В 1914 году началась Первая мировая война, что печально отразилось на институте. Не удалось открыть два последних класса, поскольку учеников 4-го класса призвали на военную службу. Журнал «Церковь» писал об этом: «Почти весь состав первого выпуска воспитанников московского Старообрядческого института поступил в мае сего года в московское военное Алексеевское училище. Установленный курс они прошли блестяще и 1 октября получили производство в прапорщики. По случаю этого события воспитатели и преподаватели института устроили с ними, своими бывшими воспитанниками, братскую трапезу, за которой делились своими воспоминаниями из жизни института. Того же 1 октября новые прапорщики отбыли из Москвы в назначенные им войсковые части».
В сентябре 1917 года институт был преобразован в среднее учебное заведение — учительскую семинарию нового типа с четырьмя основными классами и двумя подготовительными, готовившую к поступлению в университет. После октябрьского переворота финансовое положение института стало крайне тяжелым.
Со страниц журнала «Слово Церкви» раздавались призывы к жертвователям о помощи и поддержке: «Надлежит выполнить гражданский долг перед родиной и старообрядчеством. Будем верить, что дружными усилиями руководителей и жертвователей институту удастся выйти благополучно из создавшегося положения. Всякая нравственная и материальная помощь особенно дорога теперь, когда институт переживает кризис». Но не многие откликались на эти призывы. А в 1918 году училище было закрыто советской властью.
Нельзя сказать, что идея о церковном образовании умерла сразу же после закрытия института. Продолжением института явилась Старообрядческая народная академия. Под этим громким названием в 1918 году в Москве открылись курсы по истории и культуре старообрядчества. Их целью было содействие просвещению староверов и ознакомлению общества с «древлим благочестием».
Одним из организаторов курсов был Иван Кириллов (1891–1974), в ту пору церковно-общественный деятель, а впоследствии крупный советский ученый-экономист. Он надеялся, что академия станет важным духовным центром: «Чем больше старообрядчество проявит в себе центростремительных сил, тем резче оно отграничится от прочего внешнего мира, тем прочнее оно будет в своей внутренней сущности, тем глубже выявится его сокровенная мысль, тем плотнее существо старой веры прикрепится к сердцам современных старообрядцев. Лозунг всего старообрядчества нашего времени должен быть: ближе друг к другу, дальше от всего того, что выходит по своему духу за грань старообрядчества».
В академии удалось провести только один учебный цикл — с 15 мая по 1 июля 1918 года. За этот срок 117 постоянных слушателей академии прослушали курсы лекций по старообрядческой истории, литературе и искусству. Были также прочитаны лекции по педагогике и экономике. Среди преподавателей были не только староверы, но и представители официальной Церкви. Например, лекции читали философ Сергий Булгаков (о современной обмирщенной культуре), историк Александр Кизеветтер (о строе древнерусского общества), князь Евгений Трубецкой (о русском возрождении в религиозной живописи).
После закрытия академии старообрядческие учебные заведения в Советской России прекратили свое существование. На долгие годы умерла самая идея возможности церковного образования. Книжная ученость и богословская грамотность вновь стали уделом немногих самоучек-начетчиков. Впрочем, необходимость в этих грамотеях исчезла: новая власть не интересовалась тонкостями богословия и не поощряла подобные интересы у граждан. Религиозные диспуты прекратились.
Да и некому было спорить и не с кем! Староверие медленно, но верно вымирало. Храмы и часовни заполняли пожилые люди, которым было не до богословских изысков. На многие десятилетия старообрядчество свелось исключительно к соблюдению внешней стороны «древлего благочестия». Богословие начетчика сменило «бабушкино богословие». Пропали любовь и интерес к книгам, пропала и культура книги. Часто со смертью верующих стариков молодежь относила на помойку оставшуюся «рухлядь»: книги и иконы, прежде бережно передававшиеся из поколения в поколение.
Возрождение церковного образования стало возможным лишь в конце XX века, когда в 1996 году на Рогожском кладбище было создано Старообрядческое духовное училище, первый выпуск которого состоялся в 1998 году.