Церковное руководство в лице Макария приступило к преобразованиям раньше светской власти. В период раздробленности жизнь княжеств и земель была разобщена и материально и духовно. У каждого княжества имелась своя монета, а также свои мера и вес, свои чудотворцы. Государственное единство настоятельно требовало создания единого пантеона общерусских святых. В 1547 и 1549 годах Макарий провел два церковных собора, учредивших общерусский культ почти сорока новых чудотворцев (старых было немногим более двадцати, не считая местных святых). Вопреки мнению исследователя церкви А. С. Хорошева, влияние юного Ивана на составление канонизационных списков не было определяющим. Иначе трудно объяснить, почему к лику общерусских святых не был причислен ни один из московских князей. Зато этой чести сподобился их злейший враг Михаил Тверской, убитый в Орде из-за происков Даниловичей. В списки святых попал Александр Ярославович Невский, но не попали ни Дмитрий Донской, победивший татар на Куликовом поле, ни киевские князья Ярослав Мудрый и Владимир Мономах, отличавшиеся благочестием и много сделавшие для христианизации Руси. Исключение было сделано для новгородского князя Всеволода Мстиславовича, почитавшегося местным святым в Пскове. Вообще среди новых чудотворцев местные новгородские святые имели наибольшее представительство. Объяснялось это тем, что инициатор канонизации Макарий шестнадцать лет возглавлял Новгородско-Псковское архиепископство.
За время боярского правления старые сподвижники Василия III исчезли с политической сцены один за другим. Макарий принадлежал к немногим уцелевшим деятелям старой формации. После пожара Москвы его влияние на дела управления заметно усилилось. Отправляясь под Казань в конце 1547 года, Иван IV поручил брату Владимиру Андреевичу и боярам «ведать» Москву, приказав им о всех своих делах «приходити к Макарью митрополиту». Пять лет спустя, в дни нового казанского похода, московскую семибоярщину возглавил глухонемой князь Юрий — единоутробный брат царя. Вверив князя Юрия попечению митрополита, власти (от имени Ивана IV) наказали ему: «…елико тебе бог даст, во всем беречи царство… брата же нашего на благодарные дела поучай; такожда, господине, и жену мою царицу Анастасию, не праздну сущу, духовне во все побереги». Функции главы церкви были весьма обширны: от вразумления бояр до надзора за беременной царицей.
Вскоре же царь Иван под влиянием Макария и ближайших советников приступил к «церковному устроению». В феврале 1551 года во дворце собрались высшие духовные чины и царь передал им «свое рукописание» — заранее подготовленные вопросы. Иван сидел «на царском своем престоле, молчанию глубокому устроившуся», пока дьяки зачитывали его речь. Инициаторы реформ намеревались соединить земское устроение с «многоразличным церковным исправлением», чтобы подкрепить начавшиеся преобразования авторитетом церкви. «Рукописание» начиналось с символа веры — прославления Троицы и покаяния царя в прегрешениях юности. Но далее авторы царской речи обвинили бояр и вельмож в том, что они «дерзнули поймать и скончать братию отца» — удельных князей Юрия и Андрея, после чего, «улучаше себе время», завладели всем царством самовластно и затеяли междоусобицы. Среди бумаг собора сохранилось несколько царских речей. Подготовлены они были, вероятно, в разное время, но имели одну общую идею. Составившие их реформаторы критиковали тех, кто был у власти до них, и возлагали на них ответственность за то, что многое в государстве «поизшаталося» после смерти Василия III: «…ослобно дело и небрегомо божиих заповедей, что творилося», теперь же настало время исправить все «нестроения».
Священный собор, созванный Макарием по поводу обращения царя, изложил свои решения в ста пунктах (главах), отчего и получил наименование «Стоглавого собора». На Стоглаве дьяки зачитывали царские вопросы о церковных непорядках, после чего Макарий от имени духовенства указывал на средства их исправления. Можно было бы предположить, что митрополичья канцелярия сама составляла вопросы, а заодно и давала ответы на них. Но это не так. Нетрудно заметить, что в вопросах проглядывали нетерпение и резкость, тогда как ответы Макария отличались умеренностью и осторожностью.
«Угодна ли богу раздача церковных и монастырских денег в рост?» — спрашивал царь. Знать и дворяне часто занимали деньги у богатых монастырей, и процент приносил старцам немалый доход. Кабальные долги нередко вынуждали землевладельцев рассчитываться с монахами вотчинами, а иногда (при правителях-боярах) и поместьями. Ответ Макария не затрагивал этой главной стороны ростовщических операций церкви. Глава церкви объявил лишь о запрете инокам давать деньги в рост «по своим селам своим крестьянам».