Между тем в семейной жизни Мечёвых надвигалась беда -здоровье Анны Петровны, подорванное многочисленными родами, ослабевало с каждым месяцем. Лечение в Крыму не помогало. Водянка дошла до такой степени, что Анна Петровна не могла обуться самостоятельно: стоило ей нагнуться, как она начинала задыхаться. Она умоляла мужа перевестись на другой приход, сменить сырую и холодную квартиру на более достойную. И, как отцу Алексию ни было грустно расставаться со «своим» храмом, он благословил свояченицу Ольгу подыскать подходящий дом для причта, чтобы начать хлопоты о переводе. Но из этого ничего не получилось.
Страдания Анны Петровны были так велики, что отец Алексий, уходя из дома, каждый раз не знал, застанет ли супругу в живых. А она просила его перестать молиться о ее здоровье - настолько ей было тяжело... Первым словом его, когда он открывал дверь квартиры, стал короткий вопрос: «Жива?..» 29 августа 1902 года Анна Петровна не отозвалась на него. На момент смерти ей было тридцать шесть лет.
Несмотря на то, что состояние жены было тяжелым уже давно, ее смерть стала для священника сильнейшим потрясением. Говоря надгробное слово, он содрогался от рыданий. Трагедия этих дней аукалась отцу Алексию до конца жизни - он глубоко тосковал по жене и много лет спустя. Одному знакомому священнику даже признался:
- Вот мои дети, все хорошие ребята, любят, заботятся обо мне, но не могут мне заменить моей покойницы, та все мои слабости знала и их любила.
Сам отец Алексий так вспоминал о своем горе: «Господь посещает наше сердце скорбями, чтобы раскрыть нам сердца других людей. Так было в моей жизни. <...> Для меня померк весь свет. Заперся я у себя в комнате, не хотел выходить к людям, изливал свою скорбь перед Господом».
Помощь в беде отцу Алексию оказали его прихожане и верные друзья - купец Алексей Дмитриевич Белов с женой, жившие по соседству, на Маросейке, 9 (Беловым принадлежал расположенный на первом этаже этого дома «Большой гастрономический магазин»; беловские колбасы и ветчина считались лучшими в Москве). Они пригласили к себе домой отца Иоанна Сергиева - знаменитого на всю Россию Иоанна Кронштадтского, как раз находившегося в Первопрестольной. Зазвали и отца Алексия.
- Вы пришли разделить со мной мое горе? - спросил отец Алексий маститого старца.
- Не горе твое пришел я разделить, а радость, - был ответ. - Тебя посещает Господь; оставь свою келью и выйди к людям. Только отныне и начнешь ты жить. Ты жалуешься на свои скорби и думаешь - нет на свете горя больше твоего, так тяжело тебе. А ты будь с народом, войди в чужое горе, возьми его на себя и тогда увидишь, что твое несчастье мало, незначительно в сравнении с общим горем, и легче тебе станет.
Отец Иоанн рассказал случай из своей молодости - как он однажды встретил некую женщину, просившую молиться за нее, и по смирению ответил, что не умеет молиться. «Помолитесь, я верю, что по Вашим молитвам Господь пошлет мне нужное», - настаивала она. Отец Иоанн начал молиться, и через некоторое время та же женщина пришла к нему с благодарностью: «Вот, батюшка, вы помолились за меня, и Господь дал мне, что я просила».
- Так и ты обрати внимание на молитву, она облегчит жизненные скорби и даст много утешения другим, -заметил Кронштадтский старец.
Отец Иоанн и отец Алексий служили вместе, правда, когда и где именно - неизвестно. Впоследствии, на открытии Московского пастырского кружка памяти отца Иоанна Кронштадтского, отец Алексий вспоминал: «Я, грешный и недостойный иерей, до моего знакомства с батюшкой много раз, если не сказать всегда, приносил Бескровную Жертву с холодным чувством, рассеянными мыслями, часто без веры. После же совместного с отцом Иоанном совершения Литургии меня охватил огонь пламенной любви к Богу и ближним, и я понял как всю тайну Евхаристии, так и значение пастырского душепопечения. Когда я взирал на батюшку, молившегося даже до поту, со многими слезами и внутренним воплем, то трепетал сердцем от близости к столь великому праведнику, этому ангелу Божию, и невольно подымал взор свой к небу, взывая: “Боже, как велико Твое милосердие к роду человеческому! Ты крестными страданиями спас нас от грехов, проклятия и смерти. Дал иереям власть предстоять престолу и ходатайствовать за себя и за люди Твоя. Помоги же, Господи, и мне по примеру отца Иоанна всегда вдохновенно приносить Бескровную Жертву и расположи мое черствое сердце к ревностному прохождению пастырского дела”. И Господь внял моему прошению: после этого по молитвам отца Иоанна я, во-первых, стал серьезнее и проникновеннее совершать Божественную литургию, каждый раз при духовном охлаждении подогревая себя воспоминанием первого незабвенного моего сослужения с отцом Иоанном, во-вторых, всецело предался заботе о спасении моих духовных чад».