Восстановление храма началось в 90-е годы. В 1996 году была начата полная перестройка трапезной. Строительный объем трапезного зала и церкви Вознесения был восстановлен в полном объеме к апрелю 1997 года.
Выступающий вход в трапезную воссоздан в виде остекленной двухэтажной веранды, по подобию веранды, существовавшей до ее разрушения. Стеклянные проемы стен украшены цветными витражами.
Церковь во имя святителя Тихона Задонского
В 1838 году при разборке старой колокольни была уничтожена примыкавшая к ее зданию бывшая келья святителя Тихона. На ее месте бывший городничий Задонска князь Иван Федорович Дулов поставил памятник из черного гранита в виде закрытой урны с надписью: «Сей памятник показывает место келии Богоугодного пребывания преосвященного Тихона 1-го». Памятник был обнесен чугунной решеткой. А в 1865 году, через четыре года после торжеств канонизации, вместо памятника построили малую каменную однопрестольную церковь во имя святителя Тихона Задонского.
В советские годы, после закрытия обители, храм использовали как одно из помещений консервного завода. В настоящее время он полностью отреставрирован.
На алтарной апсиде снаружи изображен благословляющий задонский подвижник в полном архиерейском облачении. Этот образ, выполненный игуменом Саввой (Никифоровым), повторяет «гробовую» икону, расположенную за ракой мощей святителя Тихона. Внутри восстанавливаемый храм вновь расписан. Здесь изображены не только эпизоды повседневных трудов святого Тихона, но и два бывших ему на этом самом месте видения. Одно — видение страдающего Христа, явившегося святителю сходящим с креста с келейной картины, другое изображение — явление ему во сне Богоматери со святыми апостолами Петром и Иоанном Богословом.
Колокольня с храмом святителя Николая Чудотворца
Колокольня Задонского монастыря была построена в 1824–1837 годах по проекту воронежских губернских архитекторов. При колокольне была устроена монастырская гостиница.
В 1838 году в среднем этаже колокольни был устроен надвратный храм святителя Николая Чудотворца, а в 1845 году сюда перенесли боковые приделы разбираемой старой Владимирской церкви. Правый придел — Рождества Иоанна Предтечи, левый — священномученика Евсевия Самосатского.
В 1824 году был заложен и освящен закладной камень, а к 1835 году завершена новая монастырская колокольня и в том же году 21 августа освящена архиепископом Антонием II. Колокольня эта была устроена отдельно от соборной церкви. Первый этаж с восточной и западной сторон имел шестиколонные портики ионического ордера, а с северной и южной были пристроены корпуса гостиниц. В среднем этаже находился храм святителя Николая Мирликийского, освященный в 1838 году. Под этим храмом располагались главные святые ворота для торжественных ходов, ведущие внутрь монастыря; над ними в арке находилось изображение двух ангелов, держащих образ святителя Николая. Классическая архитектура колокольни создавала впечатление легкости, несмотря на многоярусность и высоту, достигавшую 81 м. Длина здания с колокольнями составляла 42 сажени (90 м).
После революции и закрытия обители храм и колокольня были разорены и пребывали в запустении.
В начале 1990-х годов силами насельников возрожденной обители началось восстановление колокольни, от которой мало что сохранилось. К 1996 году была завершена кладка верхних ярусов, установлен шпиль, электромеханические куранты и пятиметровый крест. В настоящее время идет реставрация надвратного трехпрестрольного храма колокольни.
Церковь в честь иконы Божией Матери «Живоносный Источник»
Из-под южного склона холма, на котором расположена Задонская обитель, проистекает святой Богородичный источник, впадающий в речушку Тешевку. По одной из версий, над этим источником был построен первый деревянный храм Задонского монастыря при самом его основании около 1610 года. Во всяком случае уже в 1741 году схиигумен Евсевий построил над источником каменную часовню. В 1870 году вместо нее над святым колодцем была сооружена каменная однопрестольная церковь в честь иконы Божией Матери «Живоносный Источник» и святой мученицы Агриппины, небесной покровительницы помещицы Аграфены Васильевны Демидовой, на средства которой велось строительство.
Этот храм был до основания разрушен в советское время, святой колодец — забетонирован. Лишь в 1999 году, уже после возвращения Задонской обители Церкви, усилиями благотворителей из Воронежа храм над источником построен вновь, а к осени 2003 года рядом с ним устроена удобная купальня.
Святыни Задонского монастыря
Мощи
Главной святыней Задонского монастыря являются мощи святителя Тихона Задонского. Они почивают в новой серебряной раке с искусной чеканкой, слева от алтаря Владимирского собора.