Известный греческий канонист XII века Антиохийский патриарх Феодор Вальсамон, комментируя второе правило Второго Вселенского Собора, говорит: «Архиепископа Иверского почтило независимостью определение Антиохийского Собора. Говорят, что во дни господина Петра, Святейшего Патриарха Феополя, то есть Великой Антиохии, было соборное распоряжение о том, чтобы Церковь Иверская, подчиненная тогда Патриарху Антиохийскому, была свободной и независимой (автокефальной)».
Эта неопределенная фраза Вальсамона понимается по-разному. Одни склонны думать, что определение было при Патриархе Антиохийском Петре II (V в.), другие – при Патриархе Петре III (1052–1056). Отсюда и объявление автокефалии относят к различным периодам. Например Святейший Патриарх Пимен (1970–1990) в своем послании от 10 августа 1970 года на имя Патриарха Афинагора (переписка по случаю дарования автокефалии Православной Церкви в Америке) писал, что самостоятельность Церкви Иверии «была установлена ее Матерью – Церковью Антиохийской – в 467 году. Бывший Предстоятель Элладской Православной Церкви Архиепископ Иероним (Коцонис, 1967–1973) по вопросу о времени провозглашения автокефалии Грузинской Православной Церкви склонен думать, что в 556 году решение этого вопроса Антиохийским Синодом было еще неокончательным, а в 604 го ду это решение было признано прочими Патриархами.
По мнению же архиепископа Брюссельского и Бельгийского Василия (Кривошеина), «Грузинская Православная Церковь, находившаяся в зависимости от Антиохийской Патриархии начиная с V века, автокефальная с VIII века, ставшая Патриаршей в 1012 году, причем с тех пор ее глава имеет традиционный титул “Католикоса-Патриарха”, была лишена автокефалии в 1811 году односторонним актом Российской императорской власти, после того как Грузия была включена в состав России».
Грузинские церковные деятели (епископ Кирион – впоследствии Католикос-Патриарх, иеродиакон Илия – ныне Католикос-Патриарх) считают, что до 542 го да Мцхетско-Иверские Предстоятели утверждались в своем звании и сане Антио хийским Патриархом, но с этого времени Иверская Церковь грамотой греческого императора Юстиниана была признана Автокефальной. Это было сделано с согласия Константинопольского Патриарха Мины, а также всех остальных восточных перво иерархов, и утверждено особым определением Шестого Вселенского Собора, который постановил: «Признать Мцхетскую Церковь в Грузии равной по достоинству и чести со святыми Апостольскими Кафолическими и Патриаршими престолами, предоставив Иверскому Католикосу быть равным Патриархам и иметь начальство над архиепископами, митрополитами и епископами во всей грузинской области».
Священник К. Цинцадзе, специально изучая вопрос об автокефалии своей Церкви, в своем труде «Историческая справка по вопросу об автокефальности Грузинской Церкви», как бы обобщая все изложенное, утверждает, что Грузинская Церковь была почти самостоятельной еще со времен царя Мириана. Со времени царя Вахтанга Горгаслана (499) она получала из Византии Католикосов, со времени царя Парсмана VI (557) Католикосы выбирались уже в Грузии из природных грузин и только рукополагались в Антиохии, от дней священномученика Анастасия (610) Католикосы рукополагались уже в Грузии, что, однако, не повлекло за собой особых беспорядков, а со времени Патриарха Антиохийского Феофилакта (750) грузины получили формальное право ставить себе Католикосов на Соборах своих епископов в Грузии. Полную автокефалию Грузинская Церковь получила в XI веке от Собора митрополитов, епископов и знатнейших антиохийцев, созванного Патриархом Антиохийским Петром III.
Обобщающим суждением по вопросу о времени получения автокефалии Грузинской Церкви является также и мнение Католикоса-Патриарха Илии: «Автокефалия – это сложный вопрос и требует большой кропотливой работы с рукописями, большая часть которых еще не издана… История Грузинской Церкви говорит о том, что официальный акт дарования Грузинской Церкви автокефалии относится к середине V века, ко времени первосвятительства Антиохийского Патриарха Петра II (Кнафея) и грузинского Католикоса-Архиепископа Петра I. Конечно, Антиохийская Церковь не могла сразу же даровать все права Грузинской Автокефальной Церкви. Были поставлены условия: поминовение на богослужениях имени Антиохийского Патриарха, ежегодная материальная подать от Грузинской Церкви, взятие из Антиохии святого мира и др. Все эти вопросы были разрешены в последующие времена. Поэтому историки и расходятся в своих мнениях относительно времени дарования автокефалии».
Естественно полагать, что со времени автокефального существования Иверская Церковь, возглавляемая и руководимая грузинами, должна была вступить в фазу постепенного благоустройства. Однако этого не произошло, так как Грузия была вынуждена уже на заре своей самостоятельной церковной жизни начать многовековую кровопролитную борьбу с исламом, носителем которого выступили прежде всего арабы.