Весной 1055 года император отправился в Италию во второй раз. Вместе с папой и 120 епископами он провел собор во Флоренции, на котором папа запретил отчуждение церковного имущества и призвал некоторых епископов к ответу за симонию и нарушение целибата. Император и папа оставались вместе до конца года. В планах Генриха оставалось утверждение его власти над домом Каносса. Готфрид бежал в Германию, плененных Беатрису и ее дочь Матильду император увел с собой. Он и уполномоченные им посланцы во многих местах вершили свой суд. Благодаря первым городским привилегиям император поддержал города в борьбе против высшей знати и тем самым привлек их на свою сторону. Их поддержкой впоследствии пользовался и Генрих IV. Важные связи император установил благодаря помолвке своего сына с Бертой, дочерью графа Туринского. Теперь эта помолвка оказалась более важной, чем обручение сына с дочерью зарубежного князя.
В то же время именно Генрих III, осознавая высокое положение своей империи, поддерживал отношения со многими иностранными властителями вплоть до Киева. Правда, при последней встрече с Генрихом I Французским в 1056 году дело дошло до жестокой ссоры, так что король тайно покинул Ивуа. Принятием уже в грамотах 1040 года титула «Rex Romanorum» («король римлян») Генрих, еще будучи германским королем, выдвигает претензии на императорскую власть. Римляне связывают с этим императором новые надежды на обновление империи. Воспитанному как будущий властелин, сведущему в латыни императору посвящаются сочинения, его прославляют стихи. Бесценные рукописи, заказчиком которых он выступает, продолжают традицию оттоновских времен, поскольку в державе Оттона I он видит высшее совершенство.
На Рождество князья должны были принести присягу на верность его родившемуся 11 ноября 1050 года еще не крещеному сыну. Осенью 1053 года в Трибуре мальчик был избран королем и признан наследником отца со знаменательной оговоркой: «si rector iustus futurus esset» («в случае, если покажет себя справедливым правителем», как свидетельствует Герман фон Рейхенау). Императрица Агнесса, почти всегда упоминаемая вместе с императором, в самостоятельной роли не выступала, в том же духе поддерживая и деятельность императора по обновлению церкви.
Причиной специальной оговорки князей было их недовольство отказом императора от провозглашенных им ранее «iustitia, pax, pietas, divinus amor» («справедливости, мира, благочестия, любви к Богу»). Многочисленные конфискации свидетельствуют о сопротивлении и его суровому правлению, и, по-видимому, излишнему предпочтению, которое он оказывал духовенству. Епископ Гебхард Регенсбургский и герцог Вельф Каринтийский покинули императора в 1055 году и вступили в связь со смещенным баварским герцогом Конрадом. Их заговор завершился без борьбы — смертью Конрада и Вельфа, пленением Гебхарда и процессом против него и других баварских магнатов. С его единственным истинным врагом, герцогом Готфридом, незадолго до смерти императора наметилось примирение. Генрих III скончался 5 октября 1056 года в саксонском пфальце Бодфельд. Умирая, он вверил сына и империю папе Виктору II. 28 октября, в свой 39-й день рождения, император был погребен в Шпейере. Сердце его покоится в Госларе. После успешного правления Конрада II Генриху в первые же годы удалось укрепить свой сюзеренитет над Богемией и распространить его на Венгрию. Уже синод в Сутри, а не только его императорская коронация, показывают Генриха подлинным властелином христианского Запада. Весь трагизм в том, что он не смог осуществить своего стремления к миру. Напротив, строгость, может быть, даже жестокость его натуры навлекали на него вражду, и именно его борьба за чистоту церкви, поддержанная высочайшим папским авторитетом, уже в правление его сына привела к конфликту между императорской и папской властью. Его преждевременная смерть оказалась роковой для империи. В правление Генриха III история раннего средневековья достигла своей вершины: империя была утверждена изнутри и извне, границы ее были защищены. Княжеские мятежи как проявления борьбы за власть были направлены именно против сильного властителя. Прежде чем мир распался на духовную и мирскую сферы, Генриху III удалось достичь претворения в жизнь Imperium christianum как единства, одинаково понимаемого и императором, и палой.