1990-е годы были временем стремительных преобразований государственного устройства в России, изменения общественного сознания. Процессы децентрализации государственной власти, переход к рыночной экономике, повышенный интерес к западному образу жизни и западным ценностям, превратившиеся во вседозволенность, свобода слова и свобода совести – все это не могло не коснуться и Русской Православной Церкви.
Российское государство в 1990-е годы практически перестало контролировать Русскую Православную Церковь. С одной стороны это было позитивным решением: Церковь начала активную социальную и образовательную, просветительскую деятельность. Начинали практически из руин восстанавливаться монастыри и храмы, являющиеся памятниками архитектуры, истории и культуры. Однако государство в это время перестало контролировать не только традиционные, но и другие конфессии, в том числе деструктивные секты, деятельность которых носила антигосударственный, антиобщественный и античеловеческий характер. Лишь в 1997 году деятельность религиозных течений нетрадиционного толка была законодательно ограничена.
Необходимо отметить, что и внутрицерковная жизнь в этот период была неоднозначной. В Церковь, кроме женщин пенсионного возраста, пришло много мужчин, молодежи. Появились возможности для религиозного воспитания детей. Церковь начинает активное сотрудничество с государственными и общественными учреждениями, в том числе зарубежными, с научными, образовательными и социальными структурами.
Однако кадрово Церковь на этом этапе не была еще готова для охвата всех сторон той многогранной деятельности, которая стала ей доступна. Поэтому в 1990-е годы можно было отмечать многочисленные случаи, когда открывшимися возможностями религиозной проповеди пользовались не православные, а представители тоталитарных сект или, в лучшем случае, протестанты, имеющие зарубежную финансовую поддержку.