Волнения в Кишиневе начались 6 апреля 1903 г. — в первый день православной Пасхи. За неделю до православного праздника отмечалась Пасха по иудейскому религиозному календарю. По старинному поверью, эти дни считались опасными для христианских детей, так как евреи якобы использовали их кровь для религиозных обрядов. Непосредственно перед погромом распространились слухи, что в соседних Дубоссарах было совершено ритуальное убийство. В самом Кишиневе передавали за достоверное, что некий еврейский врач пытался выцедить кровь из девушки-прислуги. Хотя эти слухи оказались ложными, следующий день ознаменовался разгромом синагоги и массовым грабежом еврейских жилищ. К полудню 7 апреля произошло первое убийство, а к вечеру насчитывалось 42 убитых (38 евреев и 4 христианина). На третий день погром был прекращен.
По аналогии с 1881–1882 гг. оппозиционные элементы возложили вину за кишиневский погром на царское правительство в целом и министра внутренних дел в частности. Плеве оказался в положении человека, вторично заподозренного в подготовке межнациональных столкновений. В России подобные подозрения не могли быть высказаны вслух из-за цензурных препятствий. Однако в иностранной прессе появились обвинения в адрес русского министра. Публиковалось конфиденциальное письмо Плеве бессарабскому губернатору Р.С. фон Раабену, в котором министр рекомендовал снисходительно относиться к борьбе христианского населения против своих врагов. Подлинность данного документа вызывает серьезные сомнения. Равным образом представляются неубедительными другие улики против Плеве. Частные письма к подчиненным были совсем не в духе действий министра. Генерал фон Раабен, по утверждению хорошо осведомленных лиц, был человеком, далеким от министра и никогда не удостаивавшимся его доверия.
Архивные документы свидетельствуют, что министр, получив сообщения местных властей, предпринял все предписанные законом меры для восстановления спокойствия. Плеве также доложил царю о сделанных им дополнительных распоряжениях: «Несмотря на вызванные войска и арест свыше 60 буянов, беспорядки продолжаются. Губернатор ходатайствует об объявлении усиленной охраны. Ходатайство это мною удовлетворено по телеграфу».
После подавления волнений министр испросил высочайшего согласия на отставку генерала фон Раабена. В Кишинев для расследования действий местных властей был направлен директор Департамента полиции А.А. Лопухин. Он не обнаружил никаких следов умышленной подготовки погрома, но не мог отделаться от почти инстинктивного ощущения, что события не обошлись без косвенного участия полицейских чинов. Двусмысленную позицию занимали жандармские офицеры. За два дня до погрома начальник Кишиневского охранного отделения барон Левендаль направил в Петербург телеграмму с сообщением, что в городе создалась напряженная обстановка. Начальник охранного отделения сетовал на полицмейстера, не обращавшего должного внимания на его предостережения. Вместе с тем кишиневцы знали о близких отношениях барона с Прониным и другими вдохновителями антисемитской пропаганды. Складывалось впечатление, что жандармский офицер одновременно благословлял погромщиков и подстраховывал себя от гнева высокого начальства.
Действия городской полиции вызвали множество нареканий. Обвинительный акт по делу о кишиневском погроме констатировал: «По нераспорядительности полиции, не имевшей должного руководства, все эти бесчинства совершались безнаказанно, что, конечно, только еще больше ободряло и воодушевляло громил. Чины полиции, не приняв нужных предупредительных мер, оказались совершенно бессильны противодействовать беспорядкам».
Князь С.Д. Урусов, сменивший генерала фон Раабена на посту бессарабского губернатора, высказал предположение, что из министерского окружения исходил намек на желательность применения насилия. Этот намек, по его мнению, скатывался вниз по иерархической лестнице жандармского корпуса и на низших ступенях был воспринят как приказ. Следует заметить, чтр полицейские могли обойтись без всяких намеков. Низшее звено полиции очень недоброжелательно относилось к евреям. В своих записках князь Урусов отмечал: «…мне приходилось замечать, что ненависть полицейских чиновников к еврейскому населению питается отчасти теми хлопотами, нареканиями, жалобами, объяснениями, ошибками и ответственностью, которые приходится испытывать чинам полиции, как последствия совершенно бессмысленного и не достигающего цели законодательства о евреях».