В 1-м разд. работы Ж. остановился на принятии в 1573 г. «Варшавской религиозной конфедерации», провозгласившей свободу совести в Польше. Ж. установил роль некоторых католич. деятелей в подготовке унии, в т. ч. кард. Ипполита Альдобрандини (впосл. папа Климент VIII). Причины соглашения правосл. епископов в Белзе 20 июня 1590 г. о принятии унии с католической Церковью Ж. видит исключительно в личных амбициях архиереев. К 1595 г. относятся первые протесты против унии, исходящие, по словам Ж., от «передового шляхетского класса». Ж. подробно рассмотрел процесс подготовки универсала кор. Сигизмунда III Вазы о соединении «людей греческой веры» с Римской Церковью, изданного 24 сент. 1595 г., и протест против него участников правосл. Брестского Собора 1596 г. (см. Брестские Соборы) во главе с экзархом К-польского Патриарха Никифором, вскоре незаконно арестованным польск. властями и мученически скончавшимся в заключении (1599). 2-й разд. труда Ж. посвящен событиям церковной и гражданской истории Зап. России в 1595–1600 гг.: Брестскому Собору 1596 г. (см. Брестская уния 1596 г.) и причинам неудачи православных в борьбе с унией на сеймах 1596 и 1597 гг. 3-й разд. посвящен событиям 1601–1609 гг., когда сеймы признали право на существование и постепенное восстановление правосл. церковной иерархии, что было вызвано во многом внешнеполитическими трудностями Польши (по мнению рецензента С.Т. Голубева (Отзыв о сочинении проф. П.Н. Жуковича «Сеймовая борьба православного западнорусского дворянства с церковною унией до 1609 г.» (СПб., 1901). СПб., 1904), Ж. преувеличил положительные итоги данного периода для православных). Ж. рассмотрел процесс формирования общественного взгляда, отвергавшего преемство униат, иерархии по отношению к иерархии древнерус. Киевской митрополии. Ученый отметил, что после 1610 г. проявляется заинтересованность вопросами веры со стороны казачества, роль к-рого в церковных делах в дальнейшем возрастала.
Поставив своей целью охарактеризовать борьбу правосл. дворянства на сеймах против унии и глубоко раскрыв эту тему, Ж. вышел за ее рамки, фактически осветив мн. очень важные вопросы жизни Западно-русской митрополии. Историк опубликовал решения Брестского Собора 1591 г. — важнейший источник о состоянии правосл. общества перед унией, протестацию 1621 г., стоявшую у истоков всей правосл. полемической лит-ры 20-х гг. XVII в., материалы для истории Киевского и Львовского Соборов 1629 г., содержащие важные сведения об отношении разных слоев правосл. общества к планам «примирения» Церквей, выдвигавшимся властями Речи Посполитой. Работы Ж., в первую очередь его цикл исследований «Сеймовая борьба…», стали продолжением и развитием выводов, сделанных Голубевым в исследовании, посвященном митр. св. Петру (Могиле), i-й том которого увидел свет в 1883 г., когда Ж. начинал свою научную деятельность (Голубев С.Т. Киевский митрополит Петр Могила и его сподвижники. К., 1883–1898. 2 т.). В работе Голубева было сделано много для характеристики положения правосл. Церкви и правосл. общества прежде всего в центре митрополии — Киеве. В исследовании Ж. наряду с характеристикой действий правосл. дворянства налицо весьма содержательные характеристики действий православного духовенства, а с 1620 г. и правосл. иерархии в защиту Церкви и православного населения Польско-Литовского гос-ва. Как работа Голубева, так и исследования Ж. содержат обильный материал, характеризующий политику власти по отношению к православным в самых разных ее аспектах.
В 1893–1901 гг. Ж. являлся сотрудником «Энциклопедического словаря Брокгауза и Ефрона» и написал ряд статей для этого издания. Принимал участие в составлении 2-го тома ПБЭ (1901). С 16 аир. 1904 г. состоял в Комиссии по разбору и описанию Архива Святейшего Синода, и авг. 1911 г. уволен с должности ординарного профессора СПбДА за выслугой лет, впоследствии числился сверхштатным ординарным профессором. В 1912 г. избран почетным членом СПбДА, в 1916 г. — заслуженным профессором академии, членом правления. Со времени открытия в 1910 г. общества духовной и материальной взаимопомощи бывших питомцев СПбДА входил в его совет и являлся товарищем председателя.