Открытие института было отмечено торжественным молебном, который совершил предстоятель Старообрядческой Церкви — архиепископ Московский и всея Руси Иоанн (Картушин). После молебна архиерей обратился к Рыбакову, ставшему директором института, с пожеланием, чтобы он, получив доверие московского старообрядческого общества заведовать институтом, воспитал крепких в вере христиан.
Архиепископ Иоанн говорил: «На вас с надеждой смотрит не только Москва, но и вся старообрядческая Русь. Выпустите людей, знающих быт, нужды и запросы старообрядчества, людей религиозных. От того, каков будет институт, зависит вопрос и о самом образовании в старообрядчестве. Будет удачен пример — еще откроются институты, не будет удачен — старообрядчество оставит мысль о высших старообрядческих школах».
Так началась деятельность института. Поступить в него мог любой молодой старовер, от которого требовались свидетельство о звании и сословии, метрика, рекомендация духовного отца или местной общины. Обучение было рассчитано на шесть лет: четыре курса (или, как тогда говорили, класса) общеобразовательных и два специальных, богословско-педагогических. Таким образом, училище, хоть и называлось институтом, на самом деле было средним учебным заведением, устроенным по образцу учительских семинарий.
В первые четыре года изучались катехизис, литургика, история, церковнославянский, русский, греческий и немецкий языки, география, логика, математика, физика, церковное пение и основы иконописи. На двух специальных курсах изучались догматическое, нравственное и сравнительное богословие, Священное Писание, история старообрядчества, церковное право и педагогика.
Для педагогической практики студентов при институте в 1913 году была открыта начальная практическая школа с пятилетним курсом обучения. Ученики поступали в школу в 8 лет и, окончив ее, могли перейти в институт.
Основная задача институт а его учебным планом определялась так — воспитание подрастающего поколения в духе истинного православия: «Организация учебного плана должна стремиться дать ученикам за 6 лет достаточно широкую подготовку к практической и церковно-общественной деятельности в среде старообрядчества, подготовить из них желательных кандидатов для выполнения обязанностей священника, диакона и т. д. и выпускать старообрядческих учителей, вполне подготовленных к предстоящему им тяжелому и ответственному труду».
Опыт института в целом оказался удачным. Поэтому в 1913 году Рогожская община отвела землю под постройку специального здания. Весной 1914 года приступили к постройке двухэтажного строения в русском стиле по проекту архитектора Федора Ганешина.
В сентябре 1915 года институт переехал в новое здание, постройка и оборудование которого обошлись в 300 ООО рублей. Содержание института также требовало больших затрат. Попечительский совет обратился к староверам с призывом о добровольных пожертвованиях: «Община Рогожского кладбища обременена многими другими нуждами, требующими постоянных расходов, постепенно увеличивающихся. Необходимо создать для обеспеченного существования и развития института специальный институтский капитал. Полное обеспечение института требует не менее миллиона рублей неприкосновенного капитала, т. е. ежегодные расходы по содержанию института в полном его составе в нормальное время определяются в 40–50 тысяч рублей». Среди тех, кто откликнулся на это обращение, был известный фабрикант и благотворитель Арсений Морозов, подаривший в 1914 году институту библиотеку, купленную у наследников старообрядческого священника Елисея Мелехина.
С богословско-учительским институтом связаны имена многих выдающихся старообрядческих деятелей начала XX века. Например, в нем преподавали знаменитый проповедник — епископ Михаил (Семенов, 1874–1916) и талантливый иконописец и прекрасный знаток церковного пения Яков Богатенко (1881–1941). Ученики Богатенко, институтский хор, пользовались в Москве заслуженной славой, их часто приглашали во многие столичные храмы. Епископ Михаил написал несколько учебников для института и приходских школ: «Учебники по Закону Божию», «Катехизис или Краткое изложение христианской веры», «Учение о богослужении» и другие.
В 1917 году директором института стал непревзойденный начетчик Федор Мельников (1874–1960). К этому времени в институте обучалось 90 воспитанников, большинство которых было из провинции.