В 1951 году в Подмосковье случился страшный ураган. Матрона в то время жила на Сходне. Незадолго до этого, когда еще ничто не предвещало непогоды, Матрона вдруг начала созывать всех обитателей дома, говоря: «Идите все скорее домой!» Только успели все укрыться, как поднялся ураганный ветер, небо потемнело, с соседних домов стало срывать крыши, неподалеку ломало березы, и где-то даже, как говорили, перевернуло электричку. Было очень страшно, но Матрона всех успокаивала, говорила: «Не бойтесь». И действительно, у всех соседей ветром порушило у кого дома, у кого сараи, у кого заборы, и только дом, где жила Матрона, не получил ни малейшего повреждения.
Все знала Матрона заранее. И, конечно, знала и о своей смерти. Однажды, будучи уже совсем слабой, сказала: «Тело мое больше не выдержит. Уйду через три дня».
И ровно через три дня, 2 мая 1952 года, ее не стало. Не стало в нашем, физическом мире, потому что в мире духовном все мы вечны, бессмертны, и Матронушка там всегда рядом с нами. Верующим людям не надо это объяснять и доказывать. Они знают об этом и так, чувствуют ее присутствие, слышат ее отклик на свои мольбы и просьбы.
Незадолго до своей смерти Матрона предсказала, что все так и будет: будем мы обращаться к ней за помощью, говорить с ней, как с живой, будем снова и снова приходить к ней, и не оскудеет людской поток к ее храму.
Со слов Антонины Борисовны Малаховой известно, что Матрона говорила: «После моей смерти таких не будет, как я. А вы приходите на могилку, я там всегда буду, я вам так же буду помогать и молиться за вас, как при жизни моей. Разговаривайте со мной, все горести свои поверяйте мне, я буду вас видеть и слышать, что душе вашей скажу, то и делайте».
Антонине Малаховой выпала особая роль в дни смерти, отпевания и похорон Матроны. На 3 мая 1952 года у них с матерью был намечена поездка в Загорск, в Троице-Сергиеву лавру.
Узнав о смерти Матроны, хотели поездку отменить. Но матери Антонины под утро вдруг приснилась Матронушка и сказала: «Вставай, вставай скорее, везде успеете, езжайте в Загорск». Позже Антонина поняла, что таким образом матушка направила их в лавру, чтобы сообщить там о ее смерти. Приехав в монастырь, они подали записочку о поминовении новопреставленной блаженной Матроны. Видимо, в монастыре хорошо ее знали, потому что батюшка, прочитав записку, взволнованно сказал: «Кто подал записочку? Она что, умерла?» Тогда Антонина с матерью сообщили, что это они подали записку, и что Матрону будут отпевать вечером в церкви Ризоположения в Москве, и похоронят на Даниловском кладбище, как она и завещала. На отпевании было очень много народу, в том числе и монахи Троице-Сергиевой лавры.
Сохранились воспоминания Антонины Малаховой и об отпевании, и о похоронах Матроны: «Гроб с ее телом стоял на середине церкви, открытое лицо было у нее. Ручки у нее были такие маленькие, пухленькие, как у младенца, и все подходили, прикладывались к рукам. Все, кто был в церкви, плакали, потеряли самое дорогое – Путеводительницу в жизни, как жить без нее? Такая опора была, скажет слово, и не думаешь, не терзаешься – все так и будет… Я передать не могу, что в церкви я чувствовала, что-то необычное, будто по воздуху ходила…
Ее отпели, все сделали как надо, и 4 мая похоронили на Даниловском кладбище. Снег шел, как сейчас помню. Автобус подъезжал. Кто в автобусе, а кто пешочком шел, до кладбища тут недалеко. Приходят люди, ставят свечи на могиле, священники служат панихиды. Горит у нее там неугасимая лампада с того дня, как ее похоронили».
Рассказывала Антонина Малахова и о том, что она, приходя на могилу Матронушки, всегда чувствовала, что матушка ее ждет, что слышит ее, разговаривает с ней – как это было и при жизни.