Лопухин узнал о случившемся, когда сам Азеф нелегально приехал из-за границы в Петербург. В десять часов вечера Азеф проскользнул мимо удивленных домочадцев, открывших ему дверь, ворвался без приглашения в кабинет Лопухина и сел в темном углу. Как уже говорилось в предыдущей главе, Азеф тщетно пытался уговорить Лопухина отказаться от своих слов и тем самым спасти ему жизнь. Через десять дней в квартире Лопухина появился начальник Петербургского охранного отделения Герасимов при всех регалиях. Руководствуясь, по его словам, лишь человеческим отношением к бывшему агенту, ушедшему с полицейской службы шесть месяцев назад, он посоветовал Лопухину спасти Азефа и «обмануть» эсеров, даже если его будут допрашивать под дулом пистолета. Когда Лопухин отказался, Герасимов перешел к угрозам. Если Лопухин обратится в суд партии эсеров, предупредил он, охранке «будет известно все, что будет происходить на суде, будут известны все показания, и тогда мы будем знать, как поступить».
Сам Герасимов несколько иначе рассказывал о своем разговоре с Лопухиным. По его словам, «Лопухин чувствовал, что зашел слишком далеко, но не мог вернуться назад», потому что он «уже решил предать Азефа». В заключение, писал Герасимов, Лопухин сказал: «Перед революционным судом я не появлюсь. Это исключено. Но я вам откровенно скажу: если меня спросят, я скажу правду. Я не привык лгать».
По словам Лопухина, он испытал непреодолимое отвращение к «взваливанию на меня обязанности охранять агента полиции, несомненного в моих глазах преступника». Поскольку Лопухин «не состоял на службе», Герасимов не мог ему приказать. Но Лопухин признавался, что после визитов Азефа и Герасимова он впервые испытал страх — чувство ему неведомое, когда он был директором Департамента полиции: «После этих двух визитов я не мог чувствовать себя в безопасности».
Следующее непредвиденное событие произошло 10 декабря 1908 г. Лопухин находился по делам в Лондоне, и однажды вечером у дверей своей гостиницы он застал трех эсеров, которые требовали подтверждения слов Бурцева, что тот опознал Азефа как полицейского агента. Эта информация была необходима для вынесения приговора на суде. Пренебрегая предупреждением Герасимова, Лопухин еще раз подтвердил, что Азеф был тайным агентом полиции. На вопрос, встречался ли он с Азефом во время службы в полиции, Лопухин ответил утвердительно — да, встречался, два раза. Когда он последний раз видел Азефа? Недавно, в Петербурге, у себя на квартире (Лопухин описал внешность Азефа). Знал ли Лопухин имена всех террористов, будучи директором Департамента полиции? Знал некоторых. Есть ли в Департаменте список известных террористов? Лопухин ответил отрицательно. Затем один из революционеров назвал три конспиративных имени и спросил Лопухина, слышал ли он их раньше. Лопухин знал одно из имен. Лопухин попытался снова заговорить об Азефе и попросил, чтобы ему сохранили жизнь. Никаких обещаний не последовало. Когда визитеры стали благодарить Лопухина за услуги, оказанные партии, тот сказал, что он руководствуется лишь соображениями гуманизма.
Лопухин сам понимал, что в Лондоне сказал больше, чем в разговоре с Бурцевым. На этот раз он сделал признание перед эмиссарами революционного суда, откровенно пренебрегая предупреждением Герасимова. Никто его не принуждал, никто не угрожал ему оружием; Лопухин добровольно и сознательно выдал эсерам секреты полиции.
Это признание, обнародованное в 1909 г., не прошло незамеченным. С одной стороны, оно послужило важным основанием для дискредитации партии эсеров в России, с другой стороны, привело в бешенство царских чиновников. Начальник заграничной агентуры Гартинг потребовал, чтобы правительство публично осудило Лопухина и наказало его как предателя, иначе он станет примером для подражания среди людей, посвященных в государственные тайны. Через 18 дней после того, как петиция Гартинга попала в Петербург, отряд жандармов арестовал Лопухина рано утром на его квартире. Его обвинили в выдаче государственной тайны организации, о преступной деятельности которой он был осведомлен, и отдали под суд. (Суд состоялся в марте 1909 г. и получил широкое освещение в прессе.)
Во время досудебного следствия Лопухина спрашивали, почему он выдал Азефа Бурцеву, вместо того чтобы поделиться подозрениями о своем бывшем агенте с официальными должностными лицами. Лопухин отвечал, что он тщетно пытался рассказать обо всем Столыпину, который в ответ назвал его революционером. Поскольку разговор происходил без свидетелей, суд не мог использовать эти показания. В 1909 г. Столыпин был премьер-министром, и Лопухин не сомневался, что едва ли не главной целью его ареста и предания суду было желание лишить его возможности назвать имя Столыпина как покровителя Азефа. «Для достижения этого, — утверждал Лопухин, — стоило перенести тот скандал, который Столыпин устроил себе и правительству моим арестом» (последовавшая за судом ссылка служила, по мнению Лопухина, тем же целям).