В 1946 году Орловский облисполком присвоил Владимирскому собору статус памятника истории и культуры.
К 1988 году на территории Задонской обители, занятой различными производствами, царила полная разруха. В мае 1988 года по личному распоряжению митрополита Воронежского и Липецкого Мефодия (Немцова) в Задонск прибыла бригада строителей-реставраторов Н.Д. Телегина. Она приступила к ремонту здания Владимирского собора, несмотря на то, что собор еще не был передан Церкви.
Весной 1989 года митрополит Мефодий обратился к председателю Липецкого областного Совета народных депутатов В.В. Донских с просьбой о передаче Владимирского собора в ведение епархии, а 23 августа того же года Владимирский собор был передан общине Свято-Троицкой церкви Задонска.
В 1989 году руководством Липецкой области было дано принципиальное согласие на возвращение всего комплекса зданий Задонского монастыря Русской Православной Церкви.
14 мая 1990 года игумен Иосиф (Пальчиков) был назначен клириком Владимирского собора с возложением обязанностей благочинного и эконома, ответственного за координацию работ по восстановлению собора и обители в целом.
В 1990 году при поддержке первого заместителя председателя Липецкого облисполкома М.Т. Наролина Задонский монастырь был наконец возвращен Церкви.
Осенью 1990 года началось восстановление росписей Владимирского собора. Руководил реставрационными работами художник-реставратор В.А. Наумов.
31 октября 1990 года колокольню монастыря внесли в реестр памятников архитектуры, охраняемых государством.
Примерно в это же время наместником возрождающейся обители был назначен архимандрит Нафанаил (Черняк).
Великим постом 1991 года архимандрит Нафанаил совершил первый постриг пяти иноков Задонского мужского монастыря.
1 июля 1991 года наместником монастыря назначен архимандрит Никон (Васин).
25 августа 1991 года мощи святителя Тихона Задонского были возвращены в Задонский монастырь.
10 января 1992 года митрополитом Воронежским и Липецким Мефодием был утвержден Устав Задонского Рождество-Богородиц-кого мужского монастыря.
10-12 октября 1993 года были обретены и возвращены в монастырь с городского кладбища мощи Задонских старцев.
В октябре 1994 года состоялось открытие источника у южных стен монастыря. Осенью того же года началось восстановление Задонского Богородице-Тихоновско (Тюнинского) женского монастыря.
31 марта 1996 года состоялась хиротония архимандрита Никона (Васина) во епископа Задонского, викария Воронежско-Липецкой епархии, совершенная Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II в Патриаршем Богоявленском соборе.
В том же году было полностью восстановлено здание колокольни, в верхнем ярусе установлен часовой механизм электромеханических курантов.
В 1997 году начались отделочные работы и роспись храма во имя святителя Тихона.
16 ноября 1998 года, в рамках первого за всю историю патриаршества официального визита Первосвятителя в Воронежско-Липецкую епархию, Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II посетил Рождество-Богородицкий мужской монастырь.
В 1999 году закончились работы по реконструкции и росписи храма святителя Тихона и началось строительство храма-часовни в честь иконы Божией Матери «Живоносный Источник».
В 2001 году закончено строительство храма-часовни Божией Матери «Живоносный Источник..
30 июля 2003 года утвержден новый Устав Православной религиозной организации Задонского Рождество-Богородицкого мужского епархиального монастыря…, сменивший Устав 1992 года.
В 2004 году наместником Задонского монастыря назначен игумен Гермоген (Крицын).
В марте 2005 года закончена реставрация самой древней постройки монастыря — западных ворот и ограды.
22 апреля 2005 года на колокольню был поднят самый крупный пятитонный колокол, отлитый на Воронежском литейном заводе «Вера».
Летом 2005 года закончена роспись стен алтарной части трапезного храма в честь Вознесения Господня.
26 августа 2005 года открыт и освящен памятник святителю Тихону Задонскому работы воронежского скульптора И.П. Дикунова.
16 августа 2006 года установлена новая серебряная рака для мощей святителя Тихона Задонского.
В июле 2007 года завершена реставрация центрального иконостаса Владимирского собора.
18 июля 2007 года состоялось освящение главного престола Владимирского собора архиерейским чином.
31 октября 2007 года освящен престол в честь Покрова Пресвятой Богородицы в правом приделе Владимирского собора.
26 августа 2010 года, в день памяти святителя Тихона, впервые в истории Задонской обители состоялось торжественное Патриаршее Богослужение. Его Святейшеству сослужили управляющий делами Московской Патриархии митрополит Саранский и Мордовский Варсонофий, митрополит Воронежский и Борисоглебский Сергий, епископ Липецкий и Елецкий Никон, руководитель Административного секретариата Московской Патриархии — епископ Солнечногорский Сергий, схиархимандрит Илий (Ноздрин), духовенство Липецкой епархии. На богослужении присутствовали руководители Липецкой области во главе с губернатором П. Королевым.