С тех пор отношения между братьями стали неладными. Чувствуя, что Иоанн мечтает прибрать к Москве их удел, князь Андрей иногда вступал в тайные сношения с врагами Иоанна Третьего и даже охотно принимал к себе опальных его бояр.
На впечатлительную природу княжича Иоанна сильно повлияла смерть матери. Он как-то еще больше спрятался в себя, еще больше углубился в свои книги, еще неотступнее стал молиться в церквах. Днем он посещал всегда все церковные службы, а ночи простаивал на молитве. Если он не был в церкви, то беседовал с благочестивыми людьми или занимался с бедными, которых очень любил.
Вокруг него кипела жизнь хотя небольшого, но пышного двора, потому что угличское княжество принадлежало к числу значительнейших. И среди его роскоши наследник удела походил скорей на инока. Он точно предчувствовал, что ему не придется княжить, так как о делах управления он вовсе не думал. Он точно проходил над всем, что не относилось к вере и к спасению души, одевался он скромно и просто, насколько позволяло ему его звание, строго постился. И на такую жизнь вскоре должно было пасть испытание.
19 сентября 1490 года, когда княжичу Иоанну было 14 лет, князь Андрей Васильевич приехал в Москву повидаться с братом, великим князем Иоанном. Казалось, что все шло хорошо: братья дружно провели весь вечер в московском дворце, но, когда на следующий день князь Андрей явился, позванный во дворец к обеду, он внезапно был взят под стражу и окован цепями. Свидание между братьями накануне было последним свиданием: Иоанн задумал отнять у брата удел и истребить его род. В этих видах из Москвы был послан в Углич чиновник захватить молодых княжичей Иоанна и Димитрия, и их свезли в Переяславль (древний, довольно значительный город, расположенный в теперешней Владимирской губернии). Обоих детей посадили в темницу. Так как Переяславль был по дороге от Москвы на Углич, то угличане не переставали рассуждать о злосчастных княжичах, и их перевели на Белоозеро, где они были тоже заточены в темницу.
После трех лет заключения князь Андрей Васильевич скончался и был положен в Московском Архангельском соборе, среди своих предков, а дети его тогда были переведены в Вологду. Их продолжали держать в самом тесном заключении и в оковах. Единственной отрадой их жизни была икона Богоматери «Всех скорбящих Радость» – отцовское благословение.
Около них не было вовсе ни одного близкого человека. Они видели только сумрачные лица сторожей. Единственной отрадой их была вера и молитвы к Заступнице страждущих, Пресвятой Богородице. Эта вера шепнула им, что раз Господь попустил им такое страдание, то, значит, Он избрал это страдание для них как путь спасения.
Так как князь Иоанн еще в миру ограничивал себя и вел отреченную жизнь, то теперешняя мука была продолжением его прежних подвигов. Молитва, в которую он углублялся и которая исторгала у него из глаз слезы, как бы закрывала от него стены тюрьмы.
Он сам был настолько силен духом, что поддерживал унывающего брата своего Димитрия, который был годом моложе его. Он говорил брату о том, какие тяжкие муки несли святые и какую награду готовит Бог неповинным страдальцам. Он говорил: «Не жалуйся на темницу, по Божию внушению дядя наш удалил нас от суетного света; мы бы стали грешить, если бы жили по своей воле; так будем молиться, чтобы Бог дал нам силы перенести жизнь, какую нам послал. Святые мученики терпели разные муки, преподобные отцы оставляли семью и весь мир, жили в голоде и жажде, а мы, грешные, так не трудились – пусть же спасемся мукой».
Шел год за годом. Все дальше удалялось от страдальцев их счастливое детство. На Руси события сменялись событиями: державный Иоанн уже лежал, как и брат его Андрей, под сводами Архангельского собора, и на великое княжение вступил двоюродный брат вологодских страдальцев, великий князь Василий Иоаннович. Но в судьбе княжичей, которые были заключены в темницу мальчиками, а теперь приближались к старости, ничего не изменилось.
Была весна 1523 года… Тридцать два года прошло со времени начала мук князей Иоанна и Димитрия. Весна шла над русским простором, радостная и могучая, как весна, но она цвела не для вологодских заключенных: они не слыхали пения вьющих себе гнезда птиц и не видели из затвора своего ни зеленеющих лугов, ни свежих цветов, и в мрачной темнице было сумрачно и темно. К горю узников прибавилось новое горе: князь Иоанн быстро слабел и уже не мог подняться с постели – несчастный Димитрий терял своего единственного друга и утешителя.
По просьбе умирающего игумен Прилуцкого монастыря постриг его в схиму с именем Игнатия. Умирающий произнес к брату последнее слово любви и утешения. Пострижение чрезвычайно его обрадовало, он обливался слезами восторга и тихо почил сорока пяти лет от роду 19 мая 1523 года.
Скорбь осиротелого Димитрия была смягчена тем, что начались чудные знамения: почивший имел вид уснувшего, от тела шло благоухание, наполнявшее темницу и ближайшие к ней места, и Димитрий перестал плакать, уверенный, что брат обрел милость у Бога.