После 1912 г. Ж. обратился к изучению истории Церкви в Новое время, в частности во 2-й пол. XVIII в., на основе материалов ими. Публичной б-ки и Архива Синода. В «Журнале Министерства народного просвещения» ученый в 1914–1916 гг. опубликовал ряд статей, посвященных управлению, суду, сословному составу населения и школьному делу в Зап. России в царствование Екатерины II Алексеевны и общему состоянию края при ими. Павле I Петровиче (Управление и суд в Зап. России в царствование Екатерины II // ЖМНП. 1914. № 2. С. 264–315; № 3. С. 88–120; № 4. С. 314–355; № 5. С. 1–60; Сословный состав населения Зап. России в царствование Екатерины II // Там же. 1915. N2 1. С. 76–109; № 2. С. 257–321; № 5. С. 130–178; Школьное дело в Зап. России в царствование Екатерины II // Там же. № 12. С. 296–344; Зап. Россия в царствование Павла I // Там же. 1916. № 6. С. 183–226; № 8. С. 207–263; № ю. С. 186–275). По поручению Комитета для устройства празднования 300-летия Дома Романовых Ж. редактировал юбилейное изд. «Россия под скипетром Романовых: Очерки из русской истории за время с 1613 по 1913 г.» (СПб., 1912), вышедшее тиражом 1 млн экз. Ж. подготовил также популярный очерк «Смутное время и воцарение Романовых» (М., 1913). Статьи Ж. публицистического характера выходили в «Церковном вестнике», «Виленском вестнике» и др.
Ж. являлся почетным членом ими. Археологического института, действительным членом ими. Рус. исторического об-ва и состоявшей при об-ве особой Комиссии для обсуждения мер, касающихся порядка сохранения местных архивных материалов, членом ими. Московского археологического института им. ими. Николая II, Русского географического об-ва, Русского библиологического об-ва, Об-ва библиотековедения, почетным членом Полтавской церковной историко-археологической комиссии, пожизненным членом Владимирской губернской ученой архивной комиссии. В 1915 г. принимал участие в составлении издания, посвященного 50-летию Русского исторического общества, и написал главы «Основание, состав и собрания общества», «Научно-издательская деятельность общества». С 1903 г. работал в качестве члена-основателя в Галицко-Русском благотворительном об-ве в С.-Петербурге. В 1916 г. избран почетным членом Холмского правосл. братства. Проявил себя как активный деятель Западнорусского товарищества, 2 белорус. ученых сообществ.
В янв. 1915 г. Ж. был командирован обер-прокурором Синода В.К. Саблером в занятую рус. войсками Галицию с целью подготовить законопроект о правосл. принтах в условиях начавшегося процесса воссоединения с правосл. Церковью местных униат, приходов. В докладах «Об общем положении церковных дел в Галиции» (Пг., 1915) и «Об униатском приходском духовенстве в Галиции» (Пг., 1915) Ж. признал недостаточно интенсивным переход униат, приходов в Православие в 3 галицких епархиях (к 1 марта 1915 присоединился 81 приход из 1874), несмотря на естественный, исходивший от народа характер воссоединительного движения. По мнению Ж., гонимые австр. властями рус. силы в Галиции, прежде всего духовенство и интеллигенция, не получили должной поддержки рус. военно-гражданской власти, «всецело поглощенной заботами о соблюдении принципа корректности в отношении всех вероисповеданий», что превратилось в практическом своем осуществлении «в противодействие успехам Православия» (Об общем положении церковных дел в Галиции. С. 2). Не учитывались местные церковно-бытовые особенности, как и то, что, по словам Ж., «так называемое украинство (мазепинство) имело в Галиции в крестьянском населении широкое распространение», поскольку поддерживалось денежными субсидиями от краевого галицкого и центрального австр. правительства и из прусской казны. Соединение «украинства» и униатства, осуществлявшееся, в частности, митр. Андреем Шептицким, представлялось Ж. особенно опасной для рус. власти тенденцией. Ж. последовательно выступал сторонником «русского народного единства», укрепления связи Зап. Руси с общерус. гос. центром. В «Записке о духовной академии в Вильне» (СПб., 1914) Ж. указывал, что «врагами единства России в наши дни подготовляется еще новая для нее опасность — так называемое белорусинство по подобию малорусского украинства. Пока это только еще нарождающееся явление, но дальнейшему его развитию готовы уже всячески помогать и поляки, и украинцы» (С. 21–22).