Внешней политике Филарет уделял самое пристальное внимание. К этому направлению были привлечены такие специалисты, как И.Н. Романов, П.А. Третьяков, Ф. Апраксин, А.Ю Сицкий, И.Т. Грамотин, Е. Телепнев, Ф.Ф. Лихачев, И.К. Грязев, В. Львов. Но фактическое руководство русской дипломатией взял на себя сам патриарх. Разумеется, сразу был отменен дикий порядок содержания под стражей иностранных посланников. Вернули прежний обычай — прибывшая в Москву миссия должна была находиться на выделенном ей подворье до первой официальной аудиенции у царя. Но после того, как послы получили аккредитацию, они могли ходить куда угодно и без всякого сопровождения. А для секретной дипломатической переписки с русскими посланниками за рубежом Филарет лично изобрел “тайнопись”. Впоследствии этот шифр стал известен, как “тарабарская грамота” — согласные алфавита в первой строке писались слева направо, а во второй справа налево и взаимно заменялись:
Б в г д ж з к л м н
Щ ш ч ц х ф т р с п
Международная обстановка была сложной — в Европе заваривалась Тридцатилетняя война. А интересы России определялись ее территориальными потерями, понесенными от Швеции и Польши. Но от вражды одновременно с двумя державами, как при Марфе и Салтыковых, Филарет разумно отказался. Следовало выбрать очередность целей. Возвращение выхода к Финскому заливу для России в принципе ничего не давало. При тогдашних европейских порядках право участвовать в морской торговле требовалось бы еще и подкрепить сильным военным флотом, что для разоренной страны было нереально. К тому же, отхватив приморские участки, Густав II Адольф пока удовлетворился и на большее не претендовал. А вот Речь Посполитая овладела богатыми и многолюдными областями, важными стратегическими и торговыми центрами. И на достигнутом останавливаться не собиралась. Михаила Федоровича царем так и не признала, сохраняя этот титул за Владиславом. По-прежнему существовали и проекты обращения русских в унию — Филарет о них хорошо знал, он сам испытал их на себе. То есть речь шла о самом существовании России и русских, как народа.
Отсюда вытекала и направленность внешней политики: играть против Польши. Следовательно, в Тридцатилетней войне поддерживать коалицию протестантских государств. И союзничать с другими врагами Варшавы, в первую очередь — Турцией. Порта и стала первым государством, куда Филарет направил посольство после возвращения из плена. Причем посольство не только к султану. Он сделал мудрый ход и попросил поставления на патриаршество от патриарха Константинопольского. Что утверждало его церковный ранг, повышало духовный авторитет и поднимало над иерархами, сменявшимися на престоле в Смутное время — поляки до сих пор держали у себя грека Игнатия, “патриарха” при Лжедмитрии I. Упрочились этим шагом и связи Москвы с православными патриархиями, зависимыми от Османской империи — они снова начинали ориентироваться на Россию, как на свою покровительницу. А на эти патриархии замыкалась и православная церковь в Польше.
Несмотря на обещания, которые надавал Жолкевский Сагайдачному, там религиозные гонения продолжались. Полоцкий униатский епископ Иоасаф Кунцевич позакрывал православные храмы в Восточной Белоруссии. Сигизмунд III раздаривал епископии и монастыри светским лицам в качестве бенефиций, отдавал в приданое за дочерьми. Точно так же поступали другие католические короли, но в Польше магнаты-католики становились владельцами православных бенефиций с соответствующими последствиями. Однако Сагайдачный удерживал казаков от восстаний, не теряя надежды договориться с властями. За помощь Владиславу под Москвой он все же добился разрешения восстановить православные структуры на Украине. И политика Филарета дала первые плоды. В 1619 г. в Москву направился с визитом патриарх Иерусалимский Феофан. Когда он проезжал через Киев, Сагайдачный упросил его посвятить в сан митрополита Иова Борецкого. Но при этом Феофан наложил на казаков запрет — никогда больше не ходить войной на Россию.