5 мая 1912 г. Бразуль-Брушковский ознакомил подполковника Иванова с результатами параллельного расследования. На сей раз журналист обвинил в убийстве Веру Чеберяк и членов ее воровской шайки: Петра Сингаевского, Бориса Рудзинского и Ивана Латышева. Воры, считал Бразуль-Брушковский, заподозрили Андрея Ющинского в том, что он выдаст их полиции. По словам журналиста, бандиты заманили мальчика на квартиру Чеберяк, «зажали ему рот, стали его пытать, чтобы он сознался и рассказал, что он сообщил полиции». Потом мальчик был убит, а его тело завернули в ковер, несколько дней держали в квартире и потом скрытно вынесли в пещеру неподалеку от дома Чеберяк.
В подтверждение своего второго заявления Бразуль-Брушковский сослался на нескольких свидетелей: З.И. Малицкую, которая утром 12 марта слышала подозрительный шум в квартире Чеберяк, модисток Екатерину и Ксению Дьяконовых, которые заходили в эту квартиру и видели явные следы преступления. Но самым веским доказательством было признание Сингаевского, сделанное им Караеву и Махалину. Караев вошел в доверие к вору, предложив ему совершить выгодную операцию. Ловко наведя разговор на дело Бейлиса, Караев выведал подробности преступления.
Второе заявление Бразуль-Брушковского было опубликовано почти всеми газетами России. Подполковник Иванов проверил указанные журналистом факты и предложил освободить Бейлиса. Прокурор Чаплинский считал ненужным принимать какие-либо меры по заявлению журналиста, указывая, что «судебная власть не может быть игрушкой в руках всяких проходимцев». Однако общественное мнение было взбудоражено. Поэтому Щегловитов лично распорядился передать дело на доследование. Оно было поручено следователю по особо важным делам Петербургской судебной палаты Н.А. Машкевичу.
Версия Бразуль-Брушковского и Красовского получила широкое распространение. Адвокаты Бейлиса построили на ней всю защиту. Безоговорочно восприняли ее исследователи дела Бейлиса. До сегодняшнего дня эта версия остается наиболее правдоподобной. Действительно, подозрения против Веры Чеберяк и ее сообщников весьма весомы и подтверждаются косвенными данными.
Вместе с тем нет оснований вслед за юристом А.С. Тагером, автором подробного исследования о деле Бейлиса, утверждать, что инициаторы процесса «знали подлинных убийц и скрыли их». В версии о воровской шайке имеется множество слабых мест. Не понятно, почему бандиты заподозрили 12-летнего мальчика в связях с полицией и что вообще он мог знать о деятельности шайки. Совершенно неправдоподобной представляется картина преступления, нарисованная Бразуль-Брушковским. Квартиру Веры Чеберяк отделяла от соседей тонкая перегородка, на первом этаже размещалась винная лавка, где постоянно толпился народ. Во дворе дома было несколько флигелей. В этом людском муравейнике в 8 или 9 часов утра нельзя было незаметно совершить изощренное убийство. Тем более невозможно было оставлять тело убитого в углу квартиры, куда заходили и где даже оставались ночевать посторонние люди.
Противоречивыми были показания свидетелей Малицкой и Екатерины Дьяконовой. Они напоминали учениц, нетвердо вызубривших чужой урок. Подполковник Иванов заметил по поводу Дьяконовой: «Когда на нее сослался Бразуль в своем заявлении, я вызвал ее в первый раз на допрос, она давала на предлагаемые вопросы довольно туманные ответы, а когда вызывалась последующие разы, то на те же вопросы она отвечала очень определенно и ясно, а когда я задавал новый вопрос, то она отвечала опять довольно туманно».
Наконец, сомнительным представляется признание в убийстве Сингаевского. Он категорически отрицал, что говорил об этом Караеву и Махалину. Трудно поверить, что опытный и хитрый преступник выдал себя малознакомым людям. Гораздо легче предположить, что два друга-провокатора просто придумали весь этот эпизод, так же как пристав Красовский в свое время фабриковал улики против родственников Ющинского.
Несомненно, все это учитывалось следователем Машкевичем. Он считал, что в своем втором заявлении Бразуль-Брушковский вел более умелую, но столь же ложную игру, как и в первом заявлении. В то же время Машкевич показал себя крайне пристрастным следователем. Не доверяя участникам неофициального расследования, он совсем иначе оценивал слова Веры Чеберяк. Между тем хозяйка воровского притона раскрыла тайну исчезновения Ющинского. По ее словам, за Ющинским и тремя ее детьми, игравшими на территории завода, погнался Бейлис и два еврея в необычных одеяниях. Потом «Мендель Бейлис поймал Андрюшу за руку и повел вниз, по направлению к оврагу».
Машкевич закрыл глаза на то, что Чеберяк припомнила о погоне через 16 месяцев после исчезновения мальчика и вдобавок именно в тот момент, когда ей самой пришлось отбиваться от обвинения в убийстве. Обвинительный акт пополнился рассказом о евреях, похитивших мальчика. По существу, это было единственным результатом доследования.