Возможно, Щегловитов не хотел выдавать свою неуверенность. По словам прокурора Чаплинского, министр юстиции не исключал и даже считал почти неизбежным оправдание Бейлиса. «При этом он говорил, — вспоминал Чаплинский, — что самый желательный исход — это чтобы палата прекратила дело. И совесть была бы чиста, и гора с плеч, и хлопот и неприятностей не было бы». Но поскольку никто не желал взять на себя такую ответственность, у министра не было иного выхода, кроме как продолжать начатое дело. Один из знакомых Щегловитова вспоминал его слова: «Дело получило такую огласку и такое направление, что не поставить его на суд невозможно, иначе скажут, что жиды подкупили и меня, и все правительство».
Между тем наиболее дальновидные деятели консервативных кругов, мнением которых чрезвычайно дорожил Щегловитов, начали осознавать, что ритуальное дело угрожает престижу режима. Весьма показательной в этом отношении являлась позиция лидеров киевских националистов.
Пихно из различных источников, в том числе от подполковника Иванова и следователя Фененко, получал сведения о предвзятом ведении дела. Весной 1912 г. редактируемая им газета «Киевлянин» стала первым печатным органом, опубликовавшим разоблачения журналиста Бразуль-Брушковского. Адвокат Марголин вспоминал: «Такой поступок со стороны весьма консервативной и антисемитской газеты произвел глубокое впечатление не только в Киеве и в других крупных городах, но практически во всех уголках империи. То был удар грома среди ясного неба! Подумать только, что газета, которую всегда считали одним из оплотов правительства и консерватизма, не говоря уж об антисемитизме, восстала против беззакония и произвола щегловитовской юстиции».
После смерти Пихно редактирование газеты взял на себя его пасынок В.В. Шульгин. Как член крайне правой фракции III Государственной думы, Шульгин подписал запрос о ритуальном убийстве. Но постепенно у него раскрылись глаза на неприглядную изнанку дела. В самом начале процесса Шульгин опубликовал передовую статью, изобличавшую судебные власти в предвзятости и махинациях. Номер «Киевлянина», где она была напечатана, конфисковали, однако часть тиража успела разойтись по городу. Киевский губернатор Н.И. Суковкин сообщил Министерству внутренних дел: «Самая конфискация, первая за полувековое существование газеты, наделала много шума и обратила на статью редактора Шульгина гораздо больше внимания, чем она того заслуживала». У предприимчивых разносчиков экземпляр газеты стоил 10 руб. Коллеги по правой фракции обрушились на Шульгина за предательский, как они выражались, удар в спину. Чаплинский возбудил против него дело о клевете. Впоследствии Шульгин был приговорен к трехмесячному аресту, но помилован Николаем II.
Не только некоторые лидеры консервативного направления, но и рядовые члены крайне правых организаций не верили в ритуальное преступление. Бейлис писал в своих воспоминаниях, что некий Захарченко, владелец дома, в котором проживала Вера Чеберяк, неоднократно говорил, что убийство произошло в ее квартире. Несмотря на то что Захарченко был активным членом местного отдела «Союза русского народа», он всегда старался ободрить Бейлиса и предсказывал, что в конце концов истина восторжествует.
Политические страсти в стране накалялись по мере приближения киевского процесса. Министерство внутренних дел опасалось, что начавшееся слушание дела вызовет волнения в Киеве и в других городах с большим еврейским населением. Вице-губернатор Кашкаров успокаивал Департамент полиции сообщениями о принятых мерах: в еврейских кварталах усилены полицейские наряды, в город вызвана конная стража, губернское жандармское управление установило наблюдение за лидерами правых и левых организаций. Тем не менее эти действия показались Маклакову недостаточно энергичными, и он распорядился вызвать с курорта Биарриц киевского губернатора Н.И. Суковкина. Прервавший отдых губернатор просил министра внутренних дел разрешить жандармскому управлению арестовать лидеров крайне правых. Маклаков поставил на его донесении резолюцию: «Как самую крайнюю меру допустить можно. Лучше обойтись без нее. Если увещевания и предупреждения не подействуют и погромная агитация не оборвется — надо задержать по охране».
Министр внутренних дел направил в семь генерал-губернаторств, 81 губернию и область и в восемь отдельных градоначальств циркуляр, в котором подчеркивалось: «Вменяю местным властям в безусловную обязанность самое предупреждение всяких эксцессов, не говоря уж о погромах вообще».