Начиная с XIII века – со дня присылки в Грузию папой Григорием IX доминиканских монахов в ответ на просьбу царицы Русудан (дочери царицы Тамары) оказать военную помощь в борьбе с монголами – вплоть до первых десятилетий XX ве ка в Грузии проводилась настойчивая католическая пропаганда. Папы – Николай IV, Александр VI, Урбан VIII и другие – присылали к грузинским царям, митрополитам и вельможам разные увещевательные послания, домогаясь как-нибудь склонить грузин к своему вероисповеданию. Папа Евгений IV уже окончательно мнил осуществить на Флорентийском Соборе (1438–1445) желание Римских первосвященников, употребляя самые сильные убеждения над грузинским митрополитом; но все покушения католиков убедить грузин признать их вероисповедание были тщетны.
Даже в 1920 году в Тифлис прибыл представитель Католической Церкви, который предложил Католикосу Леониду принять главенство папы. Несмотря на то что его предложение было отвергнуто, в 1921 году Ватикан в качестве своего представителя для Кавказа и Крыма назначил епископа Мориондо. В конце того же года Рим на эту должность назначил епископа Сметса. Вместе с ним в Грузию прибыло большое число иезуитов, которые бродили по древней стране, рекомендуя себя в качестве археологов и палеографов, но на самом деле стараясь найти благоприятную почву для распространения идей папизма. Попытки Ватикана и на этот раз закончились безуспешно. В 1924 году епископ Сметс покинул Тифлис и уехал в Рим.
Нарушением порядка церковной жизни явилось и учреждение в XIV столетии в Грузии двух католикосатов в связи с разделением страны на два царства – Восточное и Западное. Один из Католикосов имел свою резиденцию в Мцхете при соборе Свети-Цховели и назывался Карталинским, Кахетинским и Тифлисским, а другой – сначала в Бичвинте (в Абхазии) при Богородицком соборе, воздвигнутом в VI ве ке императором Юстинианом, а затем, с 1657 года, в Кутаиси и назывался сначала (с 1455 г.) Абхазским и Имеретинским, а после 1657 года – Имеретинским и Абхазским. Когда в 1783 году царь Карталинский и Кахетинский Ираклий II формально признал покровительство России над Грузией, Имеретино-Абхазский Католикос Максим (Максиме II) удалился в Киев, где в 1795 году скончался. Высшее управление Церковью Западной Грузии (Имеретией, Гурией, Мингрелией и Абхазией) перешло к Гаенатскому митрополиту.
Тяжелое положение православных грузин вынуждало их обращаться с просьбой о помощи к единоверной России. Начавшись в XV столетии, эти обращения не прекращались вплоть до присоединения Грузии к России. В ответ на просьбу последних царей – Георгия XII (1798–1800) в Восточной Грузии и Соломона II (1793–1811) в Западной – 12 сентября 1801 года императором Александром I был издан манифест, которым Грузия – сначала Восточная, а затем и Западная – была окончательно присоединена к России.
После воссоединения Грузии с Россией Грузинская Церковь вошла в состав Русской Православной Церкви на началах Экзархата. Вместо последнего Католикоса Иверии Антония II в 1811 году, согласно императорскому распоряжению, был назначен Экзарх Иверии, получивший право быть членом Святейшего Синода. Та к Грузинская Церковь вошла в прямую зависимость от Церкви Русской.
За время существования Грузинского Экзархата в его жизни произошли важные положительные явления. Так, в 1817 году была открыта Духовная семинария в Тифлисе. Эта семинария, выпуская из своих стен образованных пастырей для Экзархата и народных учителей для Грузии, принесла за годы своего существования немалую пользу. Из нее вышел известный историк-археолог Платон Иосселиан, обогативший церковно-историческую науку ценными трудами. В 1894 году была открыта Кутаисская Духовная семинария. Открывались также епархиальные женские училища и церковно-приходские школы, имевшие целью утверждение в народе православной веры и христианской нравственности.
В 60-х годах XIX века в течение нескольких лет при Экзархате издавался на грузинском языке журнал «Грузинский духовный вестник». «Прибавление» к нему печаталось на русском языке.
С 80-х годов начал выходить на грузинском и русском языках двухнедельный церковно-религиозный журнал «Мцкемси» («Пастырь», издавался в 1886–1902 гг.), а с 1891 года стал еженедельно на тех же языках выпускаться официальный журнал «Духовный вестник Грузинского Экзархата» с обязательной подпиской для духовенства. Издание журнала было прекращено в 1906 году в связи с тем, что в это время на его страницах стали появляться статьи с настойчивым требованием восстановления автокефалии Грузинской Православной Церкви. Только через три года, в 1909 году, увидел свет двухнедельный журнал «Вестник Грузинского Экзархата», издававшийся до провозглашения автокефалии Грузинской Православной Церкви – до 1917 года.