли монахов (особенно вновь появлявшихся отшельников) и не дожидались, чтобы вокруг них собирались такие же страстные любители смиренной жизни. Так, в 1503 году Спасо-Евфимиев монастырь возбудил судебное дело против Михалка Жука Насонова, который два года жил в деревеньке Ильинское, принадлежавшей обители. За год до суда он вышел вон, и монастырский старец взял с него две полтины денег, а поле его яровое засеял рожью. В ответ Михалко сжег всю деревню — с житом и прочим имуществом. Когда его привлекли к суду, он чистосердечно во всем сознался, и суд постановил "монастырскую гибель доправить" (возместить причиненные убытки. —
К XVI веку Спасо-Евфимиев монастырь сделался одним из самых крупных не только в Суздале, но входил в число самых богатых монастырей России. Он владел целой "армией" крепостных крестьян (10 000 человек), а также прекрасными пастбищами, земельными и водными угодьями. Благодаря своей экономической мощи обитель в XVI–XVII веках развернула на своей территории интенсивное каменное строительство.
Стены святой обители были свидетелями многих событий русской истории. Так, в Смутное время в монастыре стоял лагерь польского пана Лисовского, о чем уже говорилось ранее. Некоторое время в монастыре скрывался беглый инок Григорий Отрепьев, а впоследствии здесь же оплакивала злосчастную судьбу свою Ксения Годунова.
В начале XVII века польско-литовские захватчики уничтожили деревянные стены и башни монастыря, и вместо них во второй половине того же столетия была воздвигнута мощная каменная стена с двенадцатью башнями. Главная (проездная) башня была обращена к городу. Квадратная в плане, она расположена весьма необычно — под углом к стене. Верх этой 22-метровой башни почти сплошь покрыт узором и украшен изразцовым поясом.
В 1689 году соборный храм был расписан внутри дружиной костромских иконописцев, которую возглавлял знаменитый мастер Гурий Никитин. Фрески, покрывающие все стены и свод собора, похожи на громадный ковер. Главным является цикл росписей, изображающих страсти Христовы и апофеоз Спасителя по Вознесении.
После Октябрьской революции в здания Спасо-Евфимиева монастыря планировал заселиться Суздальский комитет партии большевиков, но по каким-то причинам заселение это не состоялось. В первые числа февраля 1923 года обитель, в которой тогда оставалось всего 15 монахов, была закрыта.
В середине июля монастырь был превращен в изолятор для политических заключенных, и первые узники в нем появились осенью того же года.
Через шесть лет политизолятор прекратил свое существование, и в Спасо-Евфимиевом монастыре разместилась тракторная школа, учащиеся которой часто устраивали здесь погромы. Когда А.Д. Варганову, выдающемуся исследователю истории Суздальской земли, удалось проникнуть на территорию обители, он увидел удручающую картину. В постановлении прокуратуры отмечалось: "Проверкой установлено, что областная тракторная школа и общежитие, находящиеся в бывшем Спасо-Евфимиевом монастыре, обеспечивались дровами недостаточно для столь морозной зимы, что вынуждало курсантов… таскать для более лучшего отопления общежития деревянные постройки, находящиеся на территории монастыря". И многие древние деревянные детали и фрагменты старинных памятников (вплоть до дверей и окон храмов и кровель монастырских стен и башен) были сожжены…
Восстановление обители началось только в 1968-м и продолжалось до 1985 года. За это время были подняты один за другим Спасо-Преображенский храм, Никольская и Успенская церкви и др.