Но вот наступил 1917 год. Отречение императора и последовавшая за тем анархия в одночасье разрушили привычный уклад русской жизни, в том числе и религиозной. Красный террор кровавой волной захлестнул страну. Начались новые гонения староверов: были уничтожены тысячи священнослужителей, разорены сотни храмов и все монастыри.
В Петрограде был взорван кафедральный собор, а в Москве закрыты все храмы Старообрядческой Церкви, кроме старинного Покровского собора на знаменитом Рогожском кладбище. Старообрядческий епископат был практически полностью истреблен. Большинство архиереев было казнено, некоторые томились в тюрьмах, и лишь единицы сумели скрыться за границей, в Румынии и Китае.
Епископ Геронтий был арестован 13 апреля 1932 года на своей ленинградской квартире после вечернего великопостного богослужения. Его отвезли в «Большой дом» на Шпалерной улице и посадили в одиночную камеру.
Впоследствии архиерей вспоминал: «Я полагал, что это была какая-то ошибка, так как я не чувствовал за собой никакой вины и думал, что меня должны через два-три дня выпустить, а особенно к воскресению. Но прошло воскресение — пятая неделя Поста, и Вербное пришлось тут же пробыть. И думаю, неужели и Пасху быть мне вне свободы? Да, пришлось. Очень и очень было печально».
За решеткой — в тюрьме и лагерях — владыке пришлось встретить еще ни одну Пасху. Он был осужден на 10 лет по 58-й статье тогдашнего Уголовного кодекса (антисоветская пропаганда и агитация).
После объявления приговора епископ спросил: «А больше нельзя?» Узнав, что большего срока не дадут, он сказал: «Слава Богу, что мне теперь 60 лет! До 70 лет я должен жить и честно срок отбыть. Тогда или умирать, или домой». Мужество святителя удивило судей и следователей.
Тяжело было владыке Геронтию в неволе! Инок, он не ел мяса, посему вынужден был питаться одним хлебом, отчего в тюрьме у него развилась цинга: «Ноги отекли так, что галоши не убирались. Я одну пару белья разорвал на портянки, так как стали зябнуть ноги… Зубы даже все начали качаться, на ногах — пятна цинги, а лечить нечем… Зубной врач предложил все зубы вытаскать, так как их рукой свободно можно было вынуть».
В лагере епископу позорно остригли бороду: «Нас с бородами было около десяти человек. Применили насилие. Мы все забрались на верхние нары и не шли к парикмахеру. Начальник применил хитрость и вызвал меня, как бы условиться о ношении бороды.
И как я сошел с нар, четверо взяли меня, кто за руки, кто за голову, и насильно остригли мне бороду, а потом и другим. Это было для меня особое горе и печаль».
Лагерное начальство, как могло, постоянно унижало верующих. «Среди лагерников были старицы неработающие и старики. Старицы были как монашки, у всех были на платьях и на одеждах кресты. И вот объявили, что их живых будут хоронить. Собрали их до 50 человек. До десяти могильщиков нарядили как духовенство в рогожные ризы, и дьяконы — стихари из рогожи. Вместо кадил — горшки на веревках. Повели их как бы на особое место хоронить. Дорогой злоумышленно пели развращенные как бы молитвы и ектеньи. Осужденные шли спокойно. Народу лагерников вышло смотреть более 1000 человек. Привели к месту похорон, пели издевательски-кощунственно. Нужно бы смеяться, но никто не смеялся. Приказано было кончить. Все разошлись. Также пошли в бараки и осужденные на смерть. Когда узнало об этом высшее начальство, попало всем — и выговоры, и аресты. Так оказалась указанная выдумка бесславна и во вред им самим».
Между тем в 1934 году скончался архиепископ Мелетий (Картушин), возглавлявший Старообрядческую Церковь с 1915 года. Местоблюстителем московского святительского престола был определен кавказский епископ Викентий (Никитин), но весной 1938 года он был арестован и погиб в тюрьме.
Церковь оказалась в непростом положении: все архиереи были уничтожены, в живых остались лишь епископ Геронтий и самарский епископ Иринарх (Парфенов), томившиеся в неволе. А на свободе находился только один архиерей — калужский и смоленский епископ Савва (Ананьев), престарелый и больной.
В 1940 году был освобожден епископ Иринарх. Он поселился в Костроме и был сильно напутан, когда власти предложили ему немедленно явиться к начальнику городской милиции. Владыка ожидал нового ареста, но каково же было его удивление, когда ему сообщили, что архиерея разыскивают московские староверы и просят срочно прибыть на Рогожское кладбище!
Приехав в Москву, владыка Иринарх вместе с протоиереем Василием Королевым, настоятелем Покровского собора, отправился в Калугу, к епископу Савве, который возвел Иринарха в сан архиепископа Московского и всея Руси.
Когда началась Великая Отечественная война, староверы старались помочь фронту. В Покровском соборе во время богослужения был организован тарелочный сбор «На оборону родины». Архиепископ Иринарх благословил выпуск патриотических листовок, которые распространялись среди верующих на оккупированных территориях.