В 1903 году вся Россия оказалась охвачена обсуждением важнейшего на тот момент вопроса – канонизации любимого православными верующими старца Серафима, на могилу к которому в Саровскую пустынь с момента его смерти не иссякал поток паломников. Споры возникли нешуточные. Святейший синод не поддерживал канонизацию, многие его члены достаточно скептически относились к почитанию в народе старца Серафима и попросту не верили в чудеса, происходившие по молитвам к нему. Часть церковного священноначалия была недовольна тем, что светские власти активно поддерживали идею канонизации чудотворца, иерархи заявляли о неприемлемом давлении на церковное начальство, о нарушении канонов. Самым последовательным и твердым сторонником канонизации Серафима Саровского был Николай II. Во многом именно его усилиями при жестком противодействии противников канонизация все же состоялась. Оставив малолетних дочерей на попечении нянек, императорская чета лично отправились в Саров.
Прославление преподобного Серафима Саровского состоялось на Всенощной 18 июня 1903 года. Государь вместе с другими представителями Императорской фамилии переносил на собственных плечах гроб с останками святого старца из церкви Зосимы и Савватия Соловецких в Успенский собор. Всю ночь верующие могли приложиться к святым мощам. Утром 19 июня после Божественной литургии состоялся крестный ход вокруг Успенского собора с мощами святого, как и накануне, император вновь стал одним из тех, кто нес гроб. Государь записал в своем дневнике: «Впечатление было потрясающее, видеть, как народ и в особенности больные, калеки и несчастные относились к крестному ходу. Очень торжественная минута была, когда началось прославление и затем прикладывание к мощам. Ушли из собора после этого, простояв три часа за всенощной…» Тысячи людей со всей России пришли поклониться мощам святого старца. Для паломников были построены временные бараки, медпункты, чайные. Жилища возвели для 50 тысяч человек, но пришедших оказалось в несколько раз больше. Называли цифру в 300 тысяч человек.
Три дня продолжалось празднование, звонили колокола и шли длинные церковные службы. Три дня Царская семья молилась вместе со своим народом. Государыня, несмотря на болезнь ног, без жалоб выстаивала в церкви длинные службы. Кульминацией праздника стала установка мощей в специальной часовне в честь преподобного Серафима. Николай II и Александра Федоровна совершили омовение в купальне у святого источника преподобного, пешком обошли все святые места, связанные с именем святого старца: его ближнюю и дальнюю пустыньки, камень, на котором тот молился. Вечером 19 июня Государь записал в дневнике: «В 7 с ½ обедали у Мама. Затем по два и по три пошли к источнику, где с особым чувством выкупались из-под крана студеной воды. Вернулись благополучно, никто в темноте не узнавал». В эти дни в Сарове царская чета просила святого преподобного старца Серафима о главном – умолить Господа даровать им сына! Остались сведения, что в Дивеевском монастыре они посетили известную на всю Россию блаженную – Пашу Саровскую, которая предсказала, что Государыня родит сына.
1903 год выдался для России беспокойным. По всей империи то тут, то там вспыхивали забастовки и стачки, участились теракты, нарастало напряжение в отношениях с Японией. В декабре это трудное для императора время усугубила неожиданная болезнь императрицы: Александра Федоровна тяжело заболела гриппом. Состояние Государыни ухудшалось с каждым днем. В канун Рождества, по словам няни царских детей Маргаретты Игер, императрица «была очень больна и не могла видеться с детьми». Впервые четыре маленькие цесаревны встретили Рождество Христово без матери. Государь сам с детьми украшал елку, сам раздал всем приближенным подарки. Праздник получился печальным, всем очень не хватало Александры Федоровны, которая всегда лично руководила Рождественскими мероприятиями, заботилась о проведении восьми Рождественских елок во дворце, дарила подарки всем – свите, слугам, конвою и т. д. Маргаретта Игер писала: «Нам ее очень не хватало, без нее не было того веселья и радости на Рождество, как обычно». Александра Федоровна тяжело болела до середины января.
Самым печальным и тревожным в ее болезни стало то, что императрица в это время снова была беременна. Но эту новость тщательно скрывали, как самую важную государственную тайну: о пятой беременности государыни не сказали даже самым близким родственникам и приближенным. Только в марте 1904 года мать и сестры императора узнали о том, что Государыня снова ждет ребенка. 13 марта великая княгиня Ксения Александровна писала: «Сейчас это уже стало заметно, но она, бедняжка, скрывала свое положение, поскольку она, несомненно, боялась, что люди узнают об этом слишком рано».