Первой мерой Климента XII против кардинала Косчиа была организация четырех церковных трибуналов, признанных судить коррупционера и его деяния. Первый трибунал должен был судить самого кардинала Николо Косчиа; второй — весь путь, который прошел Косчиа до того, как стал доверенным лицом папы, дабы такое больше не повторилось. Третий трибунал должен был рассмотреть привилегии, полученные от Косчиа владетельными особами Европы, а четвертый — проверить состояние финансов Апостольской Палаты и подсчитать суммы, неправедно потраченные или присвоенные кардиналом Косчиа.
Видя, что против него начинаются преследования, Косчиа обратился за защитой к императору Карлу V и просил его остановить этот процесс. Узнав об этом, Климент XII ратифицировал начало суда над Николо Косчиа.
Косчиа бежал под покровом ночи и укрылся в Неаполе, но вынужден был вернуться в папские области, так как получил суровое письмо, написанное собственноручно папой. Вместе с Николо Косчиа под суд попали его брат Филиппе, архиепископ Тарги, и кардинал Франческо Фини.
По всей видимости, именно Фини было поручено сообщать Косчиа обо всем, что предпринимали агенты Священного Альянса и их начальник, кардинал Альбани, против коррумпированного кардинала. Франческо Фини был направлен в государственную канцелярию и действовал там как доверенное лицо усопшего кардинала Фабрицио Паолуччи и даже как тайный курьер между ним и Альбани.
Процесс закончился 22 мая 1733 года. Шестнадцать кардиналов, составлявших трибунал, единодушно одобрили приговор Николо Косчиа, который 25 мая, через три дня после вынесения вердикта, ратифицировал понтифик. Все имущество кардинала Косчиа должно было быть конфисковано в пользу бедных. В возмещение ущерба виновный в коррупции должен был внести в казну церкви и Рима сто тысяч эскудо. Кроме этого, он приговаривался к лишению всех почестей и церковных санов и права голоса в последующих конклавах. И, наконец, он был осужден на десять лет тюремного заключения, которые должен был отбывать в одиночной камере в замке Сант-Анджело.
Когда Косчиа вышел из заключения, папа помиловал его и вернул ему право голоса в конклаве. Возвращенный в кардинальское достоинство, Николо Кончиа удалился в Неаполь. Там он и умер 14 сентября 1755 года в полном одиночестве и забвении.
У папы, несмотря на его крепкое здоровье, по истечении двух лет понтификата начались проблемы со зрением, так что в конце концов он совершенно ослеп и кто-то должен был направлять его руку, когда он подписывал документы. Хотя понтифик продолжал заниматься делами, большую часть государственных вопросов он передал в руки своего племянника Нери Корсини, которого пожаловал кардинальским пурпуром 14 августа 1730 года. После отставки кардинала Аннибале Альбани Корсини взял в свои руки бразды правления Священным Альянсом.
Под управлением Корсини Священный Альянс занимался главным образом религиозными преследованиями внутри церкви и масонством, а не вмешательством в политические дела — и именно в эти годы отношения с Филиппом V были совершенно испорчены. Постоянное пересечение испанскими войсками папских областей, насильственные рекрутские наборы и отказ папы предоставить инвеституру королевства Неаполь Карлу Бурбону, сыну Филиппа V, послужили причиной нового разрыва между Мадридом и Римом. Отношения наладились только в 1737 году с подписанием конкордата, одним из важных пунктов которого было предоставление Климентом XII Карлу Бурбону инвеституры Неаполя.
Через год, по получении от Священного Альянса имевшего огромное значение доклада о все более угрожающем развитии масонства внутри католической церкви, папа решил осудить масонство посредством буллы
Первый обширный доклад о масонстве был подан Священным Альянсом в декабре 1733 года. Он и послужил толчком к апробации Климентом XII 14 января 1734 года новой Конституции Понтификального государства, по которой всем гражданам запрещалось, под угрозой смертной казни и конфискации имущества, участвовать в масонских ритуалах. Новый закон предписывал верующим сообщать церковным магистрам обо всех случаях отправления этих ритуалов и обо всех, кто принимает в них участие.
Следующий папа, Бенедикт XIV, своей буллой