Накануне Успения 1620 года в Киево-Печерской лавре состоялась тайное совещание представителей духовенства, православной знати и братств. Убедившись, что патриарх Феофан имеет грамоту, подписанную Константинопольским Патриархом Тимофеем и несколькими митрополитами, которой он был уполномочен осуществлять надзор и исправление недостатков в церковной жизни на территориях Речи Посполитой, находящихся в юрисдикции Константинопольского Патриархата, а также учитывая, что Иерусалимского Патриарха в Киеве сопровождал экзарх Константинопольского Патриарха архимандрит Арсений и прибывшие несколько лет назад в польское королевство митрополит Софийский Неофит и епископ Страгонский Авраамий, участники совещания постановили просить Патриарха Феофана о посвящении митрополита и епископов для всех епархий Речи Посполитой. Было также отмечено, что это не будет противоречить положениям конституции Речи Посполитой, принятой на сеймах в 1607 и 1618 гг.
Вероятно, решение о восстановлении православной иерархии в Киеве было принято во время встречи Патриарха Феофана с Константинопольским Патриархом Тимофеем в Стамбуле, куда он заезжал по дороге в Москву. Об этом свидетельствует целый ряд фактов, а именно:
1. Патриарх Феофан поехал в Москву не обычным путем через Болгарию, Румынию и Украину, а решил ехать через земли татар — по Волге.
2. В свите Феофана очень кстати оказались прибывшие в Речь Посполитую за несколько лет до этого два необходимых для совершения епископской хиротонии архиерея: митрополит Софийский Неофит и епископ Страгонский Авраамий, а также экзарх Константинопольского Патриарха, архимандрит Великой церкви Арсений.
3. По прибытию в Киев Феофан обратился к православным с грамотой, в которой призывал их избрать себе епископов, не опасаясь последствий со стороны католических властей, «как некогда родители Моисея не убоялись приказа фараона, а святые апостолы суровых пилатов и иродов».
4. По его благословению в Киеве и Буше были созваны церковные соборы.
Все эти действия Иерусалимский Патриарх не мог совершать иначе, как с личного согласия Патриарха Константинопольского. Экзарх, архимандрит Арсений, мог лишь контролировать точность исполнения уже ранее достигнутых договоренностей.
К концу сентября 1620 года были посвящен в сан митрополита Киевского и Галицкого игумен Михайловского монастыря Иов Борецкий. В сан архиепископа Полоцкого, управляющего Витебской и Мстиславкой епархиями, — иеромонах Мелетий Смотрицкий, епископа Перемышльского и Самборского — игумен Межигорского Преображенского монастыря Исаия Копинский, епископа Владимирского и Брестского — архимандрит Трахтемировского монастыря Изекииль Курцевич, епископа Луцкого и Острожского — игумен Черчицкого монастыря Исаак Борискович, епископа Холмского и Бельского — игумен Милецкого Николаевского монастыря Паисий Ипполитович-Черковский.
Проводив Патриарха Феофана до границы с турецкими владениями, гетман Сагайдачный обратился к нему с просьбой о разрешении Войска Запорожского от греха братоубийственной войны против православных московитов. Патриарх прочел над коленопреклоненными запорожцами молитву и дал им разрешительную грамоту, впрочем, после сурового назидания.
Мелетий Смотрицкий писал, что этом, так: «Патриарх бранил казаков за то, что они ходили на Москву, говоря, что они подпали проклятию, потому что московиты — христиане». В октябре 1620 года Патриарх Феофан отбыл в Палестину.
Тем временем по требованию папского нунция, король Сигизмунд III резко осудил восстановление православной иерархии, которое угрожало унии: «Легкомысленные люди простонародного происхождения осмелились против прав его величества и без ведома его королевской милости принять посвящение на митрополию и епархии живых владык (ред.: имеется в виду униатских) у подозрительного чужеземца, подданного турецкого императора, который во владениях его королевской милости не имел никакой юрисдикции». В своем универсале король пытался утверждать, что Феофан был не Патриархом, а обычным шпионом турецкого султана, а рукоположенные им епископы являются изменниками, перешедшими на сторону султана, дабы под прикрытием религии осуществлять коварные происки против польской короны. Далее: даже если бы Феофан и оказался настоящим Патриархом, он не имел права совершать рукоположения в Речи Посполитой, так как Киевская митрополия принадлежит юрисдикции Константинопольского, а не Иерусалимского Патриарха. Если бы даже Константинопольский Патриарх дал полномочия Иерусалимскому Патриарху совершать рукоположения на своей канонической территории, этого недостаточно для их законности в Речи Посполитой, так как для этого в первую очередь необходимо официальное позволение короля. И в любом случае это было изменой Короне и оскорблением его королевского величества как подателя церковных достоинств и бенефиций.