Но незадолго до этого 23 сентября 1904 года умирает его старший брат Сергей Николаевич. Перед его смертью происходит то самый случай с Львом Толстым, когда он сам идет за священником, чтобы тот исповедал и причастил его брата.
Реальная встреча отца Иоанна и Толстого, наверное, была невозможной. Но в обществе ходили упорные разговоры о возможности такой встречи. В 1895 году в газетах разнесся слух, что Толстой посетил отца Иоанна в Кронштадте.
В начале января 1905 года состояние здоровья отца Иоанна становится критическим. Он высказывает желание, чтобы его соборовали, и 2 января пишет ключарю Андреевского собора протоиерею Попову очень трогательную записку:
«Ваше Высокопреподобие! Достопочтеннейший собрат, отец Александр Петрович…
Пришло мне на мысль принять Святое Таинство Елеосвящения по чину святой Церкви, которое и прошу соборную братию совершить завтра, после поздней литургии, взяв из храма обеденные дары в потире. При этом моя покорная просьба ко всей братии совершить Святое Таинство, громко выговаривая всё, чтобы я мог слышать, чувствовать и молиться с вами».
3 января семь священников во главе с протоиереем Преображенским соборовали отца Иоанна в его домашнем кабинете. Здесь же были настоятельница Иоанновского монастыря игуменья Ангелина с начальствующими сестрами. На Михайловской улице перед окнами квартиры священника плотной стеной стоял народ и плакал. Час или два спустя после соборования, как пишет протоиерей П.П.Левицкий, «мы с женою приходили проститься с отцом Иоанном: он лежал на постели в подряснике, с закрытыми глазами и, казалось, сильно страдал. Все среди глубокой тишины по очереди подходили к нему, кланялись и целовали его руку, прощаясь с ним, может быть, навсегда, ибо надежды на выздоровление по человеческим соображениям почти не оставалось». Но в начале февраля отец Иоанн начинает выздоравливать, а 27 февраля, в Прощеное Воскресенье, служит первую за время недуга литургию.
Произошло чудо.
И вновь нельзя не обратить внимание на буквальное, хотя и заочное, пересечение судеб Толстого и отца Иоанна. Оба в начале XX века переносят смертельные болезни, которые, казалось бы, не должны были пропустить их в новое столетие, ни по каким критериям не отвечавшее тому, что они проповедовали.
Тем не менее оба вступают в XX век, наблюдая за тем, как нарастает в России социальная ненависть и как народ становится неподвластен никаким духовным внушениям. С отцом Иоанном происходит случай, который многое объясняет в его болезненно-непримиримой позиции по отношению к новым веяниям в обществе. Об этом он сам рассказал в 1905 году одной знакомой: «Однажды, когда я служил обедню в Андреевском соборе и вышел из Царских врат с Чашей, то увидел студента, который закуривал папиросу от лампады перед иконой Спасителя. Я сказал ему: “Что ты делаешь?” Студент, не отвечая, ударил меня по щеке, да так сильно, что Дары расплескались на каменный помост. Я перекрестился, подставил ему другую щеку и сказал: “Ударь еще раз”. Но народ схватил студента. Камни с помоста были потом вынуты и брошены в море».
После этого случая отец Иоанн стал плохо слышать и всегда просил говорить громче…
Кто был этот студент? Толстовец? Ни в коем случае! Для настоящих толстовцев не были характерны подобные жесты, поскольку они исповедовали «непротивление злу» и сами готовы были подставлять свои вторые щеки.
Но возможно, это был бывший толстовец, перековавшийся в радикала. Такое происходило сплошь и рядом. Молодые люди, испытав увлечение Толстым, не находили в его учении возможности для выплеска своей агрессии, своей обиды на этот мир и ненависти к тем, кто пытается сохранить в этом мире порядок. В результате спора Толстого и Церкви молодежь не пошла ни за Церковью, ни за Толстым. Пошла за Максимом Горьким.
Чудесное выздоровление отца Иоанна совпало с началом русской революции. В январе, когда больного священника соборовали в его кабинете, в столице случилось страшное и бессмысленное Кровавое Воскресенье. Горький пишет жене Е.П.Пешковой: «Итак, началась русская революция, мой друг, с чем тебя искренно и серьезно поздравляю. Убитые да не смущают: история перекрашивается в новые цвета только кровью…»
Новая вера, новые вожди, новые моральные принципы… В этой кровавой мессе уже никому не было дела ни до кронштадтского, ни до яснополянского старцев.
23 октября 1905 года вспыхивает кронштадтский бунт. Начинается он с митинга матросов, переходит в погромы торговых лавок. 25 октября выступление приобретает массовый характер. Мятежники пытаются освободить заключенных. По городу слышны выстрелы, звон стекол и грохот ломаемых дверей и ставней. На Соборной улице громят татарские ряды и магазины. Пик событий приходится на ночь с 26 на 27 октября. Паническое бегство обывателей в Петергоф и Ораниенбаум… Отходящие пароходы переполнены пассажирами… Уехал из Кронштадта и отец Иоанн.