Особым его попечением были церкви, совершение богослужений как на кораблях, так и на суше, в городе, в церкви любимого всеми моряками Святителя Николая — «по морю плавающих управителя». Церковь его он перестроил, расширил. А после русско-турецкой войны он еще больше предавался молитве, и, по одному из свидетельств, он, несмотря на все свои административные заботы, «каждый день слушал заутреню, обедню, вечерню и перед молитвами никогда не занимался рассматриванием дел военно-судных, а, произнося приговор, щадил мужа, отца семейства многочисленного, и был исполненный доброты необыкновенной».
Христианские святыни, православные храмы, души родных ему моряков находились тогда на попечении заботника и ревнителя благочестия Федора Ушакова. Он уже тогда мог считаться для этого города, для южного форпоста России, святым подвижником, хранителем, созаботником. И поэтому и сегодня тянутся духовные нити из Севастополя к Санаксарскому монастырю, к мощам прославленного адмирала, воина-христианина.
Особую любовь проявлял адмирал к близким, сослуживцам, морякам. Конечно, была требовательная, армейская, флотская дисциплина, воинская иерархия, но для служителей морских он был «слуга царю, отец солдатам», за которым они шли в огонь и воду в прямом и переносном смысле. Он был их наставником, соратником, вдохновителем. Он учил их, вместе с ними разделял трудности и невзгоды дальних походов, рутину ремонтных стоянок. Вместе с ними творил молитву и провожал, по морскому обычаю, вместе с корабельным священником в последний путь в глубины морские. Он заложил основы требовательного, высокого, христианского отношения к моряку, которое и преобладало у замечательных адмиралов и офицеров в нашем флоте.
Особую заслугу в деле православного служения имеет Ф. Ф. Ушаков при освобождении от воинствующего безбожного воинства французской Директории Семи островов Греческого архипелага в Ионическом море в 1798–1799 годах. Но дело не только в освобождении (ведь и Суворов освобождал итальянские районы Ломбардии, а те же Ушаковские войска — южные области Италии), дело в
Именно здесь Ушаков осуществил великую христианскую миссию спасения греческого народа, его православной сути.
Отвоевывая у французов остров за островом, он опирался на единоверных греков, направляя им собственные «пригласительные письма» и воззвание патриарха Григория V. Греки безгранично верили ему, создавая ополчения, помогая освобождать острова, а он твердо держал свое слово, не давая развернуться ни мятежному разбою, ни реваншистскому насилию правящих нобилей, он был добр и отзывчив к населению, объявил амнистию, внимательно относился ко всем жалобам.
Приветствия, которыми обменивались моряки эскадры и местные жители освобожденных островов, поистине знаменательны: «Здравствуйте, православные!» И это было знаком единодушия и доверия друг к другу.
Поистине как триумфатора, освободителя, защитника христианства встречали его жители островов. Ведь французы, пообещав свободу, равенство и братство, не предоставили этого жителям и проявили революционный вандализм и варварство в святых для греков местах, они насмехались над священниками, оскверняли храмы, располагая там казармы. Ф. Ушаков не только «вытряхнул» французских безбожников из церквей, но не дал и своим союзникам-туркам покуситься на собственность и драгоценности святынь. Сам же он бывал и молился в православных храмах. Так, на другой день после взятия крепости Корфу он уже отслужил благодарственный молебен, а 27 марта, в первый день святой Пасхи, назначил большое торжество, пригласив духовенство сделать вынос мощей угодника Божиего Спиридона Тримифунтского. Народ собрался со всех деревень и ближайших островов. При выносе из церкви святых мощей расставлены были по обеим сторонам пути, по которому прошла процессия, русские войска. Мощевицу поддерживали сам адмирал, его офицеры и первые чиновные архонты острова. Святые мощи обнесены были вокруг крепостных строений, и в это время отовсюду производилась ружейная и пушечная пальба;…всю ночь народ ликовал.
Ф. Ф. Ушаков сумел наладить жизнь в этом первом после оттоманского ига греческом государстве, утвердил там «мир, тишину и спокойствие», дал одну из самых, в то время, демократических конституций.
Провожали его иоанниты со слезами, колокольным звоном, с наградами, на которых писали: «Народы сии единогласно возглашают его отцом своим». Они давали его имя своим детям и обещали не забыть его заслуг никогда.
На островах имелась «Золотая книга», куда записывали деяния благородных нобилей. В «Золотую книгу» истории Греции должно быть записано и имя Федора Ушакова, ибо он освободил первую территорию Греции после падения Византии, он дал мир и согласие народу Республики Семи островов, заговорившей на греческом языке. Он защитил православие на этих христианских землях.