Не справившись с этим чёртовым городом, Фридрих направился в Рим, дабы поговорить по душам с новым Папой и получить объяснение произошедшему. Но тот переоделся в мирское и бежал в Чивитавеккья, где сел на корабль и скрылся в свою родную Геную. Полгода Папа вёл себя тихо. Поговаривали, что Иннокентий неизлечимо болен, но на Иванов день, 24 июля 1245 года, он созвал Вселенский церковный собор, единственной задачей которого было низложение императора.
Да только, легко сказать, да трудно сделать! После того как магометанский народ хорезмийцы, потерявшие в 1220 году свою империю, завоёванную войсками Чингисхана, в свою очередь, захватили Иерусалим[144], патриарх Альберт Антиохийский[145] немедленно сделался яростным сторонником мира между Папой и императором, моля их как можно скорее уладить противоречия и освободить соединёнными войсками Гроб Господень. Император был готов сделать это и собственными силами. Кроме того, он клятвенно обещал Папе не возвращаться из похода в течение трёх лет, одновременно с этим выводя войска из папских земель, а если же Фридрих нарушил бы данную клятву, то потерял бы империю.
Решив перед предстоящим походом укрепить свои позиции по всей империи, Фридрих разостлал письма князьям, приглашая их прибыть к началу июня на совет в Верону. А в конце месяца был назначен католический собор в Лионе.
В апреле он выехал из Апулии. Дорога лежала мимо крепости Витербо. Не имея возможности взять укреплённый и готовый к обороне город, Фридрих отдал приказ разорить его окрестности. Рыцари императора жгли поля и леса, прогоняя с земель крестьян. Чуть ли не месяц Фридрих тешил своё самолюбие, оставив Витербо лишь 6 мая. В тот день с императора как раз было снято церковное проклятие, но едва закончилась торжественная служба, как кардинал Райнер из Витербо бросился к ногам Папы, требуя покарать клятвопреступника.
26 июля 1245 года собор был открыт. Тридцать лет назад в 1215-м, провозглашая Фридриха императором, Иннокентий III собрал около 1300 прелатов из всей Европы и Восточной Церкви. Теперь Иннокентий IV мог рассчитывать всего на 150 человек. Тем не менее это не помешало 17 июля 1245 года вынести Фридриху приговор по четырём основным пунктам обвинения: лжесвидетельство, нарушение мира, богохульство и ересь. Все подданные императора были освобождены от клятвы верности, те же, кто желал остаться с ним, автоматически отлучались от церкви. Кроме того, своё право на Германию терял и сын Фридриха Конрад IV, трон Сицилии также в итоге освобождался для нового короля.
Фридрих не присутствовал на соборе, проводя в это же время свой совет в Вероне, на котором снова решались вопросы с мятежами в Австрийском герцогстве. Кроме того, Фридрих рассчитывал познакомиться там с Гертрудой[146] — единственной дочерью последнего Бабенберга[147], чьё приданое включало обширные территории от верхнего Рейна до венгерской границы. Император прислал прекрасной даме стихи, в которых клялся ей в любви, в то время как кардинал Райнер, предвидя сватовство императора, отправил к ней тайное письмо, в котором представил жениха как женоубийцу и антихриста. Напуганная Гертруда не пожелала приехать в Верону.
Фридрих был раздражён несостоявшейся женитьбой и подавлен известием о своём низложении. «Папа не может дать нам императора и не может забрать у нас его. Он может лишь короновать избранного князьями», — писали Фридриху из Германии князья, но Папа уже подбирал подходящую замену ему. Впрочем, как ни странно, желающих не находилось!
В Италии никто по-прежнему не соблюдал интердикт, Фридрих пока что не потерял ни одной крепости. Зато по дорогам Германии бродили бесчисленные полчища нищенствующих монахов, призывающих снарядить новый крестовый поход, на этот раз против Фридриха. Они брали клятвы и с князей, и с простых воинов, с тем условием, что если те передумают, то всегда смогут снять с себя обет, но лишь заплатив за это определённую сумму.
Все епископы, сохраняющие верность Фридриху, были отстранены от своих должностей, их места занимали ставленники Папы. Если по той или иной причине заменить епископа не получалось, на его епархию накладывался интердикт. При этом стать епископом мог любой, кто заплатит требуемую сумму. Случались и истории с двойным назначением на одну и ту же должность. Папа перекраивал огромную территорию. Дошло до того, что народ, отчаявшись найти Бога в церквях, пошёл искать его во множестве открывшихся сект.