Члены Стоглавого собора были согласны с тем, что домашнее образование, при котором дети учились либо у родителей, либо у нанятого учителя, не дает возможности подготовить просвещенных священнослужителей. Ни реформаторы из царского окружения, ни Макарий не помышляли о выделении средств на организацию казенных училищ. Священники, занятые обучением детей, и без того получали ругу — плату от казны. Задача, по мнению собора, заключалась в том, чтобы заменить домашние школы с родителями или нанятыми мастерами в роли учителей правильно организованными церковными училищами. Для этой цели было решено избрать «добрых духовных священников и дияконов и дияков женатых», которые «грамоте чести и пети и писати гораздивы», и учинить у них в домах училища книжные, куда бы все люди могли отдавать своих детей «на учение грамоте». Программа училищ всецело подчинялась практическим нуждам. Проповеди и толкования слова божия не были чужды русской церковной традиции. По крайней мере два раза в год — по случаю наступления Нового года — 1 сентября и в праздник Иоанна Предтечи — 24 июня — владыки выступали с проповедью в своих соборных церквах. Они говорили народу о любви к ближним, о прекращении вражды и раздоров. Среди священников нередко встречались люди, одаренные талантом красноречия, необходимого для проповедника. Но по общему правилу православная служба не требовала от священника особого красноречия. Ежедневная служба сводилась к повторению священных текстов и молитв. Их либо читали по книге, либо пели. Учитель являлся перед учениками с книгой в одной руке и с розгой — в другой. Используя их, учитель должен был научить ученика читать вслух или петь нужные тексты. Начинали обучение по азбуке или букварю, после чего брались за псалтырь и евангелие. Успехи учеников при такой системе обучения были не слишком велики. Предполагалось, что училища должны удовлетворить потребность общества в грамотных людях. Дальнейшее образование они получали в ходе практической работы, попадая в приказные канцелярии и монастырские книжные мастерские.
Отдельно собор рассмотрел вопрос о переписке священных книг. Всем писцам собор рекомендовал писать книги «с добрых переводов», а потом тщательно править их, чтобы не допускать искажений и ошибок при копировании священных текстов. Иконописцам следовало строго следовать старым образцам, «како греческие иконописцы писали и как писал Андрей Рублев». Рекомендации писать наподобие Рублева были вполне благонамеренными. Однако практическая польза от них была невелика.
Начавшаяся после Стоглава борьба за Казань, а затем Ливонию поглотила все силы и средства государства, что поставило под вопрос выполнение обширных программ, намеченных собором.
Деятельность Стоглавого собора была направлена на то, чтобы упрочить нравственное влияние церкви на общество. Для этого духовному сословию предстояло очистить себя от всякой скверны. В глазах инициаторов собора наибольшего порицания заслуживало белое духовенство — городские и сельские священники, жизнь которых немногим отличалась от жизни низших сословий города и деревни. Их царь обличал в значительно более резких выражениях, чем монахов. «Попы и церковные причетники, — говорил Иван IV, — в церкви всегда пьяны и без страха стоят и бранятся, и всякие речи неподобные всегда исходят из уст их».
Средства, которые руководители церкви намеревались использовать для исправления нравов низшего духовенства, были характерны для учеников Иосифа Санина. Иерархи церкви уповали на спасительные административные меры — систему надзора и наказаний. Собор предписал протопопам, поповским старостам и десятским «дозирати почасту» за богослужением в церквах, неутомимо доносить на попов, которые «учнут жити в слабости и в лености и во пьянстве», поощрять тех, кто будет жить «в чистоте и покаянии» с женами. Священникам надлежало стоять в церкви «со страхом и трепетом», читать священные книги, молиться о царском здравии, слушаться «искусных, добрых и житием непорочных» протопопов. Протопопам, старостам и десятским вменялось в обязанность следить за перепиской священных книг, чтобы в них не закрались еретические искажения.