В отличие от московского детектива киевский прокурор увидел не судорожные действия «напуганных насмерть людей», а хладнокровный заговор против правосудия. Неправильные сведения, которые сообщили журналисты-евреи на первом этапе следствия, смерть главного свидетеля, подлог, совершенный начальником сыскной полиции, — все это, в его представлении, было взаимосвязано и дополняло друг друга. Совершенное евреем покушение на Столыпина 1 сентября 1911 г. в киевском городском театре подогрело антисемитские настроения. Во всяком случае, Чаплинский, который допрашивал Дмитрия Богрова сразу после покушения, получил лишний повод считать евреев врагами государственного порядка.
Прокурор Чаплинский не напрасно подозревал чинов судебного ведомства в контактах с представителями еврейской общины. Эти контакты осуществлялись через адвоката А.Д. Марголина, по инициативе которого видные деятели еврейского происхождения создали специальную комиссию для помощи Бейлису и его семье. В состав комиссии вошли несколько человек, в том числе главный раввин Ш.Я. Аронсон, владелец кирпичного завода М.И. Зайцев и сам Марголин. Сахарозаводчики Бродский, Гальперин и другие выделили денежные средства. В самой комиссии не было единства. Марголин вспоминал: «Мы не могли более сидеть сложа руки и спокойно смотреть, какие еще беззакония будут возведены на евреев киевскими черносотенцами и их покровителями в Петербурге». Но его призывы оставались тщетными, так как «комиссия была готова принять меры для защиты, но ни в коем случае не для наступления».
Тогда Марголин решил провести параллельное расследование, заручившись поддержкой Фененко. Но судебный следователь мог лишь тайно снабжать защитников Бейлиса информацией. Поэтому адвокат обратился за помощью к журналисту С.И. Бразуль-Брушковскому. Тот уже несколько месяцев собирал материал по этому делу и считал, что ключи к разгадке находятся в руках Веры Чеберяк. 7 декабря 1911 г. он устроил Марголину встречу с ней в номере «Гранд-отеля» в Харькове. Вера Чеберяк утверждала, что во время этой конспиративной встречи Марголин, которого ей представили как «важного господина» из Петербурга и депутата Государственной думы, предложил ей взять на себя чужое преступление за вознаграждение в 40 тыс. руб. «Вы не бойтесь, — якобы успокаивал ее Марголин, — в случае чего самые лучшие защитники вас будут защищать, а еще лучше мы вам дадим чистый документ, и вас днем с огнем не найдут».
Другие участники встречи категорически отрицали попытку подкупа, причем их показания звучат более правдоподобно. Однако несомненно, что от Чеберяк добивались каких-либо сведений о преступлении, и некоторое время спустя она представила такие сведения. Вера Чеберяк обвинила в убийстве Павла Мифле — своего бывшего любовника, которому она за несколько лет до этого в приступе ревности выжгла глаза серной кислотой.
Впоследствии Вера Чеберяк вспоминала, что данная версия была полностью разработана Бразуль-Брушковским. Журналист долго соблазнял ее выгодами самооговора, но после решительного отказа сказал: «Ну, тогда будем продолжать, что начали, ахнем на Мифле». 18 января 1912 г. Бразуль-Брушковский подал прокурору окружного суда заявление. Он назвал преступниками слепого Мифле и все тех же многострадальных родственников убитого. Впоследствии журналист признавался, что не верил в виновность названных им лиц. Тем не менее он посчитал целесообразным сообщить эти сведения и даже предать их широкой огласке в печати, чтобы публично обвиненные люди «определили свои роли и отношения с В. Чеберяк». Заявление не случайно было подано накануне утверждения обвинительного акта по делу Бейлиса. Но если участники частного расследования желали сорвать процесс, то им это не удалось. 20 января обвинительный акт был утвержден.
Однако комиссия по защите Бейлиса не сложила оружие. К делу был привлечен бывший пристав Красовский. Он нашел двух помощников — Сергея Махалина и Амзора Караева. Бывший пристав отмечал, что знал Караева «за человека, имеющего большие связи в преступном мире». Неизвестно, догадывался ли Красовский о том, что Караев являлся секретным агентом Киевской охранки по кличке Кавказский. В конце концов, жандармы отказались от его услуг, так как «некоторые из его сведений носили весьма серьезный характер, но при проверке выяснялось, что сведения эти являлись результатом его провокационной деятельности и склонности к шантажу». Без работы и средств к существованию остался также его приятель Махалин — секретный агент охранки по кличке Депутат.