Развернутая большевиками кампания по вскрытию мощей русских святых стала для иеромонаха Афанасия большой личной болью. Он как раз был дежурным от духовенства в Успенском соборе Владимира в тот день, когда по решению «тройки» на длинных столах на обозрение народа были выставлены мощи владимирских святых. Как только люди стали входить в Успенский собор, где должно было состояться разоблачение «мошенничества служителей культа», иеромонах Афанасий громко возвестил: «Благословен Бог наш…» – и начал служить молебен владимирским святым. Народ стал осенять себя крестным знамением, кланяться, ставить свечи – и задуманное властями поругание святынь превратилось в их публичное прославление. Такой смелый поступок по тем временам грозил арестом, но отец Афанасий об этом не думал и ничего не боялся.
В 1921 году отец Афанасий в сане архимандрита стал настоятелем двух монастырей – Боголюбского и Владимирского Рождественского. Вскоре он был хиротонисан в епископа Ковровского (Ковров – город во Владимирской области). Перед принятием архиерейского сана его вызывали в ВЧК, запугивали репрессиями, но владыка игнорировал угрозы чекистов.
Для своей паствы епископ Ковровский Афанасий составил записку, что следует говорить чекистам в случае ареста и допроса: «Как христианин я, согласно слову Божию, повинуюсь предержащей советской власти и осуждаю вообще всякую политику в Церкви, контрреволюционную в частности. Как гражданин Советской России, где одним из основных законов является закон об отделении Церкви от государства и о свободе совести, я, согласно этому закону, считаю обязательным для себя в вопросах веры и религиозной жизни подчиняться указаниям своей совести».
Это была позиция Патриарха Тихона и всех верных «тихоновцев», к числу которых принадлежал и епископ Ковровский Афанасий. Он однозначно не принял созданного обновленцами Высшего Церковного Управления (ВЦУ), говоря о себе: «Я – обрядовер».
В период церковного раскола и смятения среди духовенства епископ Афанасий признавал законной только власть Патриарха Тихона, о чем в сентябре 1922 года с присущей ему прямотой написал митрополиту Сергию (Старогородскому), викарием которого он был: «Не признавал и не признаю ВЦУ как законный орган Высшей Церковной власти. Может быть, быть прямолинейным и искренним и неблагоразумно, но я не думаю, чтобы неискренность и лукавство могли быть полезны Церкви Божией». Митрополит Сергий призывал признать обновленческое ВЦУ, но владыка Афанасий был непоколебим. За свой сознательный выбор он вскоре заплатил арестом и тюрьмой.
Первый арест святителя произошел в марте 1922 года. Он положил начало многолетним тюремным мытарствам владыки Афанасия. Его почти сразу освободили, но за период с марта по июль арестовывали и освобождали еще дважды.
10 сентября 1922 года владыку Афанасия в очередной раз арестовали, обвинив в агитации против обновленцев и утаивании церковных ценностей, и заключили под стражу во Владимирскую тюрьму. В этой ближайшей к Москве пересыльной тюрьме, известной как Владимирский централ, содержали и уголовников, и политических – «врагов революции», в том числе «религиозников».
«В 22 году, когда во Владимирской тюрьме не работало отопление, мне в передаче прислали железную печку и трубы, и мы устроили ее в нашей семнадцатой камере, где я был с москвичами. С передачей даже мне передавали и дрова», – вспоминал владыка Афанасий в одном из писем о своей первой неволе.
В камере Владимирского централа он встретил немало единомышленников, убежденных тихоновцев: среди заключенных были архиепископ Никандр (Феноменов), архиепископ Фаддей (Успенский), епископ Николай (Добронравов), епископ Корнилий (Соболев), епископ Суздальский Василий (Зуммер), московские священники и прихожане-активисты. Многие из них стали помогать владыке Афанасию в работе над службой к празднику Всем русским святым. К тому времени Бориса Александровича Тураева уже не было в живых (профессор умер в 1920 году, в возрасте пятидесяти одного года), и в текст службы вносились исправления и дополнения, как пишет владыка Афанасий, всем «собором арестантов» Владимирского централа. Лежа на нарах, епископы обсуждали, какой должна быть икона в честь возобновленного праздника, представляли, что когда-нибудь в России может быть построен храм Всех русских святых.
28 октября/10 ноября 1922 года в городской тюрьме Владимира впервые состоялось празднование Всем святым, в земле Российской просиявшим, по обновленной службе. Праздничное богослужение (тогда в тюрьмах их еще разрешалось проводить) было назначено на день памяти святителя Димитрия Ростовского, который так много потрудился над составлением житий русских святых.
По такому случаю двери тюремной камеры номер семнадцать разрешили открыть, и по коридорам Владимирского централа понеслись слова нового церковного песнопения: «Мученицы Христовы преблаженнии, на вольное заколение сами себе предасте, и землю Русскую кровьми вашими освятисте». Многие из узников, кто их впервые услышал, теперь и сами прославлены как новомученики и исповедники Российские.