Следствием вековой раздробленности Руси явилось то, что церковные обряды утратили единообразие в разных землях и княжествах. Великий Новгород и Псков по уровню церковного образования стояли выше других земель и допускали меньше отступлений от византийских образцов. Будучи архиепископом в Новгороде, Макарий в «Великих Четиях» ясно высказался за трегубую аллилуйю. В постановлении Стоглава значилось, что в Новгороде и Пскове по многим монастырям и церквам «до днесь говорили трегубую аллилую». Когда же Макарий стал московским митрополитом, ему пришлось отказаться от новгородской старины в пользу московской. Под страхом проклятия Стоглав запретил «трегубую аллилую» и троеперстное знамение и ввел по всей стране двоеперстие вместе с «сугубой аллилуей». Если бы Макарий принялся искоренять троеперстие с такой же нетерпимостью, с какой Никон ополчился на двоеперстие сто лет спустя, церковная смута была бы неизбежна. К счастью для церкви, и митрополит Макарий, и могущественный временщик — бывший новгородец Сильвестр проявили достаточную долю равнодушия к тому, что касалось внешней обрядности. Стоглавый собор осудил продажу церковных должностей, вымогательство и взятки в церковной среде. Епископам предписывалось поставлять игуменов «не по мзде», также и «в попы и во дияконы ставити безо мзды, даже и до самого ключаря и прочих причетников».
Православная церковь всегда терпимо относилась к юродивым. Исключение составляли бесноватые и трясуны, которых собор осудил как лживых пророков. Мужики, и жены, и девки, и старые бабы, значилось в постановлении собора, «наги и босы и волосы отрастив и распустя, трясутся и убиваются», а велят христианам «в среду и в пятницу ручного дела не делать».
Крайнюю нетерпимость «отцы церкви» проявляли в отношении народных празднеств и обрядов, в которых они усматривали грех язычества. Собор решительно осудил всякого рода «бесовские» игрища и скоморошьи представления. Грехом были признаны стрижка бороды, мытье в бане мужчин с женщинами, игра в единственную известную тогда азартную игру («зернь»), всякого рода колдовство. К числу греховных занятий были отнесены шахматы, широко распространенные на Руси, игра на всевозможных музыкальных инструментах. Осуждалось общение с иностранцами, в особенности подражание их «злым обычаям».
Исключительное внимание Стоглав уделил монастырям и монашеству. Царь обвинял черное духовенство в неблагочинии, но в более сдержанной манере, чем белое духовенство. Не ставя под сомнение благочестие монашества в целом, Иван заявил, что «неции» из чернецов стригутся в монахи не для спасения души, а «покоя ради телеснаго, чтобы всегда бражничать». Собор признал, что пьянство наносит наибольший ущерб монастырскому благочестию, и ради искоренения греха запретил монастырям держать у себя «пьянственное питие, сиречь хмельное и вино горячее», а монахов призвал довольствоваться всевозможными квасами. Исключение было сделано лишь для редких в России заморских «фрязских» вин. Их можно было держать в обителях, но пить только «во славу божию, а не во пиянство». Запрет не распространялся на Троице-Сергиев монастырь, чтобы не отпугнуть многочисленных паломников, посещавших это чудотворное место. Среди иноков послабления допускались в отношении знатных постриженников, пребывающих «в немощах или при старости». Причины послаблений объяснялись довольно откровенно: князья и бояре «стрыгутся в великих монастырях» и «дают вкупы (вклады) великие, села и вотчины». Написать указ против бражничества было нетрудно, значительно труднее оказалось провести его в жизнь. Хорошо известна история игумена Трифона — строителя первого в Вятской земле монастыря. Когда Трифон запретил стол с вином по кельям, монахи выразили крайнее негодование, стали запирать игумена под замок, бить, а потом и вовсе выгнали из обители.
Стоглавый собор принял ряд решений в целях исправления монашеской жизни. Наложен был запрет на совместное проживание монахов и монахинь в одном монастыре. Инокам не велено было жить в миру, бродяжничать и собирать деньги.