В Грановитой палате владычных покоев, где обычно собирались высшие новгородские судьи, выносились грозные приговоры. Великому князю помогали два новгородских наместника — Иван Зиновьев да Василий Китай, князь Хованский и архиепископ Феофил. Дело подвигалось плохо, обвиняемые бояре ото всего отпирались. Закрытие городских ворот приписывалось самоуправству сбежавшего тысяцкого. Все изменные и лукавые дела сваливались на Курятника и отъехавших с ним бояр. Члены совета господ никаких крамольных решений не принимали, бумаги совета исчезли вместе с писцами и другими важными свидетелями, так что установить истину не удавалось. Хованский свирепствовал на допросах, требовал признаний, стучал по столу мохнатым кулаком, но ничем не располагал по существу, и бояре продолжали отпираться. Чувствовалось, что они прочно связаны круговой порукой. А великий князь, желавший, чтобы затеянный им суд выглядел в глазах горожан по возможности справедливым, торопил и торопил с признаниями.
Наконец кто-то из взятых измором старичков сказал неосторожные слова о своих давних противщиках в совете. Этого было довольно для применения строгих мер. Четверо обвиняемых не выдержали пыток и признали свою вину, им тут же вынесли смертный приговор. Казнь назначили на пятницу, десятое декабря. Феофил пытался отсрочить исполнение приговора, взывая к милосердию во имя Христа, неправедно осуждённого и казнённого именно в пятницу. Иван Васильевич заметил, что в этот же день повесился предавший Христа Иуда, и приказал владыке выдать осуждённым по верёвке. Тот обиделся и покинул палату. Казнь совершили в назначенный день при небольшом скоплении народа. Пришли лишь те, кого удалось выгнать угрозами из ближних изб. Феофил тоже отказался прийти, хотя за ним посылали дважды. Русскому человеку свойственно сострадание к поверженному врагу, и на следующий день в церквах прошли многолюдные молебны в память о невинно убиенных, к крамольникам стали примерять терновый венец. Похоже, что новгородский архиепископ бросал московскому князю открытый вызов, и вряд ли тому удалось бы взять верх в борьбе с народным состраданием. Тогда было объявлено, что на Торговой стороне великий князь самолично принимает жалобы на вящих людей. Бирючи громогласно призывали народ идти к государю для разрешения обидных дел, обещали высокую защиту и скорый суд. Потекли правые и неправые, с каждым днём всё больше — правосудие стало брать верх над состраданием.
Кто знает, как протекала бы борьба двух владык дальше, если бы не привезённая из Пскова рядная грамота, на которой стояли имена сорока семи бояр. Когда её предъявили, запирательство потеряло смысл, и бояре заговорили. Теперь в надежде на снисхождение каждый старался сказать как можно больше. Чёрные возки забегали чаще, городской острог не вмещал захваченных, и родовитых людей держали в простых дровяных сараях. В следующую пятницу казнили уже двенадцать человек, в том числе и горластого новгородского посадника. Больше молебнов по невинно убиенным уже не служили.
Все заговорщики ссылались на то, что получали указания от Курятника, но великому князю не хотелось верить, что угроза его власти в Новгороде исходила от такого недалёкого человека. Предшественники были умнее и благороднее. Он предпочёл бы иметь дело с полным достоинства и немногословной уверенности новгородским архиепископом, но против Феофила не имелось никаких свидетельств, его имя не стояло ни на одной грамоте, и слов крамольных от него никто не слышал.
Великий князь искоса присматривался к владыке. Ему нравилось, как тот держался в споре: терпеливо выслушивал противщика до конца, всем своим видом показывая, что вникает в сказанное, не злил его обидными мелочами, не старался опровергнуть каждую нелепицу, лишь давал понять, что её вздорность понимают обе стороны. Сам великий князь уступал ему в выдержке, иногда в логике, часто раздражался, не умея скрыть этого, а владыка смотрел всепонимающими глазами, не коря за вспышки гнева. Причину нынешней крамолы он видел в деспотизме московской власти. Великий князь доказывал, что средоточие власти является благом для всякого народа и всякого существа. «Средоточие не есть подавление, — сказал на это Феофил. — Голова указуе, куда идти, а ноги сами ступают. Ты же для каждого перста указ из Москвы шлёшь». В качестве примера ненужного вмешательства привёл дело о Кирилловом монастыре. Великий князь не любил напоминание об этом споре с митрополитом из-за малости предмета и очевидности своей правоты, поэтому нахмурился:
— Господь вручил мне власть над землёю, а монастыри не в воздусях плавают, на ней стоят. Потому волен я ими распоряжаться по своей совести.
— Если следовать твоей логике, то ты волен разрушить любой храм, ибо он стоит на земле...
— Я говорю о монастырских землях, — резко перебил великий князь.
Феофил помолчал, давая ему успокоиться, и продолжил:
— Важна суть, а не словеса. И то, и другое — богоугодные заведения, и церковь сама распоряжается ими. Если пастырю доверено стадо, не указуй ему, в какой руке держать посох.