Используя свои губернаторские полномочия, Лопухин выпустил задержанных под свою ответственность за час до того, как вышли на улицы народные патрули, и через два дня был установлен порядок. Но к этому времени разъяренный прокурор и начальник жандармского управления вызвали дополнительные войска из Петербурга. Когда возмущенные рабочие организовали демонстрацию, протестуя против введения войск, «начальником гарнизона была выслана воинская команда, встреча которой с толпой кончилась массовой бойней; более ста человек убитых и раненых».
Через неделю Лопухина вызвали в Петербург, и министр внутренних дел П.Н. Дурново предложил ему выбирать — увольнение или отставка по собственному желанию за то, что «сдал власть революционерам». Лопухин потребовал официального документа, осуждающего его действия. Лопухину передавали, что комиссия признала его виновным, но он не верил, так как никто не показывал ему официального отчета о решении комиссии. Тем не менее Лопухин решил не подавать апелляции, а «махнул на это дело рукой и вскоре вышел в чистую отставку».
По словам Лопухина, только материальные затруднения, связанные с отставкой в конце 1905 г., заставили его не давать общественной огласки своему делу. Несмотря на то, говорил он, что «я и ушел со службы по личному побуждению и соображениям принципиального свойства, но ушел с чувством обиды за совершенную надо мной несправедливость и очутился в материальном положении очень тяжелом, вследствие чего разоблачения с моей стороны могли быть приписаны побуждению мести, что претило бы моему нравственному чувству».
Отставка Лопухина совпала с концом революции 1905 г. и попытками послеоктябрьского правительства во главе с графом Витте установить порядок среди всех слоев населения. В результате, рассказывает Лопухин, в начале 1906 г. Витте дважды вызывал его к себе, чтобы перенять опыт бывшего директора Департамента полиции. (Говоря об этих беседах, Лопухин опровергает утверждение Витте, появившееся в его мемуарах, будто бы Лопухин попросил о встрече в конце января, чтобы пожаловаться на своих давних врагов — Рачковского и Трепова.)
Правительство очень нуждалось в иностранных займах, и Витте, как писал Лопухин, должен был убедить «еврейских банкиров» Европы, что самодержавие всячески помогает их народу. «Какие “облегчения” и “льготы” должен я гарантировать русским евреям? — спрашивал Витте Лопухина. — С какими центральными еврейскими организациями надлежит вступить в переговоры?»
Удивительно, сетовал Лопухин, что Витте «с его умом, большим деловым опытом и, казалось бы, опытом политическим имеет такое чисто обывательское представление о существовании какого-то еврейского политического центра, центра всемирного кагала, который путем таинственных нитей будто бы управляет еврейством всего мира». Указав на ошибочность этого мнения, Лопухин сказал премьер-министру, что предоставление особых привилегий евреям противоречит справедливой цели гарантирования равных прав перед законом всем гражданам страны. Вопрос о предоставлении равных прав евреям должен рассматриваться не премьер-министром, а Государственной думой. Что правительство действительно должно сделать, так это покончить с погромами, пригрозив отправить в отставку все местные власти, если акты насилия будут происходить в подведомственных им местностях. Слишком часто, подчеркнул Лопухин, инициатива погромов исходит непосредственно от экстремистов-антисемитов в правительстве.
Поскольку после службы в полиции Лопухин не мог возобновить судебную практику или баллотироваться на выборах от партии кадетов, он был вынужден писать для прессы, чтобы как-то поддержать семью. Наибольшим спросом пользовались статьи о незаконных действиях полиции. Один издатель выпустил статьи Лопухина отдельной книгой в 1907 г. Там содержится исторический анализ причин, вынудивших русскую полицию действовать за рамками существующего закона.
Лопухин утверждал, что начало беззакониям положил император Николай I в 1826 г. Напуганный восстанием декабристов, император создал Третье отделение и корпус жандармов для борьбы с изменой и, чтобы борьба была эффективной, предоставил им полную свободу. Они, в свою очередь, быстро научились фабриковать обвинения, основываясь на добровольных донесениях или на донесениях по принуждению, которые независимо от их достоверности считались надежным средством в борьбе с предполагаемыми врагами. Таким образом, донос стал главным основанием полицейского сыска.
Со времени царствования Николая I, продолжал Лопухин, многократные попытки реформировать полицию приводили лишь к «разветвлению» старой организации. Независимые общественные организации, следящие за поддержанием порядка, не могли существовать в условиях самодержавия. В других цивилизованных странах, где подобные организации процветали, роль полиции сводилась к защите граждан, их прав, собственности, общественных институтов. В России полиция существовала для сохранения и защиты самодержавия.