Но подлинное признание Петр Сагайдачный приобрел как выдающийся дипломат и полководец. Избранный гетманом Запорожской Сечи в 1605 году, он то смещался казачьей радой, то возвращался ее же волей на прежнюю должность. Так, в 1610 году на его место был избран Григорий Тискиневич, в 1617 — Дмитрий Барабаш, в 1620 — Яков Бородавка. Во всех случаях П. Сагайдачный молча уступал свое место и продолжал служить Запорожскому Войску под началом своего очередного преемника. Но именно под его руководством запорожское казачество не ведало поражений. Под его началом запорожцы взяли Перекоп, Килию, Измаил, Очаков, Ахтияр, Аккерман, Трапезунд. В 1614 году на сорока чайках две тысячи запорожцев во главе с П. Сагайдачным вступили в бой с турецкой эскадрой, взяли на абордаж 15 галер, а затем пошли на Трапезунд и Синоп. В 1616 г. они захватили Кафу, где истребили турецкий гарнизон в 14 000 человек и освободили множество невольников. А в 1618 году сожгли половину Стамбула. Киевский митрополит Иов Борецкий писал об этих подвигах запорожцев как о свидетельстве преемственности ратной славы казаков от древнерусских богатырей: «Это же от нашего рода войско при Олеге князе русском по морю плавало и Царьград осаждало».
Но не только желанием защитить христианскую веру и освободить невольников были продиктованы действия Сагайдачного. Он уклонялся от военных походов против турок когда они нападали на Польшу. Не водил он казаков ни под Бушу в 1617 г., ни под Цецору в 1620 г., не хотел вести и под Хотин, но не смог отказать Иерусалимскому Патриарху Феофану. Целью частых походов Сагайдачного на турок было во-первых, получение военного опыта тысячами крестьян, убегавших на Сечь от польских панов, а во-вторых, ослабление Речи Посполитой войнами, которые она вынуждена была вести с турками, которые нападали на нее в отместку за казачьи набеги.
После каждой такой войны турки требовали у польского короля уничтожить Запорожскую Сечь. И король, желая установить над казаками контроль, вынужден был их брать на содержание, устанавливая реестр. Этот реестр редко превышал тысячу человек. Но для Сагайдачного было важно, что с запорожцами польские власти заключали официальный договор как с воюющей стороной. Эта тысяча казаков становилась легальным военным соединением, состоящим на королевской службе. Реестровые казаки могли жить на королевских землях, заниматься промыслами, становиться землевладельцами. Таким образом происходил перенос казачьей администрации на «городовую Украину». В 1616 году в Корсуне, Каневе, Черкасах, Ирклиеве, Стеблеве, Бобровице, Готве казаки составляли уже семьдесят процентов населения. Расширение казачьих землевладений было залогом установления на этих территориях их автономной администрации и судопроизводства. В результате этих процессов город Киев стал фактически неподконтрольным польскому королю. Униатам удалось овладеть только одним лишь Выдубицким монастырем, находящимся на окраине города. Игумен этого монастыря Антоний Грекович, наместник униатского киевского митрополита, в 1610 году попытался было захватить древнюю кафедру киевских митрополитов — Святую Софию. Но запорожцы пустили его под днепровский лед «ловить карасей».
В 1616 г. П. Сагайдачный, со всем Войском Запорожским, вступил в киевское православное Богоявленское братство. Это братство было основано с целью создать в Киеве православную школу, которая могла бы давать юношам достойное образование, не подвергая их угрозе католического прозелитизма. Землю и первоначальные средства для школы пожертвовала супруга Мозырского маршалка Стефана Лозки, Анна (Елизавета) Гулевичивна. Но поскольку в Киеве не было влиятельных и богатых людей, желающих вступить в братство, некому было и добиваться его признания польским правительством, что грозило уничтожением братства. И тогда Петр Сагайдачный, сам получивший образование в братской Острожской школе, вступил в киевское братство со всем Войском Запорожским. Вскоре король Сигизмунд III утвердил киевское Богоявленское братство своим указом от 19 февраля 1629 года. Впоследствии братская школа превратилась в Киево-Могилянскую академию, в которой получили образование тысячи церковных и государственных деятелей, среди которых многие прославлены в лике святых. Среди ученых мужей-выпускников Киево-Могилянской академии — Михаил Ломоносов и Гавриил Державин.
Условия Ольшанского договора 1617 года, ограничивавшего количество реестровых казаков одной тысячей и стоившего Сагайдачному гетманства, казакам, впрочем, исполнять не пришлось.
В 1618 году польский король просил их выступить в поход, чтобы водворить своего сына, королевича Владислава на московский престол. История этого вопроса такова.