Следствие по угличскому делу закончилось страшной несправедливостью: Нагие были перевезены в Москву, и царь, по проискам Годунова, наложил на них свою опалу. Их пытали, но и пыткой не добились того, чтобы они признали самоубийство царевича; всех братьев Нагих разослали по разным городам в темницы. Царицу Марию насильно постригли в иноческий образ, с именем Марфа, и заточили ее в диком и пустынном месте, на озере Пустоозерском близ города Череповца.
Пострадал и град Углич: и на него простерлась опала. Тела всех убитых врагов царевича были вынуты из позорной ямы и преданы земле с честью. Около двухсот посадских ответили головой за их любовь к царевичу, многих заточили в темницы, а из ссыльных угличан в ледовитой пустыне устроили новый город Пелым. Именитый Углич, славившийся своими двенадцатью обителями, тремя соборами, полутораста церквами и тридцатью тысячами жителей, с тех пор опустел. Даже набатный колокол Спасского собора, бывший виной мятежа, был сослан в Сибирь вместе с людьми, вставшими на ноги тогда, в тот страшный день, по звону его, и долго висел в Тобольске, в храме Всемилостивого Спаса. Только недавно этот опальный колокол возвращен был в Углич.
Казалось бы, все было заглушено или умерло, но нельзя было заглушить молвы народной об усопшем царевиче, и глухой ропот, тщетно подавляемый, все возрастал: никто не верил угличскому розыску, и Божия благодать утверждала память о царевиче Димитрии. От гроба его стали истекать чудеса; одно из таких чудес описано Пушкиным в его знаменитом «Борисе Годунове». Патриарх так рассказывает об этом исцелении: